Пока Скопин-Шуйский наводил порядок на Севере России и воевал в Верхнем Поволжье с тушинцами, в самой Москве было неспокойно. Измена и мятеж проникли уже и в сам «царствующий град», вера и верность царю ослабели. Видя беспрестанное кровопролитие, многие мечтали сменить несчастливого царя Василия. В феврале 1609 г. князь Роман Гагарин, сын известного опричника Тимофей Грязной и рязанский дворянин Григорий Сунбулов «и иные многие» поднялись против царя и стали убеждать бояр низложить Шуйского. Но их призывы поддержал только князь Василий Васильевич Голицын. «Шум» поднялся на Лобном месте, куда мятежники привели патриарха, но Гермоген твердо держал сторону Шуйского. Сам царь не побоялся появиться перед бунтовщиками на Лобном месте, и они отступились. Участники неудачной попытки переворота и сочувствовавшие им — целых триста человек — перебежали в Тушино. Вскоре был открыт и новый заговор. На одного из ближайших к Шуйскому бояр — Ивана Федоровича Крюка Колычева — поступил донос, что он замышляет убить царя на Вербное воскресенье 9 апреля. Царь, разгневанный этими покушениями, приказал пытать Колычева и его сообщников, а затем казнить «на Пожаре» (Красной площади). Но и после этого против Шуйского не раз поднималось возмущение. «Дети боярские и чорные всякие люди приходят к Шуйскому, с криком и вопом, а говорят, до чего им досидеть? — сообщает источник. — Хлеб дорогой, промыслов никаких нет, и ничего взяти негде и купити нечем. И он просит сроку до Николина дни, а начается де на Скопина, что будтось идет к нему Скопин с немецкими людьми». Действительно, князь Скопин-Шуйский был последней надеждой царя Василия, и эта надежда оправдалась.
12 марта 1610 г. князь М. В. Скопин-Шуйский во главе войска вступил в Москву и был встречен ликующим народом. Но среди торжествующей толпы был один человек, сердце которого переполняли злоба и ненависть. «…Князь Дмитрий Шуйский, стоя на валу и издали завидев Скопина, воскликнул: „Вот идет мой соперник!“», — повествует голландец Э. Геркман. У князя Д. И. Шуйского были причины опасаться молодого воеводы — в случае смерти бездетного государя он занимал трон, но огромная популярность Скопина-Шуйского внушала царскому брату опасения, что народ провозгласит его наследником, а затем и царем. Некоторые источники свидетельствуют, что и сам царь Василий побаивался стремительно набиравшего популярность и политический вес Скопина-Шуйского. Наиболее подробно излагает дальнейшие трагические события «Писание о преставлении (смерти. —
Тушинский стал, узнав о кончине государева полководца, ободрился. Но Лжедмитрий II, как и Василий Шуйский, чувствовал себя неуютно в своей «столице» — Тушине. В сентябре 1609 г. король Сигизмунд III объявил войну России и осадил Смоленск. Среди поляков, окружавших самозванца, возник план передать его в руки короля, а самим выступить на стороне Сигизмунда III и добыть ему или его сыну Владиславу московскую корону. Поляки и некоторые русские тушинцы вступили с королем в переговоры, результатом которых стал договор тушинских бояр с королем (4 февраля 1610 г.) о призвании на московский престол королевича Владислава.
Еще в декабре 1609 г. самозванец был посажен под домашний арест, но сумел бежать из Тушина в Калугу, где вновь привлек к себе множество сторонников — казаков, русских и часть поляков — и повел войну уже с двумя государями: царем Василием и польским королем Сигизмундом. Тушинский стан опустел, сторонники короля — М. Г. Салтыков, князь В. М. Мосальский Рубец, князь Ю. Д. Хворостинин, М. А. Молчанов, И. Т. Грамотин — уехали к нему под Смоленск, а сторонники самозванца — в Калугу.
В калужский период своей авантюры Лжедмитрий II был наиболее самостоятелен в своих действиях. Убедившись в вероломстве польских наемников, самозванец взывал уже к русским людям, стращая их стремлением короля захватить Россию и установить католичество. Этот призыв нашел отклик у многих. Калужане с радостью приняли Лжедмитрия II. Вняв его призыву, в Калугу пробралась и Марина Мнишек, очутившаяся после бегства самозванца из Тушина в Дмитрове, у гетмана Яна Сапеги.