Как было указано выше, разработка плана убийства Кирова началась в апреле 1934 года, чему были посвящены специальные совещания Каменева, Зиновьева, Евдокимова, Мрачковского, Бакаева и других активных оппозиционеров на даче Зиновьева в Ильинском (под Ленинградом). В разработанном ими плане предусматривались два варианта убийства. Первый вариант — на улице, чтобы убийце легче было бы скрыться с места преступления. В этих целях Николаеву, который уже был намечен на роль убийцы, была обеспечена помощь латвийского консульства, при содействии которого он должен был покинуть СССР. Второй вариант — непосредственно в Смольном. В обоих случаях в качестве мотива убийства заранее подготавливалась соответствующая легенда для Николаева. Что-де он нигде не может устроиться на работу, так как его никуда не берут, а на все его ходатайства и просьбы никак не реагируют. Однако при каждом обращении о трудоустройстве он специально выдвигал такие условия, которые не могли быть приняты. На каждом его заявлении накладывалась соответствующая резолюция об отказе в приеме на работу. Николаев собрал кучу таких бумаг, которые затем были предъявлены суду. Грубо говоря, ему заранее готовили легенду убийцы-одиночки, действующего из чувства мести из-за неустроенности в жизни.
Уличный вариант не сработал, так как Николаева несколько раз задерживали ничего не знавшие о замыслах главарей оппозиции сотрудники УНКВД Ленинграда, но по указанию Ягоды начальник питерских чекистов Ф.Д- Медведь каждый раз отпускал его, хотя у задержанного нашли и маршруты передвижения Кирова, и револьвер. Оставался только один вариант — в Смольном.
Окончательно решение об убийстве было принято 28 ноября 1934 г. — в этот день Киров из квартиры Сталина в Москве позвонил в Ленинград и дал указание назначить собрание партийного актива на 1 декабря на 18.00 по вопросу: «О задачах коммунистов по обеспечению отмены карточной системы». Дело в том, что уже была запланирована отмена карточной системы с 1 января 1935 года. Доклад должен был делать сам Киров. И как только он возвратился в Ленинград, Зиновьев дал команду на начало операции по убийству с таким расчетом, чтобы оно было осуществлено за полтора часа до начала партактива. Попросту говоря, чтобы сорвать его и, воспользовавшись суматохой, перехватить власть в городе.
Однако случилось так, что Киров вовсе и не собирался 1 декабря 1934 г. раньше времени приезжать в Смольный. Он сидел дома и работал над докладом. Между тем Николаев уже находился в Смольном, еще до рокового приезда Кирова. Причем болтался там днем. Вышел из здания, а потом вернулся и находился там вплоть до прибытия Кирова. И самое интересное заключается в том, что Кирова в Смольный внезапно вызвал начальник УНКВД по Ленинграду и области Ф.Д. Медведь, попросив срочной аудиенции, которую Киров назначил ему на 16.30.
Однако Медведь прибыл в Смольный через 10 -15 минут после назначенного ему времени, когда Киров уже был мертв. Точное время убийства — 16 ч. 37 мин. Никаким протоколом партийно-государственного аппарата за все годы Советской власти никак не предусматривалось опоздание руководителя органов госбезопасности на аудиенцию к первому секретарю местной парторганизации. Это едва ли не автоматически могло повлечь серьезное наказание, вплоть до увольнения или, по меньшей мере, понижения в должности. Медведь же только на 16.30 заказал себе машину, что уже означает умышленное опоздание. Хуже того. Всего через 8 мин. после убийства Кирова, в 16 ч. 45 мин., был начат допрос жены Николаева — Мильды Драуле. То есть следствие изначально умышленно выводилось на тропу версии убийцы-одиночки, который действовал из чувства мести как из-за неустроенности в жизни, так и по соображениям ревности. В Ленинграде хорошо было известно, что Киров неравнодушен к женскому полу.