Наряду с пополнением войска и организацией аппарата управления важной заботой руководителей ополчения было наведение порядка в Поморье и Поволжье, борьба с отдельными отрядами казаков и поляков, творивших бесчинства по всей Русской земле. В Пошехонье стояли казаки во главе со служилым человеком Василием Толстым и творили «многие пакости» по уездам, грабили и убивали дворян. Литоньев монастырь в Бежецком уезде заняли черкасы (запорожцы). Против Василия Толстого был отправлен князь Д. П. Пожарский Лопата. Он разбил казаков и двинулся на соединение с князем Д. М. Черкасским. Черкасский был послан против запорожцев в Литоньев монастырь, но те, узнав, что против них выступил воевода Второго ополчения, сами отошли на русско-литовскую границу. Воеводы соединились в Кашине и пошли против казаков на Углич. Перед сражением часть казацких атаманов перешла на сторону Второго ополчения, остальные были разбиты и рассеяны.
Просили о защите и переяславцы — к ним направился воевода И. Ф. Наумов, который «отогнал» казаков и укрепил город. Известно, что из Ярославля были посланы воеводы и дьяки также в Суздаль, Устюжну, Белоозеро, Ростов, Владимир, Кашин, Тверь, Касимов, Тобольск и «в иные города».
Сложными были отношения Второго ополчения с Великим Новгородом. Город, захваченный шведами, признал кандидатуру шведского королевича Карла-Филиппа в качестве российского государя. Новгородские власти во главе с митрополитом Исидором и боярином князем И. Н. Одоевским Большим, а следом за ними и все новгородцы скрепили этот выбор крестным целованием. После захвата Новгорода шведы продолжали расширять свои владения в Русской земле — ими были взяты Ивангород, Ям, Копорье, Орешек, Тихвин, Гдов, Старая Русса, Порхов, Ладога. Стоявшие в Тихвине шведские войска угрожали северным русским городам и представляли опасность для Второго ополчения. Было решено вступить с новгородцами в переговоры. Деятели Второго ополчения высказали на переговорах мнение, что избрание шведского королевича в цари возможно, но при условии, что он примет православие. По словам «Нового летописца», такой ответ был тактическим маневром руководителей Второго ополчения, однако автор летописи несколько исказил действительность. Кандидатуре Карла-Филиппа сочувствовал еще Ляпунов. Поддержали ее и во Втором ополчении, намереваясь вновь, как и при Шуйском, при помощи шведов справиться с поляками. Впрочем, переговоры с представителями «Новгородского государства» Пожарский и его соратники вели осторожно. Некоторые историки прямо утверждают, что Пожарский выступал за кандидатуру шведского королевича. Оснований для столь категоричных выводов источники не дают. Мы можем предполагать, что Пожарскому была симпатична идея выбора царя из соседней правящей династии, и что он, наблюдая падение авторитета боярства, настороженно относился к идее провозглашения государем кого-то из русских аристократов. Однако это — не более чем предположение.
Немало проблем было и внутри самого освободительного движения. Согласно «Новому летописцу», казанская рать воеводы Ивана Биркина, некогда стоявшего у истоков создания ополчения, еще по дороге в Ярославль «творила пакости» по городам и уездам. В Ярославле Биркин затеял новую «смуту», желая пробиться на руководящую роль, но, не достигнув успеха, покинул Ярославль с большей частью своих людей. Из казанцев к ополчению примкнули только татарский голова Лукьян Мясной и стрелецкий голова Постник Неелов с небольшими отрядами служилых татар и стрельцов. С уходом Биркина «смуты» и ссоры не прекратились. Вероятно, с главенствующим положением Пожарского не могли смириться более знатные участники ополчения. И только приезд в Ярославль ростовского митрополита Кирилла разрядил обстановку. Владыка сам решал споры между «начальниками», пастырски увещевал участников ополчения и сумел восстановить прежнее единство.
Опасность угрожала Пожарскому и с другой стороны — на его жизнь готовил покушение Заруцкий. Для исполнения этого замысла им были посланы в Ярославль два казака — Обрезка и Стенька. Непонятно, на что рассчитывали убийцы — покушение было совершено Стенькой при большом стечении народа, в съезжей избе. Казак попытался ударить воеводу ножом, но в толчее промахнулся и попал в ногу стоявшему рядом казаку Роману. Стенька был схвачен и выдал своих сообщников — смолян Ивана Доводчикова, стрельца Шанду и других. «Новый летописец» сообщает, что князь Дмитрий Михайлович не дал убить злоумышленников, и их заключили в тюрьмы.
После этого случая враждебные отношения между Вторым ополчением и подмосковными таборами выявились с полной отчетливостью. Присяга Лжедмитрию III оттолкнула от Трубецкого и Заруцкого тех немногих дворян, которые еще оставались под Москвой. В Ярославль приехали из таборов «многие» стольники, стряпчие, дети боярские, подьячие и торговые люди.