Ситуация изменилась в следующем столетии. После Смутного времени правительство отчаянно нуждалась в деньгах, а дворяне — в верности своих крепостных. Между тем церковные земли, занимавшие, по некоторым оценкам, до трети обрабатываемых земель, были освобождены от значительной части государственного налогообложения и предоставляли крестьянам куда более выгодные условия для хозяйствования. Дворяне жаловались, что управляющие монастырских вотчин просто сманивают крестьян из поместий. Осложняла ситуацию и неподсудность церковных земель светскому гражданскому суду, что превращало любые судебные тяжбы в бесконечную волокиту.
Разрешить проблему попытались в 1649 году с принятием нового основополагающего документа русского права — Соборного уложения. Его создатели, по словам русского церковного историка А.В. Карташёва, «осуществили целый идейный переворот. Они провели на деле юридический принцип монополии государства на власть над всей своей территорией. Государство — владелец территории. Источник земельного имущественного права — в пожалованиях государственной власти. И лишь через государство разные категории его слуг и его населения получают право пользования и распоряжения землями». Церковное учреждение по управлению имуществами — Монастырский приказ — преобразовывалось в государственный орган. На земельные владения Церкви распространились государственное налогообложение и правосудие.
Естественно, что подобные меры вызвали недовольство высшего духовенства. Патриарх Никон Уложение 1649 года иначе как «проклятой книгой» не называл. Но и поделать с ним ничего не смог. Но в 1666 году Монастырский приказ был упразднён — это была цена, которую заплатил царь Алексей Михайлович за то, что высшие иерархи Церкви поддержали его в споре с патриархом Никоном.
В 1702 году, после смерти последнего патриарха Андриана, Пётр Алексеевич возобновил деятельность Монастырского приказа. Царь отчаянно нуждался в средствах на свои преобразования и войны, а церковные земли полагал «втуне гибнущими», то есть пропадающими без всякой пользы! К тому же он задумал провести реформу церковного управления и хотел лишить Церковь самостоятельных источников финансирования.
Однако уже в 1720 году Монастырский приказ был в очередной раз упразднён (на этот раз навсегда), а церковные владения возвращены Церкви. Дело в том, что коррумпированные петровские чиновники управляли бывшими церковными землями гораздо хуже, чем их прежние владельцы, и доходы казны, вместо того чтобы возрастать, стали падать. Деньги для царя были важнее, и он переиграл всё обратно.
В первой половине XVIII века ситуация изменилась — экономическая коллегия Синода периодически оказывалась неспособной внести в казну причитающиеся с неё средства.
В 1757 году императрица Елизавета принимает указ, которым передаёт управление церковными землями назначенным Сенатом чиновникам из числа отставных офицеров. Казалось, вопрос решён окончательно, но в 1760 году действие указа было приостановлено — Синод добился его отмены, обязавшись выделять каждый год не менее 300000 рублей на нужды увечных воинов.
Таким образом, к моменту прихода к власти Петра Фёдоровича вопрос о церковной собственности давно уже решался и всё никак не мог решиться окончательно. Молодой император решил его радикально: согласно его указу, церковные земли переводились под управление специально созданного государственного органа — Экономической коллегии. Населявшие их крестьяне освобождались от всех обязательств в пользу своих бывших хозяев, а их статус приравнивался к статусу государственных крестьян. Они также должны были платить по одному рублю с мужской души в год — средства с этого сбора должны были пойти на содержание Церкви. В дальнейшем предполагалось распространить этот сбор и на всех государственных крестьян.
Для нашей темы важно, что реформа управления церковным имуществом, предпринятая Петром III, не была проявлением некоей нелюбви императора к Русской Церкви, а продолжением политики русских царей, которую начал ещё его прадед — Алексей Михайлович.
Выше уже говорилось об отношении императора к православию. Нет никаких документальных свидетельств, говорящих о том, что после взошествия на престол оно как-то изменилось. После переворота 1762 года Екатерина обвинила мужа во всех смертных грехах, в том числе и в том, что «закон наш Православный Греческий перво всего возчувствовал своё потрясение и истребление своих преданий церковных, так что Церковь Наша Греческая крайне уже подверженной оставалась последней своей опасности переменою древнего в России Православия и принятием иноверного закона».