По инструкции железнодорожная жандармерия должна была контролировать все население и все работы вдоль полотна железных дорог. Для обеспечения безопасности «экстренных поездов чрезвычайной важности» вводились специальные пропуска («билеты») разных цветов. Инструкцией предусматривалось, что за 10 минут до прохождения поезда всякое движение на переездах прекращалось, к полотну железной дороги запрещалось приближаться ближе чем «на 100 саженей в обе стороны». Войска, несшие охрану, подчинялись жандармским офицерам. В результате в 1882 г. вдоль полотна Николаевской железной дороги было сконцентрировано около 30 тыс. солдат.
В октябре 1883 г. были введены инструкции для армейских частей, охранявших железную дорогу во время следования царских поездов. В ней устанавливалась норма плотности войск – «на каждую версту протяжения дороги приходилось в среднем не более как по 10 чел. нижних чинов», то есть один нижний чин на 150 м железнодорожного полотна. В случае нападения на пост или открытого сопротивления солдатам предписывалось «отражать силу силою, причем употребляется в дело оружие без ответственности за последствия». За эту службу солдатам полагалось «провианта и приварочных денег по 15 коп. на каждого человека в сутки».
Накануне прохождения царского поезда войска занимали линию постами и часовыми на расстоянии прямой видимости, «причем на линию выставляются все без исключения нижние чины, присланные на дорогу для охраны пути». Для всех, несущих охрану, категорически предписывалось во время прохождения царского поезда смотреть не на поезд, а по обеим сторонам железнодорожного полотна. Для охраны царского поезда в пригородах Петербурга привлекались и гвардейские части.
У железной дороги дно рек исследовали водолазы непосредственно перед прохождением царского поезда – помнили резиновые мешки с динамитом, опущенные Желябовым на дно Екатерининского канала.
Генерал Богданович писал в дневнике: «…несмотря на благополучный переезд, все-таки переехали через 5 солдат, которые стояли на линии, так как многие, по случаю утомления, ложились спать на рельсы». Циркулировали слухи о людях, застреленных охраной, когда они по незнанию пытались перейти охраняемое полотно железной дороги перед прохождением царского поезда.
Железнодорожные вокзалы строились так, что царь и его родственники минимальное время находились на открытом воздухе при переходе с поезда на другой вид транспорта. Как уже говорилось, в Севастополе железнодорожный вокзал был устроен в нескольких метрах от причала Южной бухты. Царь, приехав, проходил всего несколько метров от вагона до ожидавшего его катера с яхты «Штандарт».
А как быть в Царском Селе? Неужели Николаю II, сделавшему своей резиденцией Александровский дворец, ехать в карете до Царскосельского вокзала целых 2,5 версты?! А подать состав к подъезду! И вот в 1895 г. началось строительство специальной императорской ветки железной дороги от Императорского павильона Витебского вокзала в Петербурге до Царского Села. Эта ветка шла параллельно основной ветке железной дороги, но после Средней Рогатки (в районе поселка Шушары) отклонялась вправо, шла через поля, огибая окраину села Большое Кузьмино, пересекала шоссе у Египетских ворот Царского Села и оканчивалась у «Царского павильона». Длина ветки составляла 2,8 км.
Но этого показалось мало, и в 1897–1898 гг. построили еще и второй путь в 2,5 км, чтобы царский поезд мог идти без остановки в обоих направлениях.
Но и этого показалось мало. В 1900 г. было принято решение построить от Витебского вокзала в Петербурге особую ветку («третий путь») длиной в 22 км до Александровского дворца («Царского павильона»). Проектом предусматривалось, чтобы никакие другие составы, кроме царского, по «третьему пути» не ходили.
28 ноября 1901 г. «третий путь» был введен в эксплуатацию. Строительство оного пути обошлось казне в 4 164 612 рублей.
Рядом с «Царским павильоном» построили казармы и служебные помещения 1-го Железнодорожного батальона. От вокзала до Александровского дворца проложили шоссе длиной в 1 км.
К 1903 г. на собственной императорской станции в Царском Селе уже имелись: вокзал, платформа длиной 200 м (в том числе крытая – 100 м), две казармы 1-го Железнодорожного батальона со вспомогательными службами, паровозный поворотный круг диаметром 20 м, сторожевые и стрелочные будки, железнодорожные пути с четырьмя стрелочными переводами.
В связи с увеличением парка императорских поездов и объемов работ по их техническому обслуживанию и ремонту в 1908 г. разработали проект реконструкции всей станции. Станцию расширили, к ней проложили еще две шоссейные дороги: Липовую аллею от Александровского дворца и дорогу вдоль железнодорожных путей в Царское Село (в настоящее время Академическая улица). Был усовершенствован поворотный паровозный круг, количество стрелочных переводов достигло 21, расширили и количественно увеличили казармы, вспомогательные сооружения, появились новые платформы.