В январе 1888 года отец Макарий тяжко заболел и более двух месяцев не мог выходить из своей кельи. При этом он отказался от помощи докторов, предавшись воле Божией. Он все уже приготовил на случай своей смерти и попрощался с братией. Но Господь Бог воздвиг болящего, отец Макарий выздоровел, хотя болезнь оставила свои глубокие следы. Он сильно поседел, появились одышка и кашель. Несмотря на все это, подвижник не изменил своего обыкновенного аскетического образа жизни. Так же, как и прежде, он не имел покоя ни днем, ни ночью. Каждый день бывал за утреней, исповедовал, служил свою «игуменскую» раннюю Литургию, после которой был осаждаем разными посетителями. Крепился отец Макарий, но уже чувствовал приближение своей кончины. Особенно заметно это было, когда он служил панихиды на могиле отца Иеронима. В эти минуты казалось, что он всем существом своим переносился в загробный мiр, куда ему в скором времени суждено было отправиться.
Незадолго до своей кончины отец Макарий пожелал, чтобы при жизни его был избран преемник, который пока состоял бы помощником ему в управлении громадным хозяйством монастыря. Из всей братии были определены несколько старцев, способных, по мнению всех, понести высокий ответственный пост игумена. Из них по жребию был избран отец Андрей (Веревкин), который и был утвержден пока в должности помощника отца Макария, а после его смерти стал игуменом монастыря.
За месяц до своей кончины отец Макарий стал чувствовать какую то особенную слабость. Доктора объяснили ему и другим, что это происходит от чрезмерного утомления батюшки. Врачи и братия советовали отцу Макарию поменьше заниматься делами, не служить и отдохнуть где-нибудь в келлии. Отец Макарий уступил им и стал дня на два в неделю уезжать в любимое им монастырское поместье Крумицу. Там он мог спокойно отдохнуть, удаленный от хлопотливой монастырской деятельности. Но лишь только возвращался он в Руссик, как невольно, по привычке начинал лично входить во все дела и распоряжения.
Тяжело было отцу Макарию лишать себя, по настоянию докторов, служения своей ранней Литургии; день, в который он не служил, был для него днем потерянным, днем скорби, днем духовной неудовлетворенности.
Как только отец игумен чувствовал себя несколько лучше, то никакие просьбы и уговоры братии не действовали на него. Он с вечера объявлял, что завтра будет служить. Литургия совершалась им, больным и слабым, так же продолжительно и в таком же порядке, как и прежде. Предписаниям врачей он не особенно следовал, всецело предавая себя Господу Богу, и говорил, что если Богу угодно, то Он продлит его жизнь, а не угодно, то никакие доктора, никакие лекарства не смогут отсрочить конец и дать ему хотя бы одну минуту жизни.
18 июля 1889 года, накануне кончины отца Макария, случилось празднество в Покровском храме в честь чудотворной иконы Боголюбской Божией Матери. Икону эту отец Макарий особенно чтил, потому что ею благословили его родители, когда он уезжал из дома.
Так как 18-го числа было празднество в честь всех новомучеников византийских, то отец игумен распорядился праздновать память Боголюбской Божией Матери на другой день, 19 июля. Сам он намерен был служить Божественную Литургию в храме Успения Божией Матери. С вечера на 19-е число отец Макарий долго занимался написанием отдельных писем и разных деловых бумаг и заснул только за два часа, как и всегда, до начала утрени. Он чувствовал себя легко, отстоял утреню и приступил к совершению ранней Литургии.
По обыкновению он прежде совершил молебен, затем начал продолжительную проскомидию и вполне благополучно окончил Литургию. Он с особенным умилением и благоговением совершал эту последнюю приносимую им бескровную жертву, точно чувствуя, что уже не придется ему больше священнодействовать. После окончания Литургии раздал присутствовавшим в церкви антидор и удалился в алтарь, где встал у окна и начал читать благодарственные молитвы. Диакон, потреблявший у жертвенника Святые Дары, вдруг услышал какие то хрипящие звуки и, взглянув по направлению отца Макария, увидел, что батюшка как то неестественно склонился у подоконника. В это время вошли в алтарь некоторые церковнослужители и, видя такое положение отца Макария, подошли к нему, понимая, что с ним очень дурно. Посадив его на стул, начали его разоблачать и потом отнесли его в келью. Печальная весть о предсмертном состоянии отца Макария быстро распространилась по обители. В келье его собралась почти вся старшая братия. Они старались помочь ему, но Господу Богу было угодно призвать к Себе своего великого труженика. Через несколько часов после совершения им своей последней ранней Литургии отец Макарий мирно отошел ко Господу.
Печальные редкие удары колокола возвестили монастырю и окрестностям о кончине великого деятеля на благо русских на Святой Горе Афон.
На четвертый день после смерти, 23 июля, при разборке бумаг в келье найдено было написанное собственноручно завещание отца Макария. Оно было прочитано в присутствии всей братии обители. Завещание имеет следующее содержание: