В течение трех первых месяцев войны гарнизон крепости и войска Квантунской области были укомплектованы запасными и усилены новыми формированиями. 7-я и 4-я В.С. стрелковые бригады были переименованы в дивизии, и все полки последней развернуты в трехбатальонный состав. Одновременно 4-й дивизии была придана 4-батарейная 4-я В.С. стрелк. артил. бригада, а 7-й дивизии 3-батарейный 7-й В.С. стр. артил. дивизион. Крепостная артиллерия была усилена 3-м батальоном и, наконец, в крепость прибыла вновь сформированная Порт-Артурская минная рота. Вновь сформированные части начали прибывать на Квантун с февраля месяца и к половине апреля все прибыли на место. К этому времени на Квантуне состояло: 9 трехбатальонных полков, 3 запасных батальона, 7 полевых батарей, 1 рота сапер, 1 минная рота, крепостной военный телеграф и 1 сотня казаков, всего – свыше 43 тысяч нижних чинов.
4 марта в крепость прибыл новый комендант ген.-л. Смирнов, а ген.-л. Стессель должен был принять 3-й Сибирский корпус. Но вслед за этим ген.-л. Стессель был назначен начальником Квантунского укрепленного района, то есть района Цзиньчжоу – Порт-Артур, с подчинением ему ген.-л. Смирнова. Этим было создано в Порт-Артуре двоевластие, которое породило между двумя высшими начальствующими лицами взаимное недоверие, что, конечно, не могло отразиться благотворно на деле обороны крепости.
С 18 января, ввиду осложнившейся политической обстановки, наша Тихоокеанская эскадра была выведена на внешний рейд, и в ночь с 26 на 27 января 1904 года там находились 7 броненосцев и 4 крейсера; два миноносца были высланы в море для охраны эскадры, а остальные миноносцы и крейсера стояли в гавани.
Вечером 26 января японская эскадра крейсировала в 60 милях от Порт-Артура; в 6 час. 30 м. вечера адмирал Того выслал для минной атаки нашей эскадры под Порт-Артуром 11 миноносцев. Хотя миноносцы эти и были обнаружены нашими дежурными миноносцами, но последние, в силу данной им инструкции, огня не открывали, а повернули к своей эскадре, куда подошли одновременно с японцами. Появление японских миноносцев на внешнем рейде было для нашей эскадры полной неожиданностью, и около 11 1/2 час. ночи японские миноносцы совершенно безнаказанно произвели минную атаку на наши суда. Только после первых мин, выпущенных японцами, на нашей эскадре поднялась тревога, и она открыла огонь по противнику. В результате броненосцы «Ретвизан» и «Цесаревич» и крейсер «Паллада» были подорваны японскими минами и вышли из строя.
Насколько в крепости не ожидали столь внезапного начала войны, свидетельствует тот факт, что на запрос штаба крепости о причинах стрельбы морской штаб наместника сообщил, «что производится практическая стрельба, отражение минной атаки».
Таким образом, с первого боевого выстрела на Дальнем Востоке обстановка сложилась для нас крайне неблагоприятно, ибо выход из строя двух наших лучших броненосцев сразу же обеспечил за японской эскадрой превосходство сил.
В 10 1/2 часов утра 27 января на горизонте против крепости показалась японская эскадра, состоявшая из 6 броненосцев и 10 крейсеров. Наша эскадра начала сниматься с якоря.
Вскоре неприятель, подойдя к крепости, в кильватерной колонне двинулся параллельно береговым батареям и открыл огонь сперва по ним, а затем по нашей эскадре. Эскадра и батареи стали отвечать японцам, причем наименьшая дистанция при стрельбе батарей была около 7 верст. Бой продолжался 40 минут, после чего японцы стали медленно удаляться.
У нас выбыло из строя на батареях 6 нижних чинов и на эскадре 4 офицера и 117 нижних чинов. 6 наших судов получили некоторые повреждения, но сухопутным батареям японский огонь вреда не нанес. У японцев от нашего огня пострадали 4 броненосца и 4 крейсера и выбыло из строя 63 человека.
Наши батареи выпустили лишь 150 снарядов; адмирал Того в своем описании боя 27 января указывает на неоднократные попадания в суда своей эскадры; после этого боя японская эскадра, кроме миноносцев, всегда держалась от наших батарей на почтительной дистанции.
С 27 января, когда крепость была объявлена на осадном положении, было приступлено к мобилизации войск и с лихорадочной поспешностью началось усиление крепостных верков. Тогда же начались работы по усилению укреплений Цзиньчжоуского перешейка.
Период военных действий на Ляодуне до 20 апреля был посвящен японцами исключительно операциям на море, долженствовавшим подготовить и обеспечить высадку их армий на Ляодунском полуострове.
Операции эти свелись к попыткам заградить нашей эскадре выход из Порт-Артура при помощи специально приспособленных для этой цели судов, а также к бомбардировке порта и эскадры через Лаотешань. Помимо этого, их миноносцы и заградители деятельно устанавливали по ночам мины на рейде перед крепостью.