Адмирал Витгефт созвал совет офицеров, и все, кроме двоих, согласились с ним, что выйти в море невозможно. Они хотели остаться в Порт-Артуре и держаться до прихода кораблей Балтийского флота в Тихий океан, что ожидалось в октябре. Русские офицеры были уверены, что, если они сумеют продержаться до подхода подмоги, тогда их нельзя будет победить.
Произошел удивительный обмен посланиями между осторожным, не склонным к резким действиям Витгефтом, находившимся в Порт-Артуре, и нетерпеливым наместником. Адмирал Витгефт объяснил свое нежелание вступить в сражение с японцами, не приводя никаких фактов:
«Я не стал обнаруживать себя, но действовал в соответствии с приказами. Изменение обстоятельств потребовало моего возвращения, чтобы избежать ненужных потерь. После ухода эскадры во Владивосток враг расчистит канал и в короткое время захватит Порт-Артур силами своего флота и сухопутных войск; более того, он не позволит нашей эскадре, ослабленной ночными атаками, имеющей в своем составе поврежденные корабли, ни двигаться вперед, ни вернуться назад без боя. Для эскадры есть только два решения. Или, если это необходимо для защиты Порт-Артура, соединиться с войсками, пока не подойдет подкрепление, или погибнуть, так как момент для ухода во Владивосток может наступить только тогда, когда смерть будет одинаково и спереди и сзади».
Наместник ответил:
«Ваше мнение… так мало соотносится с верховными приказами… что я должен отложить вопрос о том, чтобы эскадра выходила в море и прорывалась во Владивосток, до совета флаг-офицеров и капитанов, в котором примет участие комендант порта, контр-адмирал Григорович…»
Наместник также считал, что нужно сместить адмирала Витгефта, и телеграфировал во Владивосток, чтобы узнать, нет ли там адмирала, который возьмет на себя командование флотом; но ответ был отрицательным, и он не стал предпринимать никаких действий.
Когда адмирал Витгефт получил недовольное послание наместника, он собрал на совет своих адмиралов и капитанов, но все они опять согласились, что будет разумнее остаться в Порт-Артуре, а не вступать в сражение с японским флотом.
К этому времени укрепления Ляояна уже находились под угрозой, и наместник перебрался в Мукден. Оттуда он обратился к царю Николаю II, и царь ответил, что тоже хочет скорейшего перехода всего флота из Порт-Артура во Владивосток.
И опять адмирал Витгефт отказался. Только 30 июля, как раз перед ответом царя, он послал письмо наместнику:
«Эскадра не может выйти; по ночам и во время туманов рейд непроходим из-за многочисленных торпедных судов и минных заградителей и особенно дрейфующих мин… Помолясь и обсудив ситуацию, мы решили наконец, что эскадра должна выдержать осаду или погибнуть при защите Порт-Артура. Противник подошел ближе, и наши силы отступают к фортам порта. Стоят продолжительные туманы. Я начал стрельбу непрямой наводкой по японским войскам».
Адмирал Витгефт думал, очевидно, что это послание решит дело вопреки желанию царя. Но 7 августа адмирал Алексеев прислал свое окончательное решение:
«Я снова и снова повторяю мое непоколебимое решение, чтобы вы вышли с эскадрой из Порт-Артура. Должен напомнить вам и всем честным офицерам про подвиг „Варяга“. Невыход эскадры, вопреки высочайшей воле, моим приказам, и ее гибель в гавани в случае падения крепости не только приведут к тяжелой ответственности перед законом, но и оставят несмываемое, позорное пятно на святом Андреевском флаге и на чести флота. Доведите содержание этой телеграммы до всех адмиралов и старших офицеров и сообщите о ее получении».
Это было последнее послание. Наместник пригрозил адмиралу Витгефту судом, а другим офицерам бесчестием. Он напомнил им о гибели «Варяга», который был пойман в ловушку в порту Чемульпо, захваченном японцами в начале войны. Наместник хотел довести приказ до сведения каждого адмирала и капитана, чтобы потом ни один из них не мог сослаться на свое незнание.
Получив эту телеграмму, 9 августа 1904 года адмирал Витгефт с неохотой отдал флоту приказ о выходе из Порт-Артура.
Решение наместника пришло слишком поздно. Одновременно с захватом двух важных сопок по периметру укреплений начался обстрел гавани, который создавал массу проблем.
Два снаряда попали в «Пересвет». К счастью, повреждения оказались небольшими. В «Ретвизан» попадали семь раз. Одно попадание было серьезным, снаряд ударил ниже ватерлинии. Но пробоину заделали, и «Ретвизан» вышел в море. Единственным русским кораблем, оставшимся в гавани на следующий день, когда флот ушел, был подорвавшийся на мине «Баян», ремонт которого еще не был закончен.
Вышедшие из гавани корабли шли тем же порядком, что и 23 июня. Контр-адмирал Витгефт командовал флотом. Он поднял свой флаг на «Цесаревиче». Начальником штаба был контр-адмирал Матусевич. Контр-адмирал Ухтомский на «Пересвете» был вторым командующим. Контр-адмирал Рейтценштейн командовал «Аскольдом» и крейсерскими силами.