С развитием успехов белых армий на Восточном фронте и увеличением числа моряков, входивших в их состав, возникла необходимость создания централизованных органов управления морскими частями. Объединенное Военно-морское министерство было организовано еще 1 июля 1918 г. Временным Сибирским правительством В сентябре 1918 г., после объединения всех вооруженных сил, действовавших на территории Урала, Сибири и Дальнего Востока, военное министерство Временного Сибирского правительства и военное ведомство Народной армии Комитета членов Учредительного собрания перешли в подчинение военно-морского министерства Временного Сибирского правительства. После прихода к власти адмирала Колчака (18 ноября 1918 г.) постановлением Совета министров от 28 декабря 1918 г. Военно-морское министерство разделили на два самостоятельных органа: Военное и Морское министерства. Управляющим последним назначили контр-адмирала М.И. Смирнова. В течение всего существования Морское министерство колчаковского правительства не только осуществляло руководство морскими частями, расположенными на подконтрольной ему территории, но и пыталось наладить взаимодействие между всеми белыми флотами и флотилиями. В условиях Гражданской войны, полыхавшей на огромных просторах России, данные действия министерства оказались малоэффективными. Поэтому все взаимодействие, за редким исключением, ограничивалось перепиской между штабами и управлениями. Формально, вплоть до начала 1920 г., находившийся в Омске морской министр возглавлял весь Российский флот. Ему же подчинялись и все военно-морские агенты (по современной терминологии — атташе), продолжавшие работу в не признававших правительство большевиков странах.
В течение навигации 1919 г. на Волге, Каме и сибирских реках активно действовали речные флотилии. Наиболее крупной из них была Речная боевая флотилия (Камская), созданная в силу приказа начальника штаба верховного главнокомандующего № 192 от 1 марта 1919 г. Командующий флотилией временно подчинялся командующему Сибирской армией чешскому генералу Р. Гайде. Снабжение флотилии проходило по линии Морского министерства, и в дальнейшем флотилия подчинялась сухопутному начальству только в оперативном отношении. Командующим флотилией стал контр-адмирал М.И. Смирнов (оставаясь при этом в должности управляющего Морским министерством).
В состав Главной базы флотилии входили части: строевая, хозяйственная, артиллерийская, минная, механическая, кораблестроительная, юридическая, санитарная, а также комендантская роты, нестроевая команда и обоз. Опорная база имела менее развернутую структуру. Она состояла из начальника базы, начальника хозяйственной части, казначея, начальника отдела транспортирования войск и учета грузов, начальника артиллерийскою отделения, комендантской, нестроевой команд и обоза. В задачу Главной и Опорных баз входило прежде всего обеспечение кораблей материальными припасами, их техническое обслуживание и ремонт; предполагалась также постройка новых катеров.
Служба связи должна была состоять из трех районов. Внутри районов задачи связи выполняли посты. Сообщение между постами и районами предполагалось осуществлять с помощью пароходов, автомобилей, мотоциклов и велосипедов. В задачи Службы связи входило обеспечение связи между отдельными частями флотилии, а также между флотилией и берегом.
При флотилии существовала медицинская служба. Она состояла из Берегового и Малого лазаретов и аптечного склада при Главной базе в Перми, плавучих лазаретов «Вера» и «Александр». Кроме того, медперсонал находился на трех кораблях дивизионов флотилии: штабном теплоходе «Волга», пароходах «Митя» и «Кострома».
Основной силой флотилии являлись три дивизиона кораблей. В каждый из дивизионов должно было входить б вооруженных пароходов, 3 бронированных катера, 3 легких катера. При каждом дивизионе находились вспомогательные суда: база дивизиона, плавучая мастерская, плавучий госпиталь. Помимо вышеуказанных дивизионов в состав флотилии входили следующие части: 12 плавучих батарей (каждая из которых состояла из одной вооруженной баржи и одного вооруженного буксира), три дивизиона тральщиков-заградителей (в каждом по три тральщика), три воздушных наблюдательных поста (в каждом одна баржа с аэростатом и один вооруженный буксир), гидроавиационный отряд (четыре гидросамолета, четыре сухопутных самолета, одна гидроавиабаржа, два легких катера). К началу кампании (май 1919 г.) в составе флотилии числилось: 15 вооруженных пароходов, 2 плавбатареи, 3 плавбазы и плавмастерских в составе 1-го и 3-го дивизионов боевых кораблей; 3 парохода и катер в составе Службы связи; 2 посыльных судна, 2 госпитальных судна, 3 военных буксира, 1 гидроавиабаржа с приданными ей 2 катерами и 2 военными буксирами, 1 штабной теплоход, 6 специально оборудованных понтонов и 1 военный буксир в составе 1-го дивизиона тральщиков.