К несчастью, принятые им меры привели лишь к росту возмущения, которое и без того испытывала знать на Кипре по поводу продолжавшегося вмешательства Венеции в ее дела. Вскоре сложился заговор под предводительством архиепископа Никосийского, и за три часа до рассвета 13 ноября 1473 г. несколько человек — в их числе и сам архиепископ — пробрались во дворец в Фамагусте и зарезали управляющего и врача королевы у нее на глазах. Затем они отыскали ее дядю и двоюродного брата Марко Бембо. Обоих постигла одна и та же участь; их тела, с которых была сорвана одежда, сбросили в пересохший ров у нее под окном, где они и оставались до тех пор, пока их наполовину не обглодали городские собаки. В конце концов Екатерина была вынуждена дать согласие на помолвку внебрачной дочери своего покойного мужа с Альфонсо, незаконным сыном неаполитанского короля, и признать Альфонсо наследником кипрского трона — несмотря на то что Иаков оставил королевство именно ей и что к этому времени она сама родила сына.
Вскоре Мочениго схватил большую часть виновников случившегося. Один-два, включая архиепископа, бежали; что до прочих, то главари были повешены, оставшиеся — брошены в тюрьму. Были сделаны новые распоряжения относительно престолонаследия, отменявшие прежние, и венецианский сенат выслал двоих заслуживавших доверия представителей знатных фамилий, которые, приняв титул советников, фактически взяли в свои руки управление островом, действуя от имени Екатерины. Несчастная королева оставалась на троне, будучи лишенной какой бы то ни было власти. Ее сын, младенец Иаков III, умер в 1474 г., не дожив и до года; с этого момента ей приходилось бороться с интригами и своей золовки Шарлотты, и молодого Альфонсо Неаполитанского, тогда как главные представители знати острова, видя в ней скорее марионетку Венеции, нежели свою королеву, готовили против нее один заговор за другим. Ее выживание, как она хорошо понимала, зависело лишь от защиты, которую обеспечивали ей венецианцы, но даже это становилось невыносимым; все значительные придворные должности находились в руках венецианцев. В какой-то момент она и ее отец вынуждены были подать жалобу, что ее защитники стали больше похожи на тюремщиков: ей запретили покидать дворец, у нее отняли всех слуг и даже заставляли есть в одиночестве за маленьким деревянным столиком. Теперь ей было ясно, что вне зависимости от того, именуют ее Дочерью святого Марка или нет, она стала лишь помехой как для своих подданных, так и для республики, и они не замедлят избавиться от нее, когда настанет подходящий момент.
Венецианское правительство выжидало время. С 1426 г. Кипр находился в вассальной зависимости от египетского султана, которому он обязан был выплачивать ежегодную дань в 8000 дукатов; его прямая аннексия вполне могла вызвать дипломатические осложнения, преодолеть которые Венеции было бы непросто. Но затем в 1487 г. султан уведомил Екатерину, что османский султан Баязид планирует провести крупную экспедицию против него и, весьма вероятно, попытается по дороге захватить и Кипр. Такой оборот событий, в результате которого возникала перспектива союза Венеции и Египта против общего врага, вдохновил сенат на решительный шаг; еще сильнее подтолкнуло к нему раскрытие летом 1488 г. нового заговора, имевшего целью выдать Екатерину замуж за Альфонсо Неаполитанского. Этого, очевидно, нельзя было допустить. В октябре 1488 г. решение было принято: Кипр следовало формально включить в состав венецианских владений, а королеву возвратить — по возможности с помпой, при необходимости — силой в тот край, где она родилась.
Предвидя, что Екатерина, возможно, будет возражать — ибо брак с Альфонсо вполне мог показаться ей желанной альтернативой ее нынешнему положению, — венецианский Совет Десяти дал тайные инструкции ее брату Джорджо, дабы тот убедил ее, что добровольное отречение от престола будет благом для всех заинтересованных лиц. В этом случае Кипр, до сих пор уязвимый, будет надежно защищен от жадных турок, тогда как она сама, принеся такой дар своей родине, будет вознаграждена славой и почестями. За это она вернется на родину, получит богатое поместье, как и подобает королеве, которой она останется навсегда. Ее родственники также приобретут огромную власть и будут пользоваться значительным авторитетом; если же она откажется, их уничтожат.