30 декабря армия выступила из Тыкочина к Иоаннисбургу. На пути следования Беннигсен получил рескрипт Александра I о назначении его главнокомандующим. Это случилось 13 января 1807 г. Рескрипт был полон похвал в его адрес. Однако подлинные чувства император выразил в письме к П. А. Толстому: «Я дрожу от выбора, который я сделал, считая, что так лучше… Затруднение, в котором я нахожусь, трудно описать». Это письмо цитирует Л. Н. Толстой в «Войне и мире».
Теперь под началом у Беннигсена оказалось 150 тыс. человек при 624 орудиях.
Передышка на зимних квартирах продолжалась не более двух недель. Прусский король сумел убедить Александра, что французы не привычны воевать в условиях суровой зимы и надо переходить в наступление.
Земля промерзла, реки а озера покрылись льдом. Противники находились друг от друга на расстоянии нескольких дней пути. Неожиданная атака могла кончить дело в пользу русских.
К. Маркс и Ф. Энгельс в статье «Беннигсен», написанной ими для американской энциклопедии, следующим образом оценивали события, произошедшие в конце 1806 — начале 1807 г., и роль Беннигсена в этих событиях.
«В начале кампании 1806–1807 гг. он командовал одним из корпусов первой армии, находившейся под начальством Каменского, вторым корпусом командовал Буксгевден. После тщетных попыток прикрыть Варшаву от французов, он был принужден отступить к Пултуску на Нареве и здесь, 26 декабря 1806 г., сумел отразить атаку Ланиа и Бернадота, ибо значительно превосходил их численностью, так как главные силы Наполеона наступали на вторую русскую армию. Беннигсен отправлял Александру хвастливые донесения и, с помощью интриг против Каменского и Буксгевдена, вскоре добился назначения главнокомандующим армией, которой предстояло действовать против Наполеона».
14 января 1807 г. в Биале Бвннигсеп принял главное начальство над армией. Он решил наступать в Старую Пруссию. В боевом расписании генерал-майор Е. И. Марков был назначен командовать авангардом правого крыла. Под его началом находилось б тыс. солдат и офицеров.
Генерал-майор Барклай-де-Толли командовал авангардом левого крыла из трех егерских полков, одного пехотного, двух казачьих, полка гусар, а также роты копной артиллерии, что составляло около 6 тыс. человек.
16 января 1807 г. русские войска двинулись на запад, пробиваясь сквозь глубокие снега и метели. Три авангарда шли впереди трех колонн. Ими командовали генералы М. Б. Барклай-де-Толли, К. Ф. Багговут и Е. И. Марков.
Бенпигсен узнал об изолированном положении двух корпусов противника, которыми командовали маршалы Ней и Бернадот, и решил встать между ними. 24 января штаб Беннигсена прибыл в Хайльсберг. В этот же день Барклай сообщил, что эскадрон гусар Изюмского полка и 60 казаков под командой подполковника Веригина под Пассенгеймом обратили в бегство два эскадрона врага и взяли в плен двадцать девять драгунов и двух офицеров.
Эпизод этот неприятно поразил маршала Нея. На следующий день, 25 января, маршал писал генералу Груши: «Вчера я получил, мой дорогой генерал, ваше донесение о деле, происходившем под Пассенгеимом… Выразите командовавшему в Пассенгейме офицеру все мое неудовольствие по поводу такого преступного образа служения».
Ней вышел со своих зимних квартир еще до того, как Беннигсен начал движение вперед. Русские разведчики обнаружили его войска в Гуттштадте, на полпути между Млавой и Кенигобергом.
Столкнувшись с разведкой русских, войска Нея быстро повернули назад. Авангард Бериадога был также отброшен русскими и поспешно отступил, соединившись с Неем.
28 января в пять часов утра генерал-лейтенант Н. А. Тучков сообщил, что неприятель за ночь внезапно отступил из Сонненбораа к Торну. Поэтому Бениигсен приказал Тучкову двинуться на Либемюль, а Барклаю-де-Толди с авангардом левого крыла овладеть Остероде и, заняв его, принять все меры к тому, чтобы удержать, выслав сильные разведывательные отряды по дороге к Гильгенбургу. Однако потом приказ был изменен и Барклаю было предложено занять Алленштайн (ныне Ольштын, ПНР) и удерживать его как можно дольше.
Беннигсен расположил свои войска между Фрейштадтом и Зебургом, прикрыв дорогу на Кенигсберг, где были сосредоточены большие запасы продовольствия.
Наполеон решил перехватить инициативу и, обойдя левое крыло русской армии, отрезать ей пути отступления к России, прижать к Висле, а затем уничтожить. Об атом плане были извещены маршалы, чьим корпусам предстояло участвовать в осуществлении операции.
На счастье, два фельдъегеря, ехавшие с планом кампании к маршалу Бернадоту, попади 1 февраля в руки русского кавалерийского разъезда из войск, которыми командовал П. И. Багратион.
Последний немедленно отослал в штаб Беннигоена захваченную депешу и плененного казаками французского офицера. В депеше сообщалось, что главные силы французов на следующий день должны выйти во фланг русской армии, к Алленштайну.
Сам Багратион, не дожидаясь приказа, снялся с места и форсированным маршем двинулся к Янково на соединение с главными силами.