Обзор из кабины штурмана был недостаточен. Небольшие иллюминаторы на ее бортах не обеспечивали нормального наблюдения (сектор обзора составлял 60-70°). Вследствие низкой осадки лодки кабина сильно заливалась водой на рулежках и взлете. На левом борту прикреплялась хорошо устроенная якорная лебедка, поставленная в неудобном месте – под дверцей верхнего люка. Сам якорь находился под сидением правого пилота, откуда штурману трудно его достать. Удобно расположенное сидение было примитивного устройства, неустойчивое и при малейшем ударе ногой по откидным ножкам убиралось. Из-за низкого расположения сидения для наблюдения вперед через экран турели приходилось вставать.
Внутренняя связь в самолете среди членов экипажа осуществлялась путем трехсветовой сигнализации, СПУ-3, пневмопочтой и визуально – между летчиком и штурманом через люк кабины или открытую дверь. В воздухе световая сигнализация работала хорошо, СПУ-3 работала плохо, пневмопочта работала не четко.
В кабине штурмана отсутствовали радиостанция «Луч», ящик для ПАР-13, радиокомпас и радиопеленгаторная станция. Аппарат АФА-13 находится вместе со всей установкой в кабине радиста, что затрудняло фотографирование. Предлагалось управление аппаратом перенести к штурману.
Визуальная ориентировка при выходе на курс осуществлялась через экран турели. Для определения аэронавигационных элементов пользовались прицелом ОПБ-2. Связь с летчиком при выходе на курс была только письменной- Оборудование для радиовождения отсутствовало. При астроориентировке высовывались с секстантом в верхний люк, но встречный поток воздуха мешал работе. Для уменьшения его напора требовался откидной козырек.
Прицельное бомбометание показало, что грубую наводку самолета на цель осуществлять трудно из-за отсутствия окон в носу лодки под турелью, поскольку цель быстро уходила под самолет. Сбрасывание производилось от ЭСБР-3 и АС-5.
Одной из задач военных испытаний было решение вопроса о гидродроме для МДР-6. Самолет мог храниться в ангаре и под открытым небом. Выводка из ангара, передвижение по площадке производилось с помощью трактора типа ХТЗ. В передвижении без трактора участвовала команд из 8 человек
Спуск и подъем с воды выполняли два водолаза и технический состав из 3 человек. Время спуска со снятием выкатного шасси составляло 3-5 минут, а время подъема с воды и установки шасси – всего 5-7 минут. При спуске самолет удерживался концом, закрепленным к хвостовому гаку. Для обслуживания самолета требовались: трактор ХТЗ, кран ППК-35, хвостовой подъемник самолета, катер «Ярославец», бензозаправщик БЗ-35, подогреватель моторов воздушного охлаждения АПВ-4Н, водомаслотермос ВМТ-35, автостартер ГАЗ-АА (для запуска в зимних условиях), трактор ЧТЗ (для буксировки на лыжах).
При эксплуатация лодки, монтажных и ремонтных работах не возникало проблем – в сравнении с рядом других самолетов. Заправка горючим от бензозаправщика Б3-35 двумя шлангами занимала 10 минут, а маслом – до 30 минут (ввиду малого сечения заливной горловины). Слив горючего происходил долго, спуск масла в холодную погоду затруднялся малыми сечениями кранов на выходе.
Смотровые люки по всему самолету были малы, что затрудняло осмотр и ремонт агрегатов. Доступ к мотору был хорошим, но имелись и недостатки. Например, невозможность просмотра и снятия задних свечей без съемки капотов, невозможность регулировки давления бензина мотопомпы на месте (приходилось ее снимать и раскапотировать мотор). Капотировки и раскапотировки мотора длились 1,5-2 часа.
В целом пришли к выводу о пригодности самолета к эксплуатации на спусках и гидродромах, существующих для самолетов типа МБР-2.
Эксплуатация вооружения на морских самолетах имеет некоторые особенности. При температурах ниже минус 20-25° количество отказов замков ДЕР-19 возрастало на самолетах с низким расположением крыла (типа МДР-6).
Соприкосновение с соленой морской водой требовало частой полной разборки и чистки замков, что увеличивает срок боеготовности самолета. На гидросамолете необходимо иметь механизацию, которая обеспечит подвеску бомб при любой летной погоде на суше и на воде с учетом перебазирования на оперативные аэродромы.
Опыт эксплуатации вооружения в морских условиях показывает, что плохая обработка деталей, отсутствие хорошего доступа для осмотра и чистки способствуют сильной коррозийности. Носовая стрелковая установка и кабина штурмана МДР-6 на рулежке и взлете заливались водой. После каждого полета турель и кабину тщательно чистили. Люковая стрелковая установка при открытии люка обливалась водой, что ухудшало маневр оружием на расчалке.
При наземных испытаниях и на плаву стрелковые установки «СЭТ» и «НУ» отклонений от норм прочности не имели. Люковая установка была отстреляна со стапеля (на заводских испытаниях).