Следует отметить, что еще с довоенных времен Петр Леонидович Капица ратовал за создание учебного института для подготовки именно научных работников как независимой организации, управляемой советом директоров базовых институтов, сомневаясь, что новая система сможет функционировать в рамках существовавшего учебного заведения. 10 марта 1946 года за подписью И. В. Сталина Совнарком СССР принял постановление «Об организации Высшей физико-технической школы СССР» с планом начать занятия 1 сентября 1946 года. Было создано правление школы, включающее академиков А. И. Алиханова, С. И. Вавилова, И. М. Виноградова, П. Л. Капицу, И. В. Курчатова, Н. Н. Семенова, С. А. Христиановича. Серьезные изменения в плане произошли летом 1946 года, когда П. Л. Капица был отстранен от должности директора Института физических проблем. Предполагается, что из-за опалы Капицы постановление о создании ВФТШ как независимого вуза было отменено, а последовало решение лишь о создании нового факультета МГУ. Постановлением ЦК КПСС и Совета министров СССР от 25 ноября 1946 года[52]
«О мероприятиях по подготовке высококвалифицированных специалистов по важнейшим разделам современной физики» был создан Физико-технический факультет МГУ им. М. В. Ломоносова (ФТФ МГУ). Дату этого постановления принято считать официальной датой создания Физтеха. Проректором МГУ по спецвопросам (вновь учрежденный пост, созданный специально для руководства ФТФ) стал С. А. Христианович, а первым деканом физико-технического факультета — профессор Д. Ю. Панов. Учебное заведение нового типа — физико-технический факультет МГУ — было создано. Первоначально рассматривался вариант размещения факультета в Москве на площади Коммуны[53], но остановились на подмосковном городе Долгопрудном. Провели набор студентов, которые приступили к занятиям на новом факультете с осени 1947 года.Факультет был организован в недостроенном и обгоревшем трехэтажном учебном корпусе филиала МАТИ на станции Долгопрудная (ныне — пятиэтажный лабораторный корпус). Также факультету было передано общежитие МАТИ в Долгопрудном.
17 сентября 1951 года было подписано постановление ЦК ВКП(б) и Совета министров СССР, обязывающее Министерство высшего образования организовать на базе ранее закрытого физико-технического факультета МГУ в городе Долгопрудном Московский физико-технический институт.
Первым ректором МФТИ был назначен генерал-майор авиации в отставке, один из первых военных летчиков страны, выдающийся организатор авиационной промышленности И. Ф. Петров.
Отцами-основателями нового института принято считать П. Л. Капицу, Н. Н. Семенова, С. А. Христиановича, М. А. Лаврентьева, А. А. Дородницына, Л. Д. Ландау, С. Г. Ландсберга, И. Г. Петровского, С. Л. Соболева, М. В. Келдыша, А. И. Шальникова…
Создание этого уникального института было своевременным и эффективным ответом на вызовы времени. Физтех был задуман нашими крупнейшими учеными, в первую очередь физиками, еще до войны. В 1938 году в газете «Правда» появилась статья под названием «Нужна высшая политехническая школа». В ней была сформулирована необходимость создания передовой школы, где учеба могла быть совмещена с практической работой. В классическом университете этого достичь не удавалось, причем именно в области физики особенно велик был разрыв между наукой и образованием. В Физическом институте Академии наук, в Институте физических проблем наука стояла на высоком уровне, но мало кто из крупных ученых имел возможность преподавать в Московском госуниверситете. Это в значительной степени объяснялось напряженностью в отношениях между руководством этих вузов, что в конечном итоге мешало достойному воспитанию молодых кадров.
Создание атомной бомбы, которая впервые была применена Соединенными Штатами Америки в августе 1945 года, наглядно продемонстрировало, насколько важен союз между наукой и практическими возможностями, которые она открывает.
Бывший ректор Физтеха академик Олег Михайлович Белоцерковский так говорил о необходимости его создания: «Московский физико-технический институт родился на заре научно-технической революции. Каждая социальная эпоха определяет свои уровни высшего образования и предъявляет свои требования к специалистам высшей квалификации. Не случайно накануне войны, в конце 1930-х годов, выдающимися учеными нашей страны была поставлена проблема организации и подготовки инженерных кадров совершенно нового типа. Причем проблема ставилась как задача государственной важности. Стране нужны были инженеры-ученые, инженеры-исследователи, которые обладали бы глубокими знаниями в различных областях фундаментальной науки, техники и производства. Для подготовки таких кадров нужно было создать образовательную систему нового типа, так как традиционные методы обучения для этого не годились».