Казалось, «латинянка» проиграла окончательно. Придворные бросились угождать Елене Стефановне и ее коронованному сыну. Однако вскоре толпа льстецов отступила в недоумении. Иван III так и не дал Дмитрию реальной власти, удерживая все нити в своих руках. Он продолжал мучительно искать выход из династического тупика. Дмитрию были даны в управление лишь некоторые северные уезды.
Но в какой-то момент Иван III поменял свое решение. Вероятно, чрезмерное усиление боярских родов, составлявших партию Дмитрия, внушало ему опасения, и он решил перевесить их влияние, вновь приблизив к себе Софию и ее детей. Да и четверть века совместной жизни также давали о себе знать.
В четверг 21 марта 1499 года (за десять дней до Пасхи) Иван III «пожаловал… сына своего князя Василь Ивановичя, нарекл его государем великим князем, дал ему Великыи Новъгород и Пьсков в великое княженье». В итоге на Руси появились сразу три великих князя: отец, сын и внук. Такого ко многому привыкшая страна еще не видала…
Развязка семейной драмы наступила через два года. «Тое же весны (1502) князь велики апреля 11 в понедельник положил опалу на внука своего великого князя Дмитрея и на его матерь на великую княгиню Елену, и от того дни не велел их поминати в ектеньях и литиах, ни нарицати великым князем, и посади их за приставы». Через три дня Иван III «пожаловал сына своего Василия, благословил и посадил на великое княженье Володимерьское и Московское и всеа Руси самодеръжцем, по благословению Симона, митрополита всеа Руси».
Ровно через год после этих событий, 7 апреля 1503 года, Софья Палеолог умерла. Тело великой княгини было погребено в соборе кремлевского Вознесенского монастыря. Ее похоронили рядом с могилой первой жены царя – тверской княгини Марии Борисовны.
Вскоре ухудшилось здоровье и самого Ивана III. В четверг 21 сентября 1503 года он вместе с наследником престола Василием и младшими сыновьями отправился на богомолье по северным монастырям. По возвращении с богомолья Ивана разбил паралич: «…отняло у него руку и ногу и глаз».
27 октября 1505 года Иван III скончался. Он не принял схимы, якобы сказав на смертном одре: «Государем жил, государем же и умру».Иван III передал своему преемнику уже державу (кстати, именно Иван III, и скорее всего с подачи Софии Палеолог, начал называть себя царем, русифицировав латинское «цезарь»), по территории превосходившую наследованное им у отца, Василия Темного, Московское княжество в несколько раз. Но дело не только в присоединении территорий.
Присоединив к Москве большинство древнерусских земель, великий князь озаботился устроением единого правового пространства. В 1497 году был издан Судебник, ставший своеобразной конституцией новой России (название державы – Россия, – ее герб в виде двухголового орла, основы административно-территориального деления, основы государственной идеологии, превратившиеся при его сыне в чеканную фразу «Москва – Третий Рим» – все это появилось именно при Иване III). Европа с удивлением обнаружила на своих восточных границах мощное государство, проводящее независимую внешнюю политику (Иван с презрением отказался принимать титул короля, пожалованный ему императором Священной Римской империи: «Мы божиею милостью государи на своей земле изначала, от первых своих прародителей»); на восточных границах Руси на 17 лет установилось спокойствие: «…и бысть тишина велиа в тех странах от татар». При Иване III появилась почта, начались промышленные разработки руды на Печоре, монету стали чеканить из своего серебра. Афанасий Никитин, ушедший за три моря из раздробленной, удельной Руси, вернулся в объединенное цивилизованное государство.
Укрепляя властную вертикаль, Иван III активно урезал полномочия удельных князей. Несмотря на то что их власть на собственных землях оставалась довольно значительной, возможности вести независимую политическую линию у них фактически не осталось. Роль старых аристократов все больше сводилась к точному исполнению указаний верховной власти.
А еще Иван III построил не только нынешний Московский Кремль, но и нижегородский, и новгородский, и в Иван-городе.
Практически во всех государственных делах Ивана III заметно участие Софии Палеолог, которая даже в самые трудные для себя дни не оставляла своего государя.
Когда 20 мая 1474 года рухнул недостроенный Успенский собор, который строился как символ нового государства, именно София посоветовала выписать знаменитого итальянского зодчего Аристотеля Фиораванти и других итальянских мастеров. Объединив традиции русского храмового зодчества и прогрессивные технологические приемы итальянской школы, Фиораванти сумел к 1479 году выстроить новый собор, неизменно вызывавший восторги современников.