В 1549 году ввиду окончания срока перемирия в Москву приехали литовские послы договариваться о вечном мире. Но вопрос о Смоленске служил, как и прежде, непреодолимым препятствием к этому. Литовские послы требовали его возвращения, а наши бояре и слышать об этом не хотели, и опять было решено продолжить перемирие на 5 лет, причем при написании перемирных грамот встретилось новое затруднение: Иоанн желал подписаться в них титулом царя, а послы на это не соглашались; чтобы не ссориться с Литвой из-за одного слова и иметь развязанными руки против других врагов, Иоанн уступил, и постановлено было, что грамота от имени короля будет писаться без царского титула.
Но, конечно, отказ Сигизмунда-Августа признать Иоанна царем не способствовал установлению между ними дружеских отношений; Иоанн, в свою очередь, отказывался называть его королем, и при взаимных ссылках они обыкновенно писали друг другу отказы на просьбы по различным вопросам. Так, в 1550 году Сигизмунд-Август просил Иоанна: «Докучают нам подданные наши, жиды, купцы государства нашего, что прежде изначала при предках твоих вольно было всем купцам нашим, христианам и жидам, в Москву и по всей Земле твоей с товарами ходить и торговать; а теперь ты жидам не позволяешь с товарами в Государство свое въезжать»; Иоанн же отвечал на это: «Мы к тебе не раз писали о лихих делах от жидов, как они наших людей от христианства отводили, отравные зелья к ним привозили и пакости многие нашим людям делали: так тебе бы брату нашему не годилось и писать об них много, слыша их такие злые дела».
Обеспеченный перемирием со стороны Литвы, Иоанн по примеру своего великого предка, Владимира Мономаха, которому в эту пору жизни он старался во всем следовать, решил направить свои силы на борьбу с погаными; разделяя при этом мнение, высказанное в посланиях Ивана Пересветова, молодой государь намерен был, действуя оборонительно против Крыма, обратить все свои усилия на окончательное покорение Казани.
Варвара Радзивилл – жена польского короля Сигизмунда-Августа I
Мы видели, что по возвращении из своего второго неудачного похода под Казань весной 1550 года Иоанн заложил у устья реки Свияги, всего в 20 верстах от Казани, новую крепость Свияжск, построение которой было произведено весной 1551 года царскими воеводами под общим начальством Шиг-Алея, причем лес для церквей и для городских стен был доставлен на судах дьяком Иваном Выродковым, срубившим его в Углицком уезде. Возведение Свияжска, поставленного в течение четырех недель, принесло немедленно же свои плоды. Старшины горной черемисы сейчас же ударили челом государю, прося, чтобы он их пожаловал; скоро их ополчения, вместе с чувашами и мордвой, также присягнувшими Иоанну, подошли по приказу государя под самую Казань; здесь, после крепкой битвы с татарами, они вынуждены были отойти от нее с уроном, но были щедро награждены Иоанном за то, что показали свою верную службу.
Сооружение Свияжска и переход горной черемисы с чувашами и мордвой на сторону Москвы вызвали, конечно, ужас и смятение в Казани, в которой, за малолетством Утемиш-Гирея, всем делами ведал любимец царицы Суюнбеки крымский улан (вельможа) Кощак; скоро русская партия в городе взяла решительный перевес, и Кощак с 300 крымцами должен был спастись из Казани бегством, причем по пути он попал в руки русских воевод, затем был приведен в Москву и там казнен.
Казанцы же отправили послов к Иоанну и просили его дать им царя из его рук – уже давно знакомого им Шиг-Алея, обязавшись выдать нам Утемиш-Гирея вместе с Суюнбекой и оставшимися крымцами. Иоанн согласился, поставив условием, что ему должны быть выданы и все русские, томящиеся в плену, а горная сторона, добровольно нам поддавшаяся, останется за Москвой; Казань же по-прежнему будет владеть луговой стороной (по левому берегу Волги).
На этих условиях в августе 1551 года Шиг-Алей был опять торжественно посажен в Казани Алексеем Адашевым, который вывел оттуда до 60 000 человек русских пленников.
Затем был выведен в Москву и малолетний хан Утемиш-Гирей со своей прекрасной матерью Суюнбекой. Наш летописец очень трогательно рассказывает о ее великом горе, когда она узнала, что за ней прибыл воевода, князь Василий Серебряный; он «вшед в град и ять царицу со царевичем ея, яко смиренну птицу некую во гнезде со единым малым птенцем, в полатях ея, в превысоких светлицах, не трепещущи же ей, ни бьющися, со всеми ея любимыми рабынями, рожденными женами и отроковицами, жившими в полатях ея». Услышав о своей участи, Суюнбека замертво упала на землю, а затем отправилась ко гробу Сафа-Гирея и горько рыдала над ним.