Но к осени 1613 г. обстановка здесь изменилась. Правительство Михаила Романова направило сюда воеводу Богдана Чулкова с отрядом ратных людей. Казаки Барышпольца и С. Острожского заняли территорию в районе впадающих с юга в Онежское озеро рек Метры, Вытегры и Палтеги и подошли к одному из наиболее укрепленных здешних мест – Андомскому острогу (к юго-востоку от Онежского озера). Здесь уже находился Б. Чулков, которому удалось отразить казаков. Во время приступа к острогу они потеряли до 200 человек убитыми и ранеными и двинулись к Холмогорам, центру Двинской земли. Холмогоры были сильно укреплены. Приступ казаков был отбит, и поэтому Барышполец с С. Острожским пошли дальше – мимо Архангельска по Летнему и Поморскому берегам Белого моря, где разграбили десятки селений. Затем, перейдя по льду Онежский залив, они подступили к Сумскому острогу. Но и здесь их попытка взять укрепление приступом не удалась, и они были вынуждены повернуть обратно.
Между тем Б. Чулков успел серьезно укрепить свои позиции на северном берегу Онежского озера. В Толвуйском погосте им был сооружен рубленый деревянный острог с семью башнями с бревенчатыми стенами, внутри засыпанными камнями. Другой острог, чуть меньшего размера, был построен в соседнем Шунгском погосте. В начале января 1614 г. казаки попытались взять Шунгу приступом, но были отбиты. Стало ясно, что взять русские укрепления казакам не под силу. Тогда они попытались одержать верх в полевом сражении. В январе на Падмозере, в 6 км от Толвуйского острога, произошло сражение в открытом поле, но и здесь казаки потерпели поражение. Мелкие стычки вблизи Толвуя и Шунги продолжались еще две недели, и казаки вынуждены были отступить.
С. Острожский отправился к Г. Мунку, командиру шведского отряда, стоявшего в южной части Лопских погостов (к северо-западу от Онежского озера), который предложил вместе идти к Олонцу, крупному карельскому селению к востоку от Ладожского озера. Первый приступ к Олонецкому погосту 4(14) февраля 1614 г. был отбит. Но затем русский отряд, охранявший Олонец, узнал о приближении главных сил шведов и отошел на юг, к Свири. В начале марта 1614 г. на реке Сермаксе произошло большое последнее сражение. К ратникам из Олонца подошли подкрепления из Тихвина, и объединенным русским силам удалось разбить наголову казаков, потерявших более 1 тыс. человек убитыми и ранеными. Отряд Барышпольца был уничтожен полностью, а у С. Острожского осталось менее 500 человек. Остатки казаков сделали попытку уйти на территорию, оккупированную шведами. Однако это им не удалось, и тогда они весной 1614 г. подошли к Шуйскому погосту на западном берегу Онежского озера. Но силы казаков были уже на исходе, и С. Острожский отошел к Новгороду, где с остатками своей рати соединился с Я. Делагарди.
План Торжка. Рисунок из альбома Э. Пальмквиста. 1673 г.
Летом 1614 г. Г. Мунк, стоявший с отрядом у северного берега Ладожского озера, попытался самостоятельно вновь занять Заонежские погосты. Но к этому времени ситуация в Карелии резко изменилась в пользу русских. В Сумской острог московским правительством были присланы 400 стрельцов и 200 казаков.
Отказ шведского принца Карла-Филиппа возглавить отдельное Новгородское государство поставил шведское руководство в сильное затруднение. Оно только в 1614 г. трижды пыталось привести новгородцев к присяге королю Густаву II Адольфу (в январе, августе и декабре), но каждый раз получало отказ. В начале 1614 г. Я. Делагарди, увидев неудачу своих попыток присоединить Новгород к Швеции, попытался заключить перемирие с двигавшимся к городу кн. Д.Т. Трубецким. Но тот соглашался пойти на переговоры только после выполнения предварительных условий – очищения Новгорода шведами. После провала этой попытки Я. Делагарди выехал на родину, оставив вместо себя Э. Горна.
Тот в феврале 1614 г. попытался переломить ситуацию под Старой Руссой в свою пользу, но был отбит русским отрядом у Рамышевского погоста. Неудачей закончилась и попытка П. Делавиля захватить Псково-Печерский монастырь. Три приступа 12–16(22—26) февраля 1614 г. были безрезультатными.
Между тем у наступавшего на Новгород кн. Д.Т. Трубецкого сил практически не было – весь его отряд состоял из небольшого числа дворян и 1 тыс. казаков. Поэтому он на несколько месяцев остановился в Торжке, собирая подкрепления. Места вдоль дороги на Новгород были разорены еще в 1609 г., когда по ней в противоположном направлении двигались шведы и кн. М.В. Скопин-Шуйский. Поэтому попытки кн. Д.Т. Трубецкого собирать провизию наталкивались на активное сопротивление крестьян и зачастую мало чем отличались от грабежей. Не слишком успешными были и меры московского правительства прислать подкрепления кн. Д.Т. Трубецкому. Направленные к нему отряды казаков если и доходили до Торжка, то быстро уходили со службы и отправлялись в поисках провианта в северные уезды. На этой почве между дворянской частью войска и казаками происходили острые столкновения.