Потеря горной стороны была, конечно, большой обидой для казанцев; недоволен был последним и Шиг-Алей, который стал просить Иоанна вернуть ее Казани. Но в Москве с этим никак не могли согласиться, и Шиг-Алею был послан ответ, что горная сторона останется за нами; при этом ему также наказывалось непременно освободить всех пленных, так как имелись сведения, что часть русских людей продолжала томиться в Казани закованными и спрятанными в ямах. Положение Шиг-Алея ввиду требований Москвы, с одной стороны, и недовольства казанцев – с другой, было весьма тягостным, что он и высказывал московским воеводам. Скоро среди казанских вельмож возник против него заговор; они стали сноситься с ногайскими князьями и решили убить его вместе с бывшим при нем князем Палецким, но Шиг-Алей вовремя узнал об этом; он пригласил заговорщиков в числе 70 человек к себе на пир и перебил их там; остальные же бежали.
Однако эта кровавая расправа не утвердила его положения в Казани, что было хорошо понято и в Москве; по поручению Иоанна к Шиг-Алею прибыл Алексей Адашев и предложил ему ввиду измены в Казани укрепить город русскими людьми, то есть впустить в него русские войска. На это Шиг-Алей ответил, что ему действительно очень тяжело живется в Казани, но что ввести русские войска он не берется, а предлагает самому Иоанну взять Казань при условии, что ему дадут обратно Касимов, где он сидел раньше, «так я здесь лихих людей еще изведу, пушки, пищали и порох перепорчу: Государь приходи сам да промышляй».
Между тем ненависть казанцев к Шиг-Алею усилилась до такой степени, что они решили зависеть лучше от московского наместника, чем иметь его царем, и послали бить об этом челом Иоанну в январе 1552 года. Ввиду этого в феврале Алексей Адашев вновь отправился в Казань, чтобы свести Шиг-Алея; вместе с ним прибыли и татары, ездившие послами в Москву и привезшие оттуда грамоту с условиями перехода Казани под руку Иоанна.
6 марта Шиг-Алей выехал из города, а боярин князь Семен Микулинский отправил туда в тот же день извещение, что он назначен государевым наместником по челобитью казанцев, почему и приглашает их лучших людей приехать в Свияжск для принесения присяги.
Казанцы в это время взяли себе в цари астраханского царевича Едигера; судьба же боярских детей, прибывших в город с обозом князя Микулинского, была печальна: «тех же воеводских юнош, – говорит летописец, – в Казань впустивше, и яша всех, и понудиша их прежде ласканием отрещися веры христьянския и прияти веру басурманскую, яко в чести велицеи будут у них: князи нарекутся и со единого с ними на Русь воевати учнут ходити. Они же возопиша вси единым гласом купно: "Не даждь Бог отлучитися веры Христовы и попрати святое крещение вас ради нечестивых и поганых человек"», после чего были преданы жесточайшим пыткам и казнены.
Узнав о происшедшем, Иоанн отправил на помощь князю Микулинскому в Свияжск шурина своего Ланилу Романовича Захарьина-Юрьева, а Шиг-Алею приказал ехать в Касимов; затем в апреле государь собрал совет по вопросу о большом походе на Казань; некоторые находили, что это повлечет за собой войну не только с Крымом, но и с ногайскими татарами, однако Иоанн, полагая, что настало время навсегда покончить с Казанью, решил лично отправиться к ней с большими силами и приступил к их сбору.
Между тем вести с Поволжья были не хороши: горная черемиса стала волноваться, а затем и перешла вся на сторону Казани, причем истребила несколько небольших русских отрядов; в Свияжске же, где кроме войска было скопление большого количества освобожденных из Казани пленников и пленниц, начался сильный мор от цинги, и вместе с тем шла весьма разгульная жизнь.
По получении об этом известия митрополит Макарий отправил в Свияжск послание, в котором уговаривал воинов крепко стоять за веру и блюсти чистоту душевную и телесную; послание это было прочитано после молебна и произвело сильное впечатление: разгул стих, а затем прекратился и мор.