Чистка в Москве и наступивший в ее результате хаос на целых полгода парализовали активность Вольвебера. Связь с Москвой была прервана, несмотря на то что последний полученный оттуда приказ требовал усиления подрывной работы.
Бо Хансен, один из боевиков Вольвебера, вспоминал: «Передо мной стояло сразу несколько задач, и я сделал серьезные приготовления, но наши планы не могли осуществиться из-за того, что в кассе было пусто. Мы были вынуждены сократить численность аппарата и ждать. Прошло пять месяцев, и Вольвебер, очень подавленный, обсуждал с нами вопрос о том, не стоит ли вообще распустить организацию. Он послал агента в Москву и приказал ему встретиться с Георгием Димитровым и сказать, что Вольвебер собирается ликвидировать группу. Товарищ вернулся через три дня. Он передал нам, что Димитров не смог дать ему прямого ответа и просил задержаться еще на один день. На следующий день курьеру сказали, что Вольвебер должен распустить свою группу. Однако в тот же вечер Вольвеберу сообщили, что поступил новый приказ и он обязан продолжать работу, а наш первый курьер в Москву был намеренно введен в заблуждение».
Весной 1940 года, когда германские войска оккупировали Данию и Норвегию, многие члены группы Вольвебера были арестованы. Двадцать из них, обвиненные в двадцати одном акте саботажа, предстали перед судом в Копенгагене в июле 1941 года. С мая 1940 года только одна нейтральная Швеция могла служить базой для подпольных операций. Шведские ветви «Лиги Вольвебера», начавшие работать еще в 1938 году, продолжали свою деятельность до августа 1941 года, когда была предпринята неудачная попытка взорвать финское судно «Фигге» в шведском порту. Аресты, которые последовали за этим, покончили с группой, существование которой было так необходимо именно теперь, когда началась советско-германская война. Несколько членов «Лиги» «разговорились» на допросах, и вскоре вся организация была раскрыта. Однако некоторым ее членам удалось скрыться.
Сам Вольвебер был арестован на шведской границе в мае 1940 года. Это был первый арест ветерана подпольной работы. Ему ставилось в вину только то, что у него был фальшивый датский паспорт на имя Фрица Келлера, и его приговорили к шести месяцам тюрьмы. Однако прежде, чем он отсидел свой срок, была арестована его шведская группа и его роль была раскрыта. На новом судебном процессе, где вместе с ним в качестве обвиняемых присутствовали его немецкие и шведские помощники, он получил три года тюрьмы. Германское правительство потребовало его выдачи, и шведы дали свое согласие на экстрадицию после того, как окончится срок его заключения. Для Вольвебера это означало смерть на гильотине. Но его защитники в Москве сделали очень ловкий ход: советское посольство в Швеции заявило шведским властям, что Вольвебер является советским гражданином, что он растратил государственные фонды и должен предстать перед советским судом, для чего необходимо выдать его России. Неизвестно, поверил этому шведский министр или нет, но он выполнил просьбу, и в ноябре 1944 года Вольвебер, самый удачливый и жестокий из коммунистических террористов, сел на борт самолета, вылетающего в Россию, где его ожидали награды.
Пакт Молотова-Риббентропа
С двадцать третьего августа 1939 года по двадцать первое июня 1941 года советская разведывательная политика по отношению к Германии не была единообразной. С одной стороны, существовала необходимость поддерживать нормальные отношения с берлинским правительством, с другой стороны, для сталинского режима было немыслимо отказаться от сбора информации. Но советско-германская дружба, как на уровне посольств и миссий, так и в плане тайных шпионских дел и секретных агентств, оказалась очень непродолжительной.
Отношения начали портиться уже после падения Франции летом 1940 года. Обстановка нагнеталась месяц за месяцем, и советские шпионские агентства снова стали разворачивать свою работу. После большой чистки, падения Ежова и назначения Берии на пост главы НКВД на ключевые должности в Берлине были поставлены два быстро делающих карьеру помощника Берии: Владимир Деканозов стал послом, а Богдан Кобулов – советником посольства.