Из-за неудовлетворительного расследования деятельности Троцкистско-зиновьевского блока с должности наркома НКВД был смещён Г.Г. Ягода и поставлен Н.И. Ежов. Об этом была телеграмма Сталина, и Жданова из Сочи 25 сентября 1936 года в адрес Политбюро: «Считаем абсолютно необходимым и срочным делом назначение т. Ежова на пост наркомвнудела. Ягода явным образом оказался не на высоте своей задачи в деле разоблачение Троцкистско-зиновьевского блока. ОГПУ опоздал в этом деле на 4 года. Об этом говорят все партработники и большинство областных представителей НКВД».
Когда в процессе следствий выяснилось, что в заговорах участвуют большое количество людей и практически на всём пространстве страны, возникла необходимость в увеличении штатов НКВД. Что и было выполнено в кратчайшие сроки потому, что в этом были очень заинтересованы первые секретари краёв и областей по причинам, о которых будет рассказано несколько ниже.
Необходимо отметить, что в данный период времени, так уж исторически сложилось, что в областях и краях органы НКВД на местах подчинялись областным и краевым партийным организациям. Сразу после Гражданской войны везде остались банды, которые грабили и убивали всех кто за Советскую власть ей сочувствующих и не только. Поэтому в самых беспокойных районах и краях находились части особого назначения (ЧОН). С того времени чекисты и подчинялись на местах первым секретарям. Это сыграло основную, роковую роль в повальных репрессиях конца 30-х начала 40-х годов. Знаменитые тройки, которые отправляли на расстрел муки и страдания миллионы людей появились именно на местах. В них в основном входили начальники НКВД, представители прокуратуры и первые секретари партийных организаций. Например: первый секретарь Московского областного и городского комитета партии Н.С. Хрущёв, начальник управления НКВД по Московской области С.Ф. Редис, и зам. Прокурора Московской области К.И. Маслов.
Заговор «правых», как выяснилось в ходе следствия, был очень разветвлён. Об этом говорят часть документов рассекреченных и опубликованных в 2006 году. Там были материалы (правда, краткие) из следственных дел Н.И. Ежова и его заместителя М.П. Фриновского, где они полностью признавали своё участие в заговоре «правых» и подтверждали, что в нём участвовали Бухарин, Рыков, Ягода, Эйхе и ряд других чиновников высокого ранга. Из этих материалов следует, что Ежов по указанию первых секретарей мог арестовать и расстрелять И.В. Сталина. В частности из имеющихся фактов А.Ю. Тивель-Левит секретарь Зиновьева расстрелянного в 1937 г. был участником троцкистской группы, которая готовила убийство Сталина.
Данные материалы подтверждают и намеренно творимые пытки, издевательства и убийства людей в целях сокрытия своей причастности к заговору правых, шпионажу в пользу Германской военщины, планов убийства Сталина и Политбюро и захвата власти путём переворота. В этих опубликованных материалах нет ни одного свидетельства, что И. Сталин и руководство страны давали указания Ежову в проведении репрессивных мер. Наоборот есть достаточно сведений, которые говорят о том, что и Сталин и Правительство были убеждены в преступной деятельности Ежова и его окружения.
На февральско-мартовском Пленуме ЦК 1937 года, 3 марта И.В. Сталин, скорее всего, на материалах известных данных сказал: «Надо иметь в виду, что остатки разбитых классов в СССР не одиноки. Они имеют поддержку со стороны наших врагов за пределами СССР» (Доклад на Пленуме ЦК ВКП (б) 3 марта 1937 г.). На этом же Пленуме он призывал всех при рассмотрении персональных дел подходить строго индивидуально. То есть И.В. Сталин был принципиально против повальных репрессий и террора. Даже при расследовании дела Бухарина и Рыкова 27.02.37г. когда решался вопрос о наказании этих людей. Сталинское предложение было наиболее мягким из всех – административная ссылка. На этом Пленуме Сталин выступал 3 раза и ни одного раза он не призывал к массовым репрессиям. Кроме того, он призывал к политическому образованию и предлагал организовать для этого курсы. Этим самым он открыл путь к массовым репрессиям на местах. По принципу хотелось, как лучше, а получилось как всегда.