Патриархом стал Алексий (Симанский). А это примирило с Патриархией значительную часть отколовшейся «катакомбной церкви» во главе с видным богословом и подвижником епископом Афанасием (Сахаровым). Законность поставления Сергия он не признавал, продолжал обличать его в подписании печально известной Декларации. А Алексия признал достойным предстоятелем Церкви. 10 апреля 1945 г. с новым Патриархом встретились Сталин и Молотов. Иосиф Виссарионович обрисовал задачи, что могла бы сделать Московская Патриархия для укрепления международных позиций СССР. При этом прямо нацелил ее — добиваться ведущей роли во Вселенском Православии. Той же роли, какую она занимала до революции.
А вот католиков серьезно потеснили. Когда в ноябре 1944 г. умер униатский митрополит Шептицкий, униатской церкви было «рекомендовано» объединиться с Православной. Преемник Шептицкого Слипый и еще несколько иерархов были осуждены за сотрудничество с оккупантами. Но значительная часть униатского духовенства в этот период тоже хотела перейти под эгиду Московской Патриархии — настолько высоко победа подняла авторитет СССР. Правительство поддержало такие настроения. В 1946 г. прошел Львовский Собор. Он постановил: упразднить Брестскую унию 1596 г., оторваться от Ватикана, «вернуться к прадедовской православной вере» и воссоединиться с Русской Православной Церковью. Отныне униатство на советской территории находилось «вне закона», могло действовать только нелегально.
Русская Церковь не замыкала свою деятельность в границах СССР. Она развернула активную работу по воссоединению эмигрантских православных приходов в Европе, Америке, Китае. После славной победы многие русские беженцы и изгнанники сами выражали такое желание. Быть вместе с Россией, через Церковь восстановить с ней духовное единство. Был создан и Отдел внешних сношений Московского патриархата, его возглавил митрополит Николай (Ярушевич). Он в свое время побывал и в ссылке, и в тюрьме, в войну состоял в Чрезвычайной государственной комиссии по расследованию зверств оккупантов. В новом качестве ездил с церковными миссиями за границу, стал членом Советского комитета защиты мира, вошел в состав Всемирного совета мира, выступал на конгрессах. За миротворческую деятельность был награжден орденом Трудового Красного Знамени. Одновременно владыка Николай возглавлял Издательский отдел Патриархии.
Но в 1949 г. Суслов представил Сталину доклад, что Православная Церковь сыграла свою роль во время войны, теперь надобность в ней отпала. Религия подрывает устои коммунистической идеологии, играет на руку противникам. Поэтому предлагалось послабления прекратить и снова прижать ее. Суслова поддержала часть Политбюро. Иосиф Виссарионович такие предложения решительно отверг. Хотя и богоборческую линию по каким-то своим соображениям не осудил.
Суслов и его подручные начали пользоваться именно тем, что никаких официальных постановлений по данному вопросу нет. Когда местные руководители запрашивали Москву, как им относиться к Церкви, Отдел агитации и пропаганды ЦК разъяснял: курс партии в отношении религии остается прежним. В школах восстановилось строго атеистическое воспитание. А некоторые храмы начали закрывать. Исподтишка, под теми или иными предлогами. Особенно это коснулось церквей, которые в годы войны были открыты на оккупированных территориях. То есть, без разрешения советской власти. К ним придирались, что они действуют незаконно, а для регистрации ставили препоны.
Но когда касалось храмов, уже вошедших в структуры Патриархии, воинствующие безбожники встречали препятствие в лице Карпова — он стал уже генерал-майором госбезопасности (хотя числился «в резерве МГБ»), спорить с таким было трудно. Действовал он в рамках постановления Совнаркома, запрещавшего закрывать храмы без согласования с Советом по делам РПЦ. А Карпов согласия не давал. Позже он признался в частном разговоре: «Сталин поставил передо мной задачу оберегать Церковь, и я выполнял ее». Его пробовали свалить, на него сыпались доносы, что он преподносит подарки высшему духовенству за государственный счет, сам получил от Патриарха «шкатулку, картины и ковер». Но и тут он оказался неуязвимым. Практика обмена подарками была утверждена лично Молотовым. А отношения между Карповым и Патриархом Алексием оставались очень дружескими.