Довольно быстро на «муромцах» появилась эффективная система сигнализации, которая позволяла лётчику своевременно делать крутой вираж и давать экипажу возможность открывать огонь по истребителям из бортового пулемёта. Но это обстоятельство не позволяло прицельно сбрасывать бомбы при атаках истребителей. Тогда офицеры эскадры разработали схему пулемётной установки на хвосте фюзеляжа и обратились к Сикорскому с просьбой сделать соответствующий чертёж на доработку «Муромца» под это предложение.
Две недели «муромцы» после этого не появлялись над линией фронта. Но в эскадре днём и ночью шла напряжённая работа. На нескольких машинах усиливались стабилизаторы с таким расчётом, чтобы выдерживать вес человека с пулемётом и соответствующий оборудованием. Сикорский нашёл оригинальное решение размещенния стрелка в хвостовой части самолёта. Средний руль он снял и вместо него поставил два, разнеся их в стороны. В конце фюзеляжа было устроено гнездо для пулемётчика и даже подобие навеса, чтобы прикрыть его от воздушного потока. Наиболее сложно было сделать проход в фюзеляже для стрелка: фюзеляж был заполнен проводами и разными приборами. Сикорский нашёл оригинальный выход — создал приспособление, которое назвали «троллейбусом». Оно состояло из лёгких рельсов и вагонетки на колесах, скользяшей по ним. Теперь пулемётчик мог запросто попасть в своё «гнездо».
Уже во время работы над приспособлением произошел трагический эпизод в жизни эскадры — 25 сентября один из «муромцев» был сбит немецкими истребителями после жаркого боя. В то время существовала традиция, которой придерживались как немцы, так и русские: сбрасывали друг другу записки, в которых информировали о гибели тех или иных лётчиков. Так и на аэродром эскадры была сброшена записка, в которой сообшалось, что четыре человека из экипажа преданы земле с воинскими почестями, и указывалось место могилы, над которой был поставлен православный восьмиконечный крест и табличка с надписью.
И вот переоборудованный «Илья Муромец» взлетел и пошёл над вражеской территорией на расстоянии пятнадцать—двадцать километров от линии фронта. Немецких истребителей видно не было. Вскоре «Муромец» обнаружил скопление вражеских войск и весьма точно сбросил бомбы. Но в этот момент в воздухе появились шесть германских «фоккеров». Заметив одиночного «Муромца», они решили его атаковать излюбленным методом — сзади и снизу. Но «Муромец» и не думал маневрировать, чтобы по обыкновению использовать бортовые пулемёты, более того, он словно нарочно подставлял «фоккерам» свой хвост. Один из «фоккеров» ринулся в атаку под хвост, но в этот момент в хвосте бомбардировщика заработал пулемёт, и «фоккер», кувыркаясь, стал падать на землю. Второй «фоккер», не разобравшись в чём дело, также напоролся на меткую очередь.
После этого случая «муромцы» стали летать над вражеской территорией как говорится, безнаказанно — вражеские истребители редко рисковали вступать с ними в бой, а если и вступали, то это зачастую заканчивалось для них печально.
Советский авиационный историк В. Б. Шавров в книге «История конструкции самолётов в СССР до 1938 года» пишет: «...на вопрос, были ли «муромцы» прочны, можно ответить утвердительно... Свои задачи в боевых полетах «муромцы» выполняли успешно, потребные при этом эволюции — повороты и крены — совершали нормально, в воздухе самолёты не ломались. Они не были перетяжелены, и их весовая отдача составляла 30—34%. Некоторая недостаточная жёсткость на изгиб и кручение была естественной для самолётов таких больших размеров, и при её устранении снизилась бы весовая отдача. Можно утверждать, что «муромцы» как инженерное сооружение были весьма совершенны в смысле рационального использования материала и экономии веса. Наличие больших углов кручения только подтверждает это. До 1913—1915 гг., когда наука о прочности конструкций самолётов только ещё зарождалась, «муромцы» по крайней мере до серии «В» были поистине чудом авиационной техники, говорившим о таланте их конструктора».
До лётного персонала эскадры летающих кораблей дошло известие, что у противника появились разрывные пули. Узнав об этом, Сикорский немедленно взялся за дело и дал команду своим сотрудникам: «Срочно затребуйте образцы немецких и австрийских пулемётов с боезапасом. Мы организуем комиссию, которая разберётся в характере повреждения от расстрела из них бензиновых баков на наших самолетах». Так и поступили.
Вначале результаты расстрела казались просто страшными: достаточно было нескольких пуль, чтобы вспыхивал пожар. Потом Сикорский придумал протектирование, то есть защиту бензиновых баков, и тогда не было взрыва даже в случае, если в них попадало значительное количество пуль. После введения на «Муромце» протектированных баков ни один из летающих кораблей не пострадал в воздухе, несмотря на то, что в баки время от времени попадали разрывные пули.