Штат Разведывательного управления был определен в 275 человек. Кроме того, при Раз-ведупре были предусмотрены курсы разведки (по особым штатам и положению).
Существующие к моменту прихода Зейбота недостатки в работе Управления вызвали серьезную проверку деятельности РУ Штаба РККА со стороны специальной комиссии.
Но сначала был доклад от 23 мая 1921 г., направленный комиссару Штаба РККА С.С. Данилову его помощником («Лично. Совершенно секретно»), видимо, это был упоминаемый ниже А.К. Илюшин. Автор документа сообщал, что не берется судить в целом ни о деятельности Управления в прошлом, ни в настоящем, но вместе с тем считает нужным обратить внимание на то. что ему «приходилось наблюдать» за короткий период существования Разведупра:
«1) в доставляемой заграничной прессе найден счет из номеров с указанием в нем фамилий (счет из Латвии);
2) помещение в приказе по Штабу штатов сотрудников, в которых указаны такие лица как Заведующий конспиративными квартирами;
3) присылки в Адмупр положения о Разведуправлении [для] объявления в приказе чего объявлять совершенно не нужно;
4) из присланных Врангелевских документов — в одном из них фигурирует фамилия агента, где эмигранты считают его "большевистским шпионом”».
Из-за этих «ненормальностей» автор счел необходимым «создание комиссии», в состав которой он предлагал включить «ответственного политического представителя Штаба он же председатель», «авторитетного представителя ВЧК, знакомого с постановкой работы» и «Военспеца» с ограниченным допуском (только в те отделы, «где не фиксируется агентурная сеть»).
Докладывая вышеизложенное на усмотрение комиссара, автор полагал, что проверка нужна «дабы иметь ясное представление о деятельности Разведуправления».
С этими замечаниями был ознакомлен начальник РУ. написавший на документе: «т. Данилову. Полагал бы, что тов. Илюшин мог бы сперва познакомиться подробнее с работой Разведупра и дать свое заключение. 26/V Зейбот».
Комиссия приступила к работе в полдень 20 июня 1921 г. В нее вошли: представитель ВЧК (и он же председатель этой тройки) Бронислав Бортновский. представитель Штаба РККА (помощник военкома) Александр Илюшин и представитель Разведупра (начальник информационно-статистического отдела) Освальд Дзенис. Интересно, что «представитель ВЧК» служил в это время на Западном фронте в должности заведующего информацией фронтового Разведупра. Но ранее он работал в ВЧК и был лично известен Ф.Э. Дзержинскому, секретарем которого он был одно время. Кстати, через три месяца он опять пришел туда на работу начальником информационного отдела. То есть его знали и ценили и в том и в другом ведомстве. Это подтверждается и дальнейшей биографией Б.Б. Бортновского.
«Комиссия выслушала общее объяснение Начальника Разведывательного Управления о способе разделения труда и основных положений Разведупра и приступила к обследованию Агентурного отдела».
Агентурный отдел (начальник Я.К. Берзин) тогда состоял из 3 частей: агентурной, технической и общей. Вся входящая корреспонденция проходила через начальника отдела и им распределялась. У него хранились личные дела секретных сотрудников, шифры и явки. На секретных сотрудников заводилось два дела: первые (договоры, личные документы) находились на хранении у Берзина, вторые (общая переписка, задания, поступающие материалы информационного характера, оценки) — у заведующего соответствующим сектором.
Агентурная часть (начальник Н.А. Новицкий). В ведении начальника части находились «проходящие дела о находящихся в резерве инструктирования сотрудников». Среди основных недостатков в работе Новицкий назвал комиссии «отсутствие достаточного количества конспиративных квартир», а также «недостаток опытных сотрудников». Из-за этого, по его словам. «лишь 3-е и 4-е Отделения имеют сравнительно достаточно заполненный штат». Поэтому «большая часть работы по руководству резидентурами ложится на начальника Агентотдела».
Всего отделений было пять (каждое из них разбито на сектора): 1-е — Восточное (Дальний Восток); 2-е — Южное (Турция. Персия); 3-е — Юго-Западное (Литва. Польша. Румыния, Австрия, Венгрия. Чехословакия, Италия, Балканский полуостров); 4-е — Западное (Латвия, Эстония, Финляндия. Скандинавский полуостров, Германия. Англия. Франция); 5-е — Морское.
Техническая часть состояла из Технического отделения (заготовка документов), существующего с марта 1921 г., и Отделения снабжения, к которому относятся продовольственные склады, гардероб и мастерские. Эта часть ведала и конспиративными квартирами.
Общая часть разделялась на Финансовое и Шифровальное отделения, общую канцелярию. экспедицию.
В результате работы комиссии был составлен протокол, в котором записаны её замечания и предложения.