Приговор суда был крайне суровым: пятерых заключенных приговорили к длительным срокам каторги, большинство к ссылке на поселение в «места отдаленные»; только двое были оправданы. А. С. Боголюбов получил 15 лет каторги. Его защитник подал кассационную жалобу. На нее еще не был получен ответ, то есть приговор еще не вступил в законную силу, когда в доме предварительного заключения Боголюбов по приказу инспектировавшего учреждение генерала Трепова за дисциплинарную провинность был подвергнут наказанию розгами. Помимо того, что повод был вздорным (Боголюбов якобы не снял шапку при повторной в течение нескольких минут встрече с градоначальником в прогулочном дворе), наказание и формально было незаконным, так как Боголюбов еще не мог считаться каторжником, а только для них по закону 1863 года сохранялись розги как мера уголовного наказания.
Распоряжение Трепова вызвало громкие протесты других заключенных, и известие о нем довольно быстро распространилось по столице. О наказании Боголюбова писали газеты (в частности, популярные «Голос» и «Новое время»), и, хотя фамилия отдавшего приказание о порке не называлась, скрываясь под формулировкой «один из представителей администрации в Петербурге», для жителей города, недолюбливавших Трепова за грубость и резкость, она не была секретом. Особенное волнение эта новость вызвала в революционных кругах.
Вере Засулич в это время было 27 лет. Дочь бедного польского дворянина, умершего, когда ей было три года, она помыкалась по дальним родственникам и, окончив недорогой пансион, приняла участие в деятельности организации «Народная расправа», созданной Сергеем Нечаевым. Несмотря на то, что непосредственно в нечаевский кружок Засулич не входила, она была арестована и около двух лет находилась в заключении, а затем без суда, в административном порядке была сослана «в места не столь отдаленные» — Новгородскую губернию, а затем в Тверь. Уже в ссылке задержана за распространение нелегальной литературы и сослана подальше, на север Костромской губернии. По окончании ссылки поселилась в Харькове, а затем в Киеве, где приняла участие в подготовке крестьянских волнений, а после неудачи нелегально (ей было запрещено проживание в столицах) выехала в Петербург.
Известие о расправе над Боголюбовым, которого она, вопреки многочисленным легендам, никогда не встречала, застало ее в Киеве. Мысль о том, что за издевательство над молодым человеком необходимо отомстить, с тех пор ее не покидала. Приехав в Петербург и узнав от товарищей, что Боголюбов отправлен на каторгу, а Трепову за него никто так и не отомстил, Засулич решается на покушение. 5 февраля 1878 года, через полгода после «боголюбовской истории», она приходит на прием к градоначальнику и в присутствии большого количества офицеров, чиновников и посетителей выстрелом из револьвера тяжело ранит его; при этом она даже не пытается скрыться.
Министру юстиции графу К. И. Палену, искавшему возможности реабилитироваться перед императором за «конфуз» с только что прошедшим делом народников («Процесс 193»), под влиянием прокурора Петербургской судебной палаты А. А. Лопухина пришла в голову мысль вывести Веру Засулич на открытый процесс с участием присяжных, подав это дело как акт личной мести, не имеющей политической подоплеки. Ввиду этого она была обвинена в умышленном убийстве, а не в покушении на представителя власти. Как показало последующее развитие событий, передача дела на рассмотрение присяжных была первой, но далеко не последней ошибкой организаторов процесса.
Вторым неудачным решением с точки зрения поставленной задачи — получения обвинительного приговора, вытекающим из первого, было то, что в процессе председательствовал А. Ф. Кони. Вопреки распространенному убеждению, выдающийся российский юрист поступку подсудимой не симпатизировал (как не симпатизировал он и поступку Трепова). Он предупреждал Палена о том, что не уверен на все 100 процентов в обвинительном вердикте присяжных и предлагал перенести процесс на летнее время, когда к нему не будет приковано такое общественное внимание. Но Анатолий Федорович был судьей справедливым, поборником независимости суда, ничуть не склонным прислушиваться к начальственным указаниям, если они на эту независимость покушались. Когда начавший паниковать министр предложил Кони допустить какую-нибудь процессуальную ошибку, чтобы иметь в случае чего повод для кассации приговора, председатель суда решительно отказался, заявив: «Председатель — судья, а не сторона, и, ведя уголовный процесс, он держит в руках чашу со святыми дарами. Он не смеет склонять ее ни в ту, ни в другую сторону — иначе дары будут пролиты».