Однако с развитием наступления красных стало ясно, что эвакуироваться придется не на остров Русский (вблизи Владивостока), а гораздо дальше — за границу. Ситуация осложнялась тем, что, как писал Старк, «
Фактически эвакуация началась 16 октября, когда в поселок Южного Приморья Посьет на гидрографическом судне «Охотск», буксируемом канонерской лодкой «Илья Муромец», отправилась первая партия. «Охотск» остался разгружаться в Посьете, а «Илья Муромец» возвратился во Владивосток. Тем временем адмирал Старк выслал на север канлодку «Улисс» с приказанием экспедиционному отряду капитана 1-го ранга Соловьева идти немедленно на присоединение к флотилии. Всего эвакуации подлежало около 10 тысяч человек, в том числе несколько сот раненых, для которых зафрахтовали два японских парохода. Из частных судов и пароходов Добровольного флота составили отряд транспортов.
К 23 часам 24 октября белые и японские части оставил Владивосток. В 10 часов утра следующего дня красные вступили в город. Но из-за отсутствия кораблей преследовать флотилию Старка они не могли. В этот же день с острова Русский эвакуировали группу кадет Хабаровского графа Муравьева-Амурского кадетского корпуса.
В ночь на 26 октября 25 кораблей и судов сосредоточились в Посьете. Кроме того, суда флотилии находились еще на Камчатке и на пути из Охотского моря и различных пунктов побережья Приморья и Татарского пролива. Все эти корабли и суда с находившимися на них войсками и беженцами направлялись в корейский порт Гензан.
28 октября флотилия покинула залив Посьет. В ее состав входили ледокол «Байкал» (под флагом контр-адмирала Старка), канонерские лодки «Батарея», «Диомид», «Илья Муромец», «Свирь», «Взрыватель», охранный крейсер «Лейтенант Дыдымов», посыльное судно «Фарватер» и катер «Страж». Отряд транспортов, которым командовал контр-адмирал В.В. Безуар, состоял из пароходов «Защитник», «Эльдорадо», «Воевода», «Пушкарь», «Смелый», «Чифу», транспортов «Монгугай», «Охотск», канонерской лодки «Манджур», катеров «Стрелок», «Резвый», «Усердный», «Надежный», «Ординарец», «Ретвизанчик».
Как уже говорилось, часть единиц Сибирской флотилии оказались на Камчатке и в Охотском море. На переходе во Владивосток находился также дивизион кораблей капитана 1-го ранга Соловьева (канонерская лодка «Патрокл» и тральщик «Аякс»).
2 ноября 1922 г., в 16 часов по местному времени, части Белой армии в составе десантного отряда капитана 1 — го ранга Б.П. Ильина и двух казачьих сотен, погрузившись на канонерскую лодку «Магнит» и пароход «Сишан», оставили Петропавловск-Камчатский. Эти корабли пришли в японский порт Хакодате, а впоследствии присоединились к эскадре Старка в Шанхае.
Переход флотилии из Посьета в Гензан при штормовой погоде оказался очень тяжелым, особенно для кораблей, шедших на буксире, и катеров. Во время него затонул катер «Ретвизанчик» (к счастью, без людей), шедший на буксире парохода «Защитник». Другой катер — «Усердный» (бывший «Павел») — у Гензана выскочил на песчаный берег, спасти его не удалось. Канонерскую лодку «Манджур» и транспорт «Охотск» из-за неисправности машин с трудом привели в порт на буксире.