Для содержания постоянной двухсоттысячной армии и широко разветвлённого бюрократического аппарата Хидэёси обложил крестьянство высоким натуральным налогом, составлявшим две трети урожая. Вместе с тем, окончание периода междоусобных феодальных войн привело к экономической стабилизации: площади обрабатываемых земель возросли на семьдесят процентов, а годовой сбор риса в Стране Восходящего Солнца достиг трех с половиной миллионов тонн. С целью экономии риса крестьянам было запрещено изготовление из него крепкого пива-саке.
К числу наиболее известных внутриполитических мероприятий, осуществленных в годы правления Хидэёси Тоётоми, относится закон об изгнании из Японии христианских миссионеров (преимущественно иезуитов) и массовые убийства японцев-христиан на острове Кюсю в 1587, 1589 гг. и в последующие годы. Традиционная японская историография трактует эти меры в контексте якобы проводившейся Хидэёси борьбы с «намбандзин», как пионерами «европейского колониализма» в Японии. Возможно, Хидэёси был недоволен деятельностью на священной земле Ямато португальских работорговцев, во все большем количестве скупавших японских рабов.
Со временем работорговля приобрела такой размах, что даже у португальских рабов в Макао (Аомынь) на территории Китая появились собственные японские рабы. Следует заметить, что иезуитские миссионеры были недовольны этой деятельностью своих соотечественников и в 1571 году убедили короля Португалии положить конец порабощению японцев, хотя португальские колонисты сопротивлялись этому решению и игнорировали запрет. В итоге, Тоётоми Хидэёси в 1587 году запретил продавать японцев в рабство, хотя эта практика сохранялась еще в течение некоторого времени и после обнародования запрета.
Формальным поводом для запрета проповеди и исповедания христианства в Стране Восходящего Солнца послужил отказ католической Португалии (весьма укрепившей свои позиции на японской земле при Нобунаге Оде, в том числе и вследствие обращения в христианство немалого числа сынов Ямато – вплоть до многих представителей самых знатных самурайских родов) предоставить Хидэёси Тоётоми помощь в постройке современного флота по португальскому образцу для завоевания японцами Восточной Азии (начиная с Кореи и Китая). К тому же Португалия с 1581 года входила в состав гораздо более могущественной католической колониальной державы – Испании, огромный флот которой безраздельно господствовал в описываемое время на морях обоих земных полушарий. С точки зрения Тоётоми, Испания (над владениями которой в описываемое время «никогда не заходило солнце») представляла несравненно большую опасность для независимости Страны Восходящего Солнца, чем отдельно взятая Португалия.
Как бы то ни было, 19 июня 1587 года, Хидэёси Тоётоми издал указ, содержавший адресованное христианским миссионерам категорическое требование под угрозой смертной казни в течение двадцати дней покинуть Страну Восходящего Солнца. В крупном портовом городе Нагасаки по приказу «бывшего регента» были подвергнуты жестоким пыткам и показательному распятию на крестах двадцать шесть христиан (семнадцать японцев и девять «заморских чертей» – европейцев).
В 1592 году Хидэёси сделал достоянием гласности своё намерение завоевать сначала Корею (Чосон), затем – Китай, вслед за Китаем – Индокитай и далекую Индию (а, по некоторым сведениям – даже Индонезию и Филиппины – совсем как генералы японской Императорской Армии Гиити Танака и Хидэки Тодзио в ХХ веке!) то есть, согласно средневековым японским представлениям, весь цивилизованный мир (лежащие где-то на краю света «варварские» страны, из которых приплывали в Японию европейские «заморские дьяволы», судя по всему, частью «цивилизованного мира» с точки зрения культурного, образованного японца, не считались). В качестве первого шага к подготовке предстоящего грандиозного завоевательного похода «бывший регент» перенёс свою ставку из Осаки на запад, в город Нагоя, в котором возвёл ещё один огромный замок.