Вскоре (в 1803 г.) амьенский мир был расторгнут, и Наполеон начал деятельно готовиться к высадке на английские берега. Когда в булонском лагере стали сосредоточиваться огромные силы и боевые припасы, паника в Англии была так сильна, что без особых усилий оппозиции министерство Аддингтона пало, и Питт снова стал во главе кабинета, а Каннинг одним из деятельнейших его помощников; из всех членов министерства 1804 г., последнего министерства Вильяма Питта, никто не мог бы с таким основанием назваться правой рукой премьера, как Каннинг. Именно в это-то свое последнее пребывание у власти Питт и оказал неоценимую услугу своей родине, сбросив путем ловких дипломатических маневров и денежных подачек все бремя войны на руки континентальных держав: пока Наполеон бил австрийцев и русских, разорял Австрию и расчленял Германию, Англия наслаждалась полной безопасностью. Но как ни был энергичен, дальнозорок и умен Вильям Питт, он не мог предвидеть такого страшного, такого полного разгрома коалиции, как тот, что произошел при Ульме и на полях Аустерлица, и неожиданность несчастья была смертельным ударом для бодрого духом, но больного физически премьера. 2 декабря 1805 г. Наполеон выиграл аустерлицкое сражение, а через 7 недель, 23 января 1806 г., Вильям Питт скончался. В кабинете Фокса и Гренвиля Каннинг участвовать не мог вследствие неприязни к вигам, вошедшим в министерство, и весь этот страшный для континентальной Европы 1806 год провел в рядах оппозиции. Наполеон уничтожил все прусские армии, занял Варшаву, произошли уже кровавые его битвы с русскими при Пултуске и Эйлау, а министерство Гренвиля (Фокс умер спустя несколько месяцев по вступлении в должность) ровно ничего не предпринимало, чтобы хоть немного компенсировать всю тяжесть этих блестящих наполеоновских успехов. Кабинет пал с внешней стороны как будто вследствие несогласия с парламентом и королем по вопросу об эмансипации католиков, а на самом деле из-за того же, из-за чего и Аддингтон принужден был в свое время уступить место Вильяму Питту: грозные проблемы внешней политики, борьба с Наполеоном требовали снова более энергичного руководителя делами, нежели Гренвиль. Весной 1807 г. герцог Портленд образовал торийский кабинет, в котором Каннинг стал министром иностранных дел, лорд Кестльри — военным министром, а первым лордом адмиралтейства — Мельгрев. Особенно крупной роли Каннинг здесь не играл, ибо Мельгрев, Кестльри и Портленд фактически заправляли всей иностранной политикой. После тильзитского мира, отдавшего почти всю Европу либо во власть, либо под прямое влияние Наполеона, кабинет Портленда решился на то отчаянное предприятие, которое даже в английской исторической литературе особой хвалы себе не снискало: под влиянием угроз всесильного на континенте Наполеона Дания не решалась примкнуть к Англии, как требовал этого английский кабинет. И вот в глубокой тайне была снаряжена морская экспедиция против Дании, и Копенгаген подвергся страшной бомбардировке, снесшей прочь несколько улиц и перебившей около двух тысяч мирных граждан. Справедливость требует заметить, что варварство и разбойничий характер этого происшествия зависели в значительной степени от общей нервной напряженности исторического момента: континентальная система грозила вконец разорить Англию, Наполеон неимоверно усилился, все перед ним трепетало; Россия, единственная независимая великая держава, вошла в тесный оборонительный и наступательный союз с французским императором, словом, все складывалось так, что англичане могли со дня на день ожидать нового булонского лагеря, начала новых сборов Наполеона к завоеванию непокорного острова. «Кто не с нами, тот с Наполеоном», — вот какого принципа (недалекого, впрочем, от истины) придерживался кабинет Портленда и Кестльри.
Все это, разумеется, нисколько не избавляет памяти Каннинга от некоторого пятна: из всего кабинета только он один способен был посмотреть на историю с бомбардировкой Копенгагена (без объявления войны Дании) не с одной только узко политической точки зрения, и однако ни малейшего протеста с его стороны в данном случае не было. Но Каннингу его товарищи были несимпатичные главным образом вследствие их бездарности; он жаловался в особенности на Кестльри, военного министра, и отношения между ними до того обострились, что Кестльри воспылал к нему самой яростной враждой.