Жданов телеграфировал в ответ, что совет ограничен в своих функциях и полномочиях, и что он и Ворошилов взяли на себя общее руководство обороной Ленинграда. Но Сталин повторил, что они не правы, поступив таким образом, и есть опасения, что они снова могут повторить ошибки. Жданов допускал, что предложение выбирать командиров может быть ошибочным, но опыт показывает, что рабочие формирования сменяют командиров, которые не справляются со своими обязанностями. Сталин настаивал, однако, что распространение выборности на всю армию приведёт к анархии. 24 августа ГКО приняло решение о военном совете в Ленинграде, включив Жданова и Ворошилова в его состав. 26 августа ГКО принял решение послать комиссию с особыми полномочиями по Ленинграду для проверки обороны города и возможности эвакуации его предприятий и населения. Комиссия, возглавляемая Молотовым, прибыла в Ленинград 27 августа. Двумя днями позже она рекомендовала эвакуировать 250.000 женщин и детей из города, и ещё 66 тысяч с территорий вблизи линии фронта. Она также предложила срочно депортировать 96000 человек немецкой и финской национальности из региона.
Сталин остался недоволен действиями командующего Ленинградским фронтом генерала М.М. Попова, так же, как и Жданова, и Ворошилова. 29 августа он телеграфировал Молотову в Ленинград:
«Я опасаюсь, что Ленинград будет потерян безмозглыми дураками. Что Попов и Ворошилов делают? Они не докладывают нам о мерах, предпринимаемых ими против опасности. Они заняты поиском путей отхода. Я только так могу истолковать их намерения… Это чисто крестьянский фатализм. Я ничего не могу понять. Вы думаете открыть дорогу немцам на этом важнейшем направлении? Всерьёз? Что это за человек, Попов? Что Ворошилов делает? Как он помогает Ленинграду? Я пишу это потому, что обеспокоен недостаточной активностью ленинградских командиров… Возвращайтесь в Москву. Не задерживайтесь».
В этот же день Северо-Западное направление было упразднено, и командования Северо-Западного направления и Ленинградского фронта объединены. 5 сентября Ворошилов был назначен командующим нового Ленинградского фронта, и Попов стал его начальником штаба. Однако Ворошилов вскоре был освобождён от командования, и 11 сентября Ставка назначила Жукова на его место.
Жуковский метод обороны Ленинграда состоял в организации контратак и установлении драконовской дисциплины. 17 сентября он издал приказ по организации обороны ленинградского южного сектора: «Всех командиров и политработников, и солдат, которые покинут указанную линию обороны без письменного приказа от фронтового, или армейского руководства, расстреливать немедленно». Сталин целиком поддержал дух и букву жуковских суровых приказов. 20 сентября он послал Жукову и Жданову одобрение их приказа войсковым командирам:
«Говорят о том, что в то время, как наступление на Ленинград немецких мерзавцев продолжается, среди наших войск есть люди, которые говорят, что старики и старухи, жёны, и дети обращаются с просьбой к большевикам сдать Ленинград и восстановить мир.
Это говорит о том, что народ считает питерских большевиков неспособными использовать оружие против этих отдельных лиц. Я полагаю, что если мы имеем таких людей среди большевиков, мы должны уничтожить их, так как они боятся немецких фашистов.
Мой ответ, отбросить сантименты, но разбить вдребезги врага и его сообщников, стиснув зубы, не боясь боли, и смерти. Война неумолима, необходимо уничтожить тех, кто демонстрирует слабость и колебания…
Бить немцев и их сторонников, кто бы они ни были, делать это, не взирая ни на что».
В конце сентября 1941 года фронт вокруг Ленинграда стабилизировался. Город был полностью окружён и осаждён немецкими, и финскими войсками (позднее и испанской «Голубой дивизией»). Но снабжение по воздуху и через Ладожское озеро оставалось возможным. Великая драма началась. Более миллиона советских солдат погибло при сражениях в ленинградском регионе. За три года осады 640.000 граждан умерло от голода, 400.000 пропали без вести в ходе операции. Как указывал Иван Мудсли, осада Ленинграда была главным образом тяжела для женщин. Большинство мужчин было в Красной Армии, или в народном ополчении. У немцев был опыт многих случаев прорыва городской обороны и слома обороны при сопротивлении, но никогда не было такого, как в 1941 году. Осада стала главной проверкой для Жданова и коммунистической партии. Всеобщая народная мобилизация в комбинации с безжалостностью создали легенду о героическом Ленинграде.