Всем было ясно, что время боярского самовластия окончательно миновало, хотя дума Боярская, разумеется, осталась, причем, кроме думных бояр и думных дьяков, в состав ее уже во время детства Иоанна входило также известное число окольничих, думных дворян и детей боярских.
К величайшему сожалению, до нас не дошло точных сведений о том, каков был состав Земского собора 1550 года и чем именно он занимался. Мы знаем только, что, созвав в следующем 1551 году Церковный собор, получивший название Стоглава, по числу глав, в которых были выражены его решения, Иоанн сказал при его открытии, что заповедь его на прошлогоднем соборе всем боярам, приказным людям и кормленщикам – помириться «со всеми хрестьяны» своего царства в срок – уже исполнена. Затем он тут же предложил владыкам утвердить новый Судебник, составленный на прошлогоднем соборе, на основании старого Судебника Иоанна III 1497 года, а также и уставную грамоту, касающуюся некоторых законодательных вопросов.
Из этого следует, что на соборе 1550 года было положено начало ряду крупных преобразований, разработка которых продолжалась несколько лет.
Мы видели, что в Московском государстве за службу военно-служилому сословию, кроме пожалования поместий и вотчин, а также и денежного оклада, существовало назначение боярам городов на кормление, в которых эти кормленщики, разбирая судебные дела населения, брали в свою пользу все причитающиеся пошлины. Мы видели также, что вследствие страшных злоупотреблений воевод и волостелей, поставленных боярами за время малолетства Иоанна, всякого рода поборы и лихоимство развились до огромных размеров. Чтобы ослабить их, во время краткого правления князя Ивана Вельского правительство стало в большом числе раздавать населению губные грамоты, причем на выборных самим населением губных старост и целовальников возлагались обязанности вести все уголовные дела, отпадавшие, стало быть, от суда кормленщиков.
Мера эта оказалась удачной: «и бысть крестьяном радость и льгота от лихих людей» и «была наместникам нелюбка велика на крестьян», – говорит летописец. Ввиду этого вся законодательная деятельность правительства Иоанна после созыва Земского собора 1550 года была направлена к расширению деятельности губного управления и вообще земства. Скоро губным старостам была поручена, кроме разбойных дел, татьба, или воровство, а затем было решено и вовсе отменить кормленщиков, назначая вперед военно-служилым людям в вознаграждение за службу только землю или денежное жалованье; их же обязанности по земскому управлению постановлено было передать людям, избранным самим земством; для этого во всех городах и волостях были учреждены излюбленные старосты, или выборные судьи, избираемые обществом; эти выборные старосты вместе с несколькими также выборными целовальниками (присяжными) должны были судить «беспосульно (без взяток) и безволокитно» те дела, которые не входили в ведение губных старост, стало быть – все тяжбы, а также и менее значительные уголовные. Вместе с тем на излюбленных старост была возложена обязанность собирать с населения оброк, или откуп, в государеву казну, установленный взамен поборов кормленщиков, которым уже само государство платило за службу. Излюбленные старосты с целовальниками вели все дела за мирской порукой под угрозой строгого наказания; за неумелое же или недобросовестное ведение дел полагалась смертная казнь «без отпросу» – с отобранием в казну всего имущества.
Разумеется, все губные и излюбленные старосты и верные головы были под строгим надзором высшего правительства – Московских приказов, которые по существу своей деятельности делились на два больших отдела: а) приказы общегосударственные: Посольский, Разрядный, или Военный, Разбойничий, Холопий, Поместный, Большого прихода (ведавший государевыми доходами) и прочие и б) местные: Новгородский, Тверской и другие.
Приступив к крупным преобразованиям в гражданском быту, Иоанн решил также подвергнуть обсуждению и многие дела церковные.
Еще в 1547 и 1549 годах были созваны церковные соборы, провозгласившие 39 новых русских святых, которые до сих пор почитались только местно или же оставались даже совсем не прославленными.
На Стоглавом соборе, собранном в 1551 году, Иоанн, открывая его, отдал святителям длинный список беспорядков в церковной жизни и требовал от них содействия для их исправления, почему постановления этого собора и были направлены к поднятию нравственности духовенства, а также просвещения и благочиния среди прихожан.