Из воспоминаний бывшего работника контрразведки ВМФ контр-адмирала А. Тихонова, принимавшего непосредственное участие в переброске войск на Кубу: «Название операции «Анадырь» наводило на мысль о Севере. Для подтверждения этой легенды на некоторых судах команде выдавались лыжи, печки, полушубки. Никто не знал, куда идут суда. Капитанам и начальникам эшелонов выдавалось три пакета — № 1,2,3. На первом пакете была надпись «Вскрыть после оставления территориальных вод СССР», на двух других никаких надписей не было. В пакете № 1 говорилось, что пакет № 2 вскрыть после прохода Босфора и Дарданелл. В пакете № 2 предписывалось вскрыть пакет № 3 после прохода Гибралтара. В пакете № 3 содержался приказ: «Следовать на Кубу». Оружие поступало под видом народнохозяйственных грузов, так как на Кубе в это время велись поиски нефти, железа, никеля, фосфатов нашими специалистами.
В тех случаях, когда невозможно было скрыть вооружение из-за размеров и конфигурации, скажем, ракеты Р-12, самолеты, вертолеты, по договоренности с кубинской стороной, наши военнослужащие переодевались в кубинскую военную форму. А в газетах сообщалось, что в данном районе проходят учения».
К первому сентября Советский ВМФ уже переправил в Мариэль полный дополнительный комплект запасных частей, боеприпасов и ракет. После этого суда начали доставку малых ракетных патрульных катеров, предназначенных для обороны побережья. Катера должны были послужить защитой от амфибийных сил и должны были быть срочно доставлены на место, чтобы сорвать американское вторжение, а поэтому их следовало доставить в первую очередь.
В начале сентября пришло время грузиться на суда для убытия на Кубу и для трех полков баллистических ракет средней дальности. Баллистические ракеты было решено грузить в Севастополе. В закрытом Севастополе легче обеспечивалось сохранение тайны. По прибытии в Севастополь три полка ракетных войск встали лагерем и спокойно загрузились на грузовые суда с большими крышками на трюмах. Первая партия ракет средней дальности была погружена на борт сухогруза «Полтава» в отдаленной от города Казачьей бухте.
Несколько тысяч солдат и офицеров ракетчиков разместились там же в трюмах. Там им предстояло провести более трех недель, страдая от качки и жары. Только ночью, небольшими группами, разрешалось подниматься наверх. Американские разведывательные самолеты совершали облеты судов, но,так и не смогли определить характер груза Та фаза операции, на которой производились переброски, была колоссальной по объему и на первых порах не привлекала ненужного внимания.
С течением времени, однако, американцы, заподозрив неладное, увеличили количество полетов самолетов-разведчиков и стали с большим вниманием следить за нашими торговыми судами, следующими в Карибское море. В начале сентября советские суда «Индигирка» и «Александровск» покинули порт Североморск и, совершив 18-дневный переход, прибыли в порт Мариэль с грузом ядерных боеголовок, складированных прямо на верхней палубе. «Индигирка» доставила восемьдесят боеголовок для крылатых ракет, стоявших на вооружении ракетных катеров, шесть ядерных боеголовок для морских бомбардировщиков Ил-28, и дюжину ядерных боеголовок для ракет «Луна», имевших малый радиус действия и предназначенных для защиты Кубы. «Александровск» был загружен двадцатью четырьмя боеголовками для ракет Р-14, имевших дальность полета более трех тысяч километров. Боеголовки оставались в трюмах корабля, стоявшего в порту Ла Исабелла в ожидании прибытия самих ракет. Переход этих двух судов прошел нормально и, хотя они и были обнаружены и сфотографированы американскими разведывательными самолетами, не вызвал особой тревоги. В 1962 году еще не было возможности обнаруживать ядерное оружие с помощью детекторов гамма- и нейтронного излучения. Указания капитанам «Индигирки» и «Александровска» по поводу их самообороны гласили: «Относительно самообороны судов «Индигирка» и «Александровск» во время плавания по доставке специального груза от пиратских кораблей и самолетов, то они вооружены двумя 37-мм зенитными автоматическими пушками с боекомплектом 1200 снарядов на каждую пушку. Открывать огонь только в случае попытки захвата или потопления вашего судна, с одновременным докладом о такой попытке в Москву».
К середине сентября ядерные боеголовки для ракет средней дальности Р-12 «Сопка» (дальность полета две тысячи километров) и средних бомбардировщиков Ил-28 уже были на Кубе. Средний бомбардировщик Ил-28 имел боевой радиус около тысячи километров и был дооборудован на Кубе в носитель ядерного оружия, способный взять шесть атомных бомб мощностью 8—12 килотонн каждая. Транспорты выгрузили первые шесть средних бомбардировщиков из транспортной упаковки на базу кубинских ВВС в Сан Хулиан. «Ил-28» были самолетами морской авиации и могли брать на борт кроме всего прочего еще глубинные бомбы, в том числе и атомные.