В первые дни операции Барбаросса казалось, что предсказания Гитлера о быстрой и лёгкой победе полностью осуществятся. В первый день военно-воздушные силы нанесли удары по 66 аэродромам противника и уничтожили 900 самолётов на земле, и 300 в воздухе. В следующие дни немцы завоевали господство в воздухе во всём пространстве зоны сражений. 3 июля генерал Франц Гальдер, начальник штаба немецкой армии, записал в дневнике: «…по моему мнению кампания в России будет выиграна в течении двух недель». За три недели Советы потеряли три четверти миллиона солдат, более 10 000 танков и 4000 самолётов. За три месяца немцы взяли Киев, окружили Ленинград и достигли ворот Москвы.
Немцы применили ту же тактику, что и в Польше, и во Франции. Ударные клинья танковых дивизий пробивали дорогу через оборону противника и окружали советские войска, заходя с тыла. За немецкими танками шли пехотные дивизии, имевшие задачу уничтожать окружённые вражеские войска и оборонять захваченные территории. В июне, ликвидировав котёл под Минском, немцы захватили 400 000 пленных. В июле котёл под Смоленском – 300 000 пленных. И в сентябре под Киевом – 500 000 пленных. В октябре под Брянском и Вязьмой были окружены, и взяты в плен другие полмиллиона, или даже более, советских солдат. К концу 1941 года немцы взяли 3 миллиона советских пленных. К февралю 1942 года два миллиона из них умерло, главным образом от голода, болезней и «дурного обращения». В дополнение, немцы просто расстреливали тех пленных, которых заподозрили в том, что они были коммунистами. К концу войны на восточном фронте было расстреляно 160 000 захваченных «комиссаров».
Судьба советских военнопленных ожидала многих советских граждан, особенно еврейской национальности. Около миллиона советских евреев было перебито в 1941-42 годах. Главным инструментом этих массовых убийств были группы СС. Изначально спецгруппы (Einsatzgruppen) предназначались для уничтожения евреев-мужчин. Однако в августе 1941 года Гиммлер, глава СС, издал приказ на полное уничтожение евреев – мужчин и женщин, родителей и детей, старых и молодых, больных и здоровых. Иллюстрацией изменения политики был расстрел 30 000 евреев в Бабьем Яру, овраге возле Киева, в конце сентября 1941 года.
Причины этого перехода от селективного убийства евреев-мужчин к массовым убийствам всех евреев вызвали широкую дискуссию среди историков холокоста. Это, казалось, было связано с расширением немецкой антипартизанской тактики. Советские партизанские действия в тылу оккупационных немецких армий начались с первых дней войны. Они часто инициировались, инспирировались и поддерживались отступающими частями Красной Армии, уходящими от окружения. Немцы отвечали, как в Греции, Югославии и Польше – сжиганием деревень, и казнями заподозренных в помощи партизанам. В сентябре 1941 года вермахт издал приказ, что от 50 до 100 «коммунистов» будут уничтожаться за каждого немца, убитого при нападении партизан.
Существовала тесная связь между антипартизанской тактикой вермахта и антиеврейской кампанией СС. Все евреи были заклеймены, как коммунисты и партизаны, и все партизаны считались евреями. «Еврей является большевиком и партизаном». «Евреи есть партизаны. Партизаны есть евреи». Это были немецкие лозунги, дающие двойное оправдание для массовых убийств советских евреев и легитимизации суровых, и всеохватывающих антипартизанских мероприятий. Массовые убийства в Бабьем Яру, например, были показательными в ответ на убийство нескольких немецких офицеров при взрыве бомб замедленного действия (или управляемых), оставленных при отступлении Красной Армии в центре Киева.