Впрочем, то же самое можно было сказать не только про наркомов, но и про кандидатов в члены Политбюро, и про ученых, входивших в состав спецкомитета. Правда, Иоффе, ссылаясь на свой почтенный возраст, вскоре отошел от работы в спецкомитете. Характеризуя же отношения оставшихся в составе комитета ученых, Судоплатов писал: «Мне пришлось наблюдать растущее соперничество между Капицей и Курчатовым на заседаниях Спецкомитета… Капица… претендовал на самостоятельное и руководящее положение в реализации атомного проекта». При этом Капица возражал против предложения Берии о том, чтобы он и Курчатов вноси ли альтернативные проекты и дублировали эксперименты в своих научных лабораториях.
Свои возражения П.Л. Капица высказал в письмах к И. В. Сталину в конце 1945 года. В одном из них он утверждал, что «товарищи Берия, Маленков, Вознесенский ведут себя в Особом Комитете как сверхчеловеки. В особенности тов. Берия… У тов. Берии основная слабость в том, что дирижер дол жен не только махать палочкой, но и понимать партитуру. С этим у Берии слабо». Критиковал Капица и некоторых членов спецкомитета, намеревавшихся испытывать разные методы для решения атомной проблемы: «Товарищ Ванников и другие из Техсовета мне напоминают того гражданина из анекдота, который, не веря врачам, пил в Ессентуках все минеральные воды подряд в надежде, что одна из них поможет». Возможно, для критических замечаний Капицы были основания, но в то же время хлесткие фразы прикрывали нежелание ученого допустить соревнования различных научных идей и его настойчивость в навязывании своего мнения как единственно правильного.
Видя вред в коллегиальном характере работы спецкомитета, Капица настаивал: «Единственный путь тут – единоличное решение, как у главнокомандующего, и более узкий военный совет». Капица не называл имени кандидата в главнокомандующего, но, судя по той роли, которую он играл в 1940-е годы в программе внедрения жидкого кислорода в промышленность, не исключено, что речь шла о нем самом. В случае непринятия его предложений Капица просил освободить его от обязанностей в спецкомитете.
Хотя в апреле 1946 года Сталин направил письмо Капице с благодарностью за его письма, заметив, что в них «много поучительного», и выразив пожелание встретиться с ним и побеседовать о содержании его писем, такая встреча не состоялась. Известно, что Сталин всегда поощрял конкуренцию различных направлений в исследованиях, а потому ему претило стремление Капицы установить свой диктат в этой новой области знаний. Вскоре Капица был освобожден от обязанностей члена спецкомитета. Хотя 30 апреля 1946 года Капица был удостоен звания Героя Социалистического Труда, в конце августа 1946 года он был снят с поста директора Института физических проблем. При этом указывалось, что Капица «занимался только экспериментальной работой со своими установками, игнорируя лучшие заграничные установки и предложения советских ученых».
Еще до всех этих событий, 25 января 1946 года, состоялась встреча Сталина с Курчатовым, которая была описана ученым в своих черновых заметках, «…беседа продолжалась приблизительно один час с 7.30 до 8.30 вечера. Присутствовали т. Сталин, т. Молотов, т. Берия… Большая любовь т. Сталина к России и В. И. Ленину, о котором он говорил в связи с его большой надеждой на развитие науки в нашей стране… Т. Сталин сказал, что не стоит заниматься мелкими работами, а необходимо вести их широко, с русским размахом…
Т. Сталин сказал, что не нужно искать более дешевых путей… что нужно вести работу быстро и в грубых основных формах… было ясно, что ему отчетливо представляются трудности, связанные с получением… первых агрегатов, хотя бы с малой производительностью… увеличения производительности можно достигнуть увеличением числа агрегатов. Труден лишь первый шаг, и он является основным достижением».
Сталин предложил Курчатову «написать о мероприятиях, которые были бы необходимы, чтобы ускорить работу, все, что нужно. Кого бы из ученых следовало еще привлечь к работе». Он расспрашивал его об Иоффе, Алиханове, Капице и Вавилове и «целесообразности работы Капицы». Курчатов отметил, что «по отношению к ученым т. Сталин был озабочен мыслью, как бы облегчить и помочь им в материально-бытовом положении. И в премиях за большие дела, например, за решение нашей проблемы. Он сказал, что наши ученые очень скромны, и они никогда не замечают, что живут плохо – это уже плохо, и хотя, он говорит, наше государство и сильно пострадало, но всегда можно обеспечить, чтобы несколько тысяч человек жило на славу, имели свои дачи, чтобы человек мог отдохнуть, чтобы была машина».