Полеты — это было так увлекательно для мальчишки! Свой первый самостоятельный полет Сергей запомнил на всю жизнь. Когда инструктор разрешил взять на себя пилотирование, он совершенно не волновался и весь положенный этап уверенно управлял самолетом. Инструктор даже не поверил, что этот полет у шестнадцатилетнего юноши был первым. А тот постеснялся сказать, отчего у него все так хорошо получилось: он просто ясно представил себе физику пилотирования. Кроме того, у него уже был, пусть небольшой, но все же опыт управления яхтой.
Сергей уважал отца и очень гордился им. Многие правила жизни, которых придерживался Петр Леонидович, стали его собственными. Оба — отец и сын — были очень похожи друг на друга. И одновременно они были разными. Но их всегда объединяло одно — серьезное и преданное отношение к делу, делу своей жизни.
— Как-то, отвечая на вопрос об отношениях в то время с отцом Сергей Петрович, словно размышляя вслух, сказал: «Меня воспитал луч света, пробивавшийся по ночам из-под дверей кабинета отца».
Потом улыбнулся и спросил:
— А знаете, о чем больше всего жалею? Что так никогда в жизни ни разу и не прыгнул с парашютом! Хотя разработкой катапультирования занимался.
— Почему же?
— Любовь помешала. На последнем курсе института стал ухаживать за своей будущей женой — за Таней, и она мне прямо сказала, что не хочет начинать свою брачную жизнь с вдовства. К счастью, прыжки с парашютом не были обязательной частью учебной программы, иначе я бы непременно прыгнул, и кто знает, как бы в этом случае развивалась моя семейная жизнь.
В 1946 году, когда Сергей окончил второй курс института, для семьи наступил, возможно, самый сложный период ее жизни.
20 августа 1945 года, через несколько дней после атомной бомбардировки американцами японских городов, постановлением ГКО создается Специальный комитет для руководства «всеми работами по использованию внутриатомной энергии урана». В первоначальном составе комитета присутствовало всего два известных физика — П. Л. Капица и И. В. Курчатов. Однако вскоре последовал резкий конфликт П. Л. Капицы с председателем Специального комитета, предельно требовательным, жестким, не стеснявшимся в выражениях своего гнева Л. П. Берией. В своих письмах Сталину от 3 октября и 25 ноября Капица просит освободить его от работы в комитете. 21 декабря его просьба была удовлетворена. Существует легенда, что Сталин якобы сказал тогда Берии: «Я его сниму, но ты его не трогай».
Позднее, в письме Хрущеву, Петр Леонидович называл атомную бомбу «оружием разрушения и убийства», а тогда, в конце 1945 года, наотрез отказался участвовать в ее создании. Надо заметить, что на участие П. Л. Капицы в этом проекте весьма рассчитывали, наивно предполагая создать ядерное устройство с применением жидкого азота: готовое к применению устройство замораживалось, а при его размораживании начиналась цепная реакция. Петр Леонидович отказывался от этих работ по принципиальным соображениям, что, конечно же, вызвало резкий протест и даже обиду в высших правительственных кругах СССР.
В то же время это решение П. Л. Капицы, воспринятое как отказ от работы над ядерным оружием, было замечено в кругах ученых и пацифистов на Западе, сделав его имя там еще более популярным.
14 мая 1946 года было подготовлено и подписано постановление, которым ранее созданная правительственная комиссия по проверке работы Главкислорода была дополнена основными научными оппонентами П. Л. Капицы. На основе проведенной ими тенденциозной экспертизы было подготовлено новое постановление ЦК и Совмина СССР, которое Сталин подписал 17 августа. Этим постановлением Капица был освобожден и от должности начальника Главкислорода, и от должности директора Института физических проблем. Одновременно с этим Институт физических проблем был переведен на атомную тематику.
До 1955 года Петр Леонидович жил на своей даче на Николиной Горе, где организовал небольшую домашнюю лабораторию и вел разносторонние исследования в области механики, гидродинамики, электроники больших мощностей, физики плазмы. Одновременно работал над монографией «Основы глубокого холода». В 1947–1949 годах был профессором и заведующим кафедрой общей физики физико-технического факультета МГУ, являясь одним из его основателей, совместно с Л. Д. Ландау читал курс общей физики.
22 декабря 1949 года было торжественно отмечено семидесятилетие со дня рождения И. В. Сталина. Юбилейные собрания прошли и в Академии наук, и на физико-техническом факультете МГУ. П. Л. Капица не присутствовал на этих собраниях.
24 января 1950 года приказом заместителя министра высшего образования СССР А. Михайлова П. Л. Капица освобождается от работы в МГУ «за отсутствием педагогической нагрузки». 1 июня приказом директора Института кристаллографии АН СССР А. В. Шубникова он принят на должность старшего научного сотрудника института «с исполнением обязанностей консультанта».