К началу августа Дрейку пришлось бросить два пришедших в полную негодность судна — «Лебедь» и «Христофор». Затем флотилия из оставшихся кораблей вступила в Магелланов пролив и прошла его менее чем за месяц. Когда корабли Дрейка миновали пролив, начался сильнейший шторм, который разметал все три судна в разные стороны: «Морское золото» и «Елизавета» были отброшены обратно к Магелланову проливу, а «Золотую лань», на которой был Дрейк, занесло далеко на юг. Корабль «Морское золото» потерпел крушение и затонул, а «Елизавета», пройдя Магелланов пролив, вернулась в Англию. Дрейк же, корабль которого был отброшен на юг, в процессе плавания невольно сделал открытие: Огненная Земля — не выступ Южного материка, как считалось в то время, а архипелаг, за которым простирается открытое море. В память об этом открытии пролив между Огненной Землей и Антарктидой был назван именем Дрейка.
Как только море стало спокойным, знаменитый пират взял курс на север и уже к началу декабря вошел в гавань Вальпараисо (Чили), где захватил стоявший на якоре корабль, груженный винами и слитками золота на сумму 37 тысяч дукатов. Затем пираты высадились на берег и разграбили город, забрав груз золотого песка стоимостью в 25 тысяч песо. Но самым главной добычей пиратов было не золото, а секретная испанская карта, найденная на корабле. Теперь Дрейку уже не надо было плыть вслепую: на карту были нанесены все испанские поселения на западном побережье Америки. Стоит заметить, что до пиратского набега Дрейка испанцы чувствовали себя на западном побережье Америки в полнейшей безопасности, потому что ни один английский корабль не проходил Магеллановым проливом. Именно по этой причине испанские корабли плавали здесь всегда без охраны, а города были совершенно не укреплены.
Продвигаясь вдоль берегов Америки, Дрейк захватил и разграбил многие испанские города и поселения, в числе которых были Санто, Трухильо, Кальяо и Манта. В панамских водах пираты взяли на абордаж корабль «Карафуэго», где их добычей стал очень ценный груз — золото и серебро в слитках, а также монеты на сумму 365 тысяч песо, что составляло приблизительно около 1600 кг золота.
Ограбив в мексиканской гавани Акапулько судно, перевозившее пряности и китайский шелк, Дрейк пересек на своем корабле Тихий океан и вышел к Марианским островам. Затем он взял курс на мыс Доброй Надежды и в конце сентября 1580 года бросил якорь в Плимуте, совершив второе после Магеллана кругосветное плавание.
Кругосветное плавание пирата Ее Величества стало одним из самых доходных путешествий в мире! Прибыль от него составила около 500 тысяч фунтов стерлингов (годовой доход английской казны в то время составлял 300 тысяч фунтов)! Королева лично посетила корабль Дрейка и прямо на палубе произвела его в рыцари. В то же время испанский король Филипп II потребовал наказания пирата Дрейка, а также возмещения ущерба и королевских извинений. Елизавета I ограничилась маловразумительным ответом, что испанский король не имеет морального права «воспрепятствовать посещению Индий англичанами, а посему последние могут совершать туда путешествия, подвергаясь риску, что их там схватят, но уж если они возвращаются без ущерба для себя, Его Величество не может просить Ее Величество их наказывать».
Френсис Дрейк скончался в конце января 1596 года в возрасте 56 лет, во время своего очередного похода в Вест-Индию. Он не оставил после себя прямых наследников, и его титул по закону перешел к племяннику, кстати, тоже Френсису Дрейку. После смерти знаменитый пират был положен в свинцовый гроб и, согласно его завещанию, отдан морю.
После полного триумфа Френсиса Дрейка в Англии появилось множество желающих идти по его стопам. Но не все последователи великого пирата располагали финансами, требующимися для того, чтобы снарядить морскую экспедицию. Один из желающих повторить подвиги Дрейка — богатый двадцатидвухлетний вельможа Томас Кавендиш — познакомился с пиратом, ходившим на одном корабле с Дрейком, и, выяснив у него все, что требовалось, приступил к подготовке экспедиции.
Продав свое имение, Кавендиш снарядил три небольших корабля (правда, на покупку третьего судна деньги были выделены компаньонами): «Желание», «Удовлетворение» и «Хью Галант». Для своих кораблей Кавендиш набрал опытный экипаж и еще до отплытия заключил соглашение с командой, в котором точно указывалась доля каждого в ожидаемых прибылях. И вот 21 июля 1586 года, менее чем через шесть лет после возвращения Дрейка, небольшая эскадра Кавендиша отправилась в путь.