В одном из писем Флоренский писал:
Сразу по прибытии на Соловки Флоренского, как и других только что доставленных, отправили в карантинную роту, которая в начале 1930-х годов размещалась в северной части поселка. Заключенные занимались там тяжелым и малопроизводительным трудом – разборкой картошки, заготовкой леса, мелиорацией и т. д. Флоренский пишет дочери, что там ему
Позднее Флоренского переводят на новое место работы – в центральную лабораторию на т. н. «биосад», расположенный в бывшей Филипповской пустыни. Об этом он писал:
И действительно – работа в бывшей монашеской пустыни закипела. Именно здесь Флоренский сделал большую часть своих открытий и, как он сам вспоминал, провел лучшее время. Здесь ему удалось, в частности, сконструировать аппарат для осаждения и фильтрации йода и выделить этот химический элемент не из золы, как ранее, а непосредственно из водорослевой массы. Кроме того, он извлек, как и хотел, остальные ценные элементы, не уничтоженные сжиганием – альгинаты, клетчатку, белковое вещество и др. Также Флоренский придумал способ использования альгинатов для нанесения печатных узоров на ткани и для получения альгиновой пленки. А еще сконструировал термос из нового теплоизоляционного материала, который ему удалось получить из сфагнового мха и водорослей.
В ноябре 1935 года Флоренского направили в лаборатории Йодпрома, расположенные в здании бывшего монастырского кожевенного завода. Выработка йода осуществлялась там очень неэффективным, но при этом необычайно дорогим способом. В печах сжигали огромное количество бурых водорослей (в том числе и ценнейшей ламинарии), а затем из золы путем примитивных химических реакций выделяли йод, доля которого редко превышала 0,007 % от массы переработанного сырья.
Если добавить к этому колоссальный вред для здоровья на таком производстве, не говоря о неоправданно больших материальных затратах, то получим цену, которую приходилось платить специалистам и чернорабочим за каждый грамм йода.
Флоренский поставил перед собой задачу разработать на основе собственных научных открытий принципиально новую технологию промышленной переработки ламинарии с тем, чтобы помимо единственного продукта – йода – из водорослей можно было бы добывать и массу других полезных веществ, уничтожаемых при сжигании. Среди них – альгиновая кислота, целлюлоза, соли калия, кальция и натрия, а также основные макро- и микроэлементы, необходимые для здоровья человека. Это значительно удешевило бы производство и сделало его намного более эффективным и рентабельным.
Кроме того, Павел Флоренский читает лекции по физике, руководит математическим кружком инженеров и составляет каталог лагерной библиотеки.
В 1936 году Флоренский начинает выезжать в экспедиции и командировки, при его участии решается вопрос строительства на острове Водорослевого комбината.
Между тем с этого времени в его душе начинает нарастать внутреннее беспокойство: