МВД СССР оказалось привлечённым к данному политическому делу в том плане, что этому ведомству поручено было организовать «особую тюрьму». Идея создания такого, не подчинённого ни МГБ, ни МВД места строгой изоляции самых важных политических обвиняемых неоднократно предлагалась Сталиным И.В. Через Маленкова Г.М. им было дано поручение министру внутренних дел Круглову С.Н. создать специальную тюрьму на 30–40 заключённых, причём «с особыми условиями режима, ускоренной оборачиваемостью, специальной охраной» и большим штатом, насчитывавшим до 100 человек. Во исполнение полученного указания для этой «особой тюрьмы» подготовили помещение на базе мест заключения УМВД Москвы на улице Матросская Тишина и подобрали штат обслуживающего персонала.
28 февраля 1950 года министр внутренних дел Круглов С.Н., заместитель министра по кадрам Обручников Б.П., заместитель начальника Тюремного управления Клеймёнов И.Т. и начальник отделения Тюремного управления Пуговкин были приглашены в ЦК, на Старую площадь. Их принял в своём кабинете секретарь ЦК Маленков Г.М. В присутствии руководства министерства он задал несколько вопросов Клеймёнову И.Т., поинтересовался его биографией и прежней воинской службой.
В тот же день капитан Клеймёнов И.Т. был назначен начальником «особой тюрьмы», а заместителем к нему направили инструктора Административного отдела ЦК ВКП(б) Шестакова. При заступлении тюремщиков на новые посты Маленков Г.М. подробно проинформировал обоих, что эта тюрьма подчиняется не министру внутренних дел и не министру госбезопасности, а непосредственно ему, Маленкову, и Комиссии партийного контроля при ЦК ВКП(б).
Заключённым № 1 в этой «особой» партийной тюрьме оказался Кузнецов А.А., заключённым № 2 — Вознесенский Н.А. Затем через этот застенок прошли все остальные участники «ленинградского дела». Не останавливаясь на подробностях раскрутки обвинений, предъявлявшихся этой «антипартийной группе», отметим, что, после состоявшегося в Ленинграде суда, 1 октября 1950 года по вынесенному приговору Вознесенский, Кузнецов, Родионов, Попков, Капустин и Лазутин были расстреляны. Аресты и расстрелы продолжались в течение следующих двух лет. Во исполнение постановления ЦК ВКП(б) Министерство госбезопасности выселило проживавших в городе Ленинграде и области порядка полутора тысяч человек с семьями из числа лиц, «скомпрометировавших себя в какой-то мере связью с троцкистами, зиновьевцами, правыми, меньшевиками, эсерами, немцами и финнами, на «вечное поселение» в Алтайский край под надзор органов МВД [83].
Затем начался разгром Министерства государственной безопасности. 12 июня 1951 года в «особой тюрьме» оказался министр этого грозного ведомства Абакумов В.С., арестованный, но формально даже не освобождённый от своей должности. Потом сюда же попали следователи, занимавшиеся «ленинградским делом», и другие чекисты. Параллельно раскручивались «дело врачей», «мингрельское дело» и другие. Руководство МГБ обвинили в «ведомственной замкнутости», обмане партийных органов и ЦК, наличии не разоблаченных врагов народа, неэффективности работы, засоренности кадрового состава чуждыми и подозрительными людьми [95]. В сложившейся обстановке, когда компрометирующие материалы собирались на многих руководящих государственных и партийных работников, надо было уметь выжить. В то время как многие руководители и сотрудники госбезопасности оказались за решёткой, Министерства внутренних дел репрессии практически не коснулись. Но в этих условиях обязательно надо было продемонстрировать и свою преданность вождю народов.
21 декабря 1949 года Сталину И.В. исполнилось 70 лет. Министр внутренних дел Круглов С.Н. от имени руководящих работников своего ведомства направил юбиляру поздравительное письмо, в котором, в частности, говорилось:
«Дорогой и любимый товарищ Сталин!
Нам, работникам МВД СССР, выпали величайшая честь и счастье на протяжении многих лет участвовать в выполнении гениальных сталинских планов, преобразующих экономику и культуру нашей Родины. Работники МВД СССР, выполняя Ваши непосредственные указания под Вашим повседневным руководством, строят сооружения, являющиеся олицетворением величественной сталинской эпохи» [26].