Вирусные формы, стоящие в основании эволюционной пирамиды и рассматриваемые преимущественно как паразитарные формы биологической жизни, в соответствии с рассматриваемой концепцией таковой не являются. Напротив, именно вирусные формы и породили, и продолжают порождать все многообразие биологического мира. Эволюционно домен за миллиардный срок существования претерпел относительно небольшие изменения, преимущественно по части обеспечения устойчивости найденных форм по отношению к меняющимся внешним условиям и в совершенствовании белковых комплексов, позволяющих преодолевать развивающиеся защитные механизмы организмов, которые данные вирусные формы эволюционно приспособили под размножение. Как это ни парадоксально звучит, но с позиций вирусов (если таковую условно принять) все многообразие биологического мира можно объяснить, как видоизменение среды под свои потребности существования и размножения. Для вирусов малоуязвимы организмы с коротким периодом существования. Зато организмы (клетки) с длительным сроком существования, учитывая разнообразие и массовость распространения вирусов, безусловно, подвергаются атакам. И без защитных механизмов такие клетки обречены.
Однако уничтожение популяции клеток автоматом влечет и гибель адаптированных к ним вирусов. И это тупиковые ветви. Развитие получили компромиссные формы. Если в зараженных клетках вирус репродуцировался вяло, то клетки успевали подвергаться атакам других вирусов, и такие клетки становились ареной борьбы между вирусами. Можно предположить, что при этом основным результатом было встраивание более сильного вируса в геном хозяина, позволявший на системном уровне репродуцировать и РНК (ДНК) вирусной клетки-победителя, и защитные белки, вырабатываемые под ее контролем. Есть основания считать, что именно подобный механизм и являлся основой эволюционного совершенствования клеток. Именно таким путем в клетках возникли лизосомы и биохимический механизм управления ими.
Выше отмечалось, что бактериальные формы возникли и эволюционировали либо как хемолитоавтотрофные организмы, либо как биоорганические структуры, утилизирующие биоорганические отходы жизнедеятельности других органических структур. Но граница между живыми, ослабленными или мертвыми органическими структурами очень условна. Поэтому бактерии постоянно пытались перейти эту грань, испытывая на жизнеспособность и сами живые организмы. Это, с одной стороны.
С другой стороны, миллиардный эволюционный путь сосуществования бактерий и вирусов породил уникальный мир фагов. В них, как в зеркале, отразились все этапы эволюционной борьбы мира вирусов и бактерий. И именно на бактериях совершенствовалась структура фагов, а возможно и всего мира вирусов.
Есть одна фундаментальная особенность, порожденная, видимо, внутривидовой борьбой вирусов за среду размножения. Вирусы, и фаги в частности, могут прикрепляться к поверхности не любой клетки, а только имеющей специфичные рецепторы. Видимо, в ходе внутривидовой борьбы вирус-победитель, встраиваясь в геном клетки хозяина, первым делом модифицировал ее генетический механизм так, что она становилась доступной для атак вирусами только определенного вида.