В настоящее время многие исследователи считают, что первоначально, с древнейших времен, Японские острова были заселены племенами айнов (айну), пришедших туда еще в доисторические времена с территории Сибири, через остров Сахалин, и считающихся поэтому, хотя и с некоторыми оговорками, исконным (автохтонным) населением Японии. Айны (слово «айну» означает буквально: «человек», в смысле «настоящий человек»), этот некогда весьма многочисленный древний народ, находятся ныне на грани вымирания. В свое время отдельные группы айнов, говорящие на разных диалектах, проживали не только на Японских островах, но и по всему побережью Японского моря, в том числе и на территории России, в низовьях реки Амур, на юге полуострова Камчатка, на Сахалине и на Курильских островах. Считается, что айны, никогда не знавшие земледелия, кормившиеся рыбной ловлей, охотой и прибрежным собирательством, были постепенно почти полностью истреблены или ассимилированы японцами. В настоящее время около двадцати пяти тысяч сохранившихся айнов живут на японском острове Хоккайдо и на юге российского острова Сахалин. Согласно официальным статистическим данным, численность айнов в Японии составляет от двадцати пяти тысяч до тридцати тысяч человек, однако, если верить неофициальной статистике, она достигает двухсот тысяч человек (для сравнения: в России, по итогам переписи 2010 года, проживало всего сто девять айнов, в том числе девяносто четыре – в Камчатском крае).
Происхождение айнов остается не вполне ясным по сей день. Европейцы, впервые столкнувшиеся с айнами в XVII веке, были поражены их внешним видом. В отличие от привычного вида представителей монголоидной расы с жёлтой кожей, монгольской складкой века (знаменитым «косоглазием») и редкими волосами на лице, айны обладали необыкновенно густыми волосами, покрывающими голову, носили огромные бороды и усы (придерживая их во время еды особыми палочками), черты лица их были похожи на европейские. Несмотря на жизнь в умеренном климате, летом айны носили лишь набедренные повязки, подобно жителям экваториальных стран. Имеется множество гипотез о происхождении айнов, которые в целом могут быть подразделены на три группы:
1. Айны родственны индоевропейцам (кавкасионной, или кавказской, расе) – этой теории придерживались Дж. Бэчелор и С. Мураяма (ее сторонники и по сей день считают айнов исконным белым населением Японских островов);
2. Айны родственны австронезийцам и пришли на Японские острова с юга – эту доминировавшую в советской этнографии теорию выдвинул Л.Я. Штернберг;
3. Айны родственны палеоазиатским народностям и пришли на Японские острова с севера (из Сибири) – этой точки зрения придерживаются, в основном, японские антропологи.
Несмотря на то, что теория Л.Я. Штернберга об айнско-австронезийском родстве не подтвердились, хотя бы потому, что культура айну в Японии намного древнее культуры австронезийцев в Индонезии, сама по себе гипотеза южного происхождения айнов в настоящее время представляется более перспективной в виду того, что в последнее время появились определенные лингвистические, генетические и этнографические данные, позволяющие предполагать, что айны могут быть дальними родственниками народов мяо-яо, проживающих в Южном Китае и в странах Юго-Восточной Азии.
Пока что доподлинно известно, что по основным антропологическим показателям айны очень сильно отличаются от японцев, корейцев, нивхов, ительменов, полинезийцев, индонезийцев, австралийских аборигенов и, вообще, от всех популяций Дальневосточного и Тихоокеанского регионов, а сближаются только с людьми эпохи Дзёмон, являющихся, по мнению многих ученых, непосредственными предками исторических айнов. По их мнению, нет большой ошибки в том, чтобы ставить знак равенства между людьми эпохи Дзёмон и айнами.