Онежская озерная флотилия воевала в Повенецком заливе Онежского озера. Флотилия была сформирована летом 1919 г. в составе 7 катеров-истребителей, 10 вооруженных моторных катеров, 2 вооруженных буксиров и гидросамолетов. Главной базой флотилии служил поселок Медвежья Гора (ныне — город Медвежьегорск). Экипажи кораблей укомплектовывались в основном офицерами и гардемаринами, прибывшими из Мурманска и Архангельска. В отличие от Северо-Двинской флотилии, в составе Онежской флотилии практически не было англичан. Начальник флотилии капитан 1-го ранга АД. Кира-Динжан писал: «Л
В 1919 г. флотилия вела активные боевые действия в прибрежной зоне, используя многочисленные острова и бухты для нанесения внезапных ударов по кораблям и для нарушения коммуникаций Онежской военной флотилии красных, а также занимаясь установкой и охраной минных заграждений. Первый поход кораблей под Андреевским флагом состоялся 3 августа 1919 г., а уже на следующий день белых моряков ждал первый боевой успех. Утром 3 августа дозорная группа красной флотилии в составе двух канонерских лодок, сторожевого судна и сторожевого катера вступила в бой с тремя катерами-истребителями Онежской флотилии в районе острова Мег. Вскоре неприятельская канонерская лодка № 2, получившая подводную пробоину, выбросилась на камни, через некоторое время ее примеру последовало сторожевое судно № 3, выбросившееся у деревни Обежи. В том же бою белые захватили катер № 6 этой же группы, замаскированный у острова Сал. В результате успешного боя белая флотилия пополнилась двумя новыми единицами — вооруженным пароходом, получившим название «Сильный», и катером «Боевой».
17 августа десант с кораблей занял Кузаранду, затем — Пудож-гору. Однако в октябре противник начал наступление, и вскоре белым пришлось оставить многие недавно занятые пункты, а сама флотилия оказалась блокирована в своей базе. Но захватить Медвежью Гору красноармейцам так и не удалось. Командир флотилии строил обширные планы по ее использованию в кампанию следующего года, предлагая даже доставку на Онежское озеро подводной лодки, однако этим проектам сбыться было не суждено.