Приезжева всячески сопротивлялась нововведениям Шойгу, что объяснялось, прежде всего, тем, что по ряду подготовленных ею сделок уже были уплачены «откаты». Приезжеву Шойгу уволил. Серьезной ревизии были подвергнуты ее планы сокращения военных учебных заведений. Решено вернуться к тем числам набора учащихся, которые существовали до Сердюкова. В 2013 году планируется набрать 15 000 курсантов вместо 7000, запланированных при экс-министре. Из подчинения Департамента образования Минобороны вывели военные вузы и военно-научные центры. Впредь они будут подчиняться командующим соответствующих для них войск. Летные — главкомату ВВС, морские — главкомату ВМФ, сухопутные — главкомату Сухопутных войск и так далее. Академия Генштаба будет находиться под управлением начальника Генштаба Валерия Герасимова, Рязанское высшее воздушно-десантное училище — командующего ВДВ Владимира Шаманова, Академия РВСН имени Петра Великого — главкома РВСН Сергея Каракаева.
С. Шойгу и начальник Генерального штаба Вооруженных сил В. Герасимов представили В. Путину «План обороны России». В разработке документа принимали участие сотрудники 49 министерств и ведомств. Проект плана была согласован со всеми заинтересованными лицами. С. Шойгу особо подчеркнул, что стратегия учитывает «и перспективу, и дальнейшее развитие», в том числе и реализацию Государственной программы вооружения».
Кадры. В министерстве началась планомерная замена команды Сердюкова. На посту главы Генштаба Николая Макарова сменил бывший командующий войсками Центрального военного округа Валерий Герасимов. Вслед за этой заменой обновились кадры и на других важнейших должностях. После гибели нескольких солдат, которым вовремя не была оказана медицинская помощь, Шойгу отправил в отставку исполняющего обязанности начальника Главного военно-медицинского управления (ГВМУ) Минобороны полковника медицинской службы В. Новикова за «недостаточные темпы работы ГВМУ по целому ряду направлений», в том числе в поддержании здоровья военнослужащих.
После увольнения Приезжевой наступила очередь и других подручных Сердюкова. Своих постов в Минобороны лишились директор жилищного департамента Галина Семина, а также замглавы ведомства по информационно-технической политике Дмитрий Чушкин. Замминистра Александра Сухорукова, занимавшего пост первого заместителя и курировавшего боевую подготовку войск, сменил Аркадий Бахин. Кроме того, из министерства ушла заместитель министра по финансам Елена Козлова. На посту замминистра по финансовым вопросам осталась ставленница Сердюкова Т. Шевцова. Но вместе с ней военными финансами займется один из ведущих игроков «команды Шойгу» вице-премьер правительства Московской области Руслан Цаликов.
Совет директоров ОАО «Военторг» избрал нового гендиректора компании — им стал Владимир Павлов. И. о. гендиректора «Военторга» Марина Лопатина — подруга любовницы Сердюкова и директора Департамента имущественных отношений Васильевой — была уволена. Место Васильевой, на которую в феврале 2013 г. сотрудники ФСИН надели электронный браслет, чтобы не дай бог не сбежала, занял Дмитрий Куракин, соратник Шойгу по МЧС. Увольнению Лопатиной предшествовало выступление в Госдуме депутата от ЛДПР Андрея Лугового, который обвинил ее в подрыве обороноспособности российской армии и призвал провести расследование ее действий на посту гендиректора «Военторга». В частности, Луговой обвинял Лопатину в махинациях, связанных с обеспечением военнослужащих питанием. Уволена Марина Чубкина — начальник аппарата директора Спецстроя.
С уходом Сердюкова перестал действовать контракт на руководство управлениями и департаментами Минобороны у большинства женщин, назначенных им на ключевые финансовые, образовательные, инспекторские и социально-бытовые должности в ведомстве. Последним приказом «Маршала Табуреткина» по Минобороны был приказ об их увольнении. Какое-то время они задержались в военном ведомстве для передачи дел, а затем исчезли. Судьбой некоторых из них тут же занялись следователи Бастрыкина и военная прокуратура.