С приходом к власти исламистов аятолла Хомейни запретил продолжение работ по иранской ядерной программе, назвав её антиисламским проектом. Программа была заморожена на десять лет до смерти Хомейни. Новый духовный лидер Ирана Али Хаменеи сразу после прихода к власти издал фетву о необходимости возобновления работ по созданию атомной бомбы.
В 1990 году Иран обратился к компании «Сименс» с просьбой о строительстве атомного реактора в целях развития атомной энергетики и обеспечения страны дешёвой электроэнергией.
А другая известная компания, «Крафт-Вирк-Унион», предложила Ирану построить новую газовую электростанцию. Это было бы гораздо дешевле для страны, обладающей почти 10 % мировых запасов нефти и газа.
Но Иран от этого предложения отказался. Из этого следовало, что у Ирана далеко не мирные цели. Немцы приступили к строительству реактора. Однако вскоре иранские власти поняли, что немецкие специалисты будут в работе строго придерживаться международных норм и не станут помогать в создании атомной бомбы.
Тогда Иран в 1995 году подписал договор с Россией, по которому российские специалисты должны были завершить строительство реактора за 800 млн, долларов. По договору новый реактор должен вырабатывать плутоний, пригодный и для электростанций, и для атомной бомбы. Кроме того, Россия должна была поставить Ирану научную информацию и технологию для развития иранской ядерной программы.
США и Израиль направляли большие дипломатические усилия на то, чтобы убедить Россию воздержаться от передачи Ирану информации и сырья, пригодных для создания атомной бомбы.
Российское руководство заверяло, что само заинтересовано в нераспространении ядерного оружия и что всё находится под контролем. Однако, иранские физики и инженеры проходили подготовку в Московском ядерном центре и могли получать информацию неофициальным путём.
В то же время с помощью российских учёных была модернизирована корейская ракета «Но-донг» и получена в результате ракета средней дальности «Шихаб-3», способная нести ядерную боеголовку на 1300 километров.
Следом иранцы начали разрабатывать ракету с дальностью полёта 2000 километров и выше, способную достигать территории Европы. Все комплектующие части для этих ракет были поставлены Россией под видом запчастей для гражданских самолётов.
А число ядерных объектов на территории Ирана продолжало расти. К 2006 году их было уже не менее десяти. Но ещё в 2004 году стало понятно, что договор с Россией был прикрытием, а основное оборудование и сырьё для производства атомной бомбы Иран получил от Пакистана. Затем свои ядерные объекты Иран оснастил суперсовременной компьютерной техникой, позволяющей и дальше развивать ядерную программу.
В 2006 году стало известно, что иранское правительство создало секретный фонд для финансирования ядерных исследований, активы которого на то время составляли 418 млн долларов. Было запланировано в 2007 году довести число центрифуг по обогащению урана до 3000. А Россия к этому времени должна начать поставку ядерного топлива для Бушерской АЭС.
И помощь Ирану Россия оказывает не только в ядерной программе, она поставляет Ирану и вооружение. В 2006 году Ижевский электромеханический завод «Купол» изготовил для Ирана зенитные ракетные системы «Тор-М1». Эта зенитно-ракетная всепогодная система способна одновременно обнаруживать и опознавать до 48 целей, вести огонь сразу по двум объектам, летящим на высоте от 20 метров до 6 километров.
При этом Министерство обороны России ссылалось на то, что принятая 23 декабря 2006 года резолюция Совета безопасности ООН по Ирану никаких запретов на поставку этих комплексов не накладывала. Всего было запланировано поставить 29 таких комплексов.
Кроме того, по заявлению Минобороны России, в декабре 2006 года в России завершилось обучение группы иранских военнослужащих боевой работе на «Тор-М1». Иранские ядерные объекты тоже охраняются российскими зенитными ракетными установками С-300, считающимися лучшими в мире.
В 2007 году был подписан новый контракт на поставку российских систем С-300, которые могли бы защитить Иран в случае авиаударов. Тогда США и Израиль выступили с резкими заявлениями против его реализации. В сентябре 2010 года президент России Дмитрий Медведев запретил поставки систем С-300 Ирану. В октябре того же года Россия аннулировала контракт. Иран в ответ подал иск на 4 млрд долларов в Международный третейский суд Женевы к российской компании «Рособоронэкспорт».
Следует отметить, что чем больше появляется на земле обладателей ядерного оружия, тем больше шансов его срабатывания даже в результате какой-то случайности. И как тут не вспомнить случай с американским бомбардировщиком Б-52, который 17 января 1966 года совершал стандартный патрульный облёт Средиземного моря. Для дозаправки в воздухе он в назначенное время встретился с самолётом-заправщиком КС-135. Обе машины неслись над испанским побережьем на высоте 9300 метров со скоростью 600 километров в час на расстоянии полусотни метров друг от друга. Соединены они были топливным шлангом.