Когда-то бывший попечитель Одесского округа хирург Н. И. Пирогов сказал: «Университет — есть лучший барометр общества». В понедельник, 4 мая, 1881 года барометр этот показал бурю. Едва начались занятия, как члены революционных кружков стали организовывать молодежь в группы самообороны. Вооружаясь на ходу, кто кочергой, кто просто палкой, студенты — русские, евреи, украинцы, молдаване и болгары — бросились наперерез погромщикам. На улице разразилась настоящая битва. Хавкин и Романенко оказались в самой гуще побоища. И тут, узря вооруженных студентов на улице, власти «пробудились». «На Рыбной и Резничной полиция и юнкера арестовали более ста пятидесяти человек. Были раненые», — сообщила затем одесская газета. А вскоре стало известно, что почти восемьсот арестованных загнаны на угольные баржи, которые уведены в гавань за волнолом.
Хавкин, которого полицейские схватили на улице с револьвером в руках, поначалу со всей массой арестованных попал в распоряжение прокуратуры. Потом начальник жандармского управления приказал перевести студента в тюремный замок. Жандармы попытались обвинить юношу в организации вооруженного нападения на погромщиков. За это им уже удалось осудить несколько студентов-оборонцев. Следствие продолжалось целую неделю. Студенты, вызванные в качестве свидетелей, не выдали товарища. И Хавкина пришлось выпустить. Жандармский капкан еще раз разжал свои железные челюсти.
Весна 1881 года принесла Владимиру немало неприятностей. Из его жизни надолго ушли два самых близких человека — Степан Романенко и Илья Ильич Мечников.
Степан Романенко подал властям прошение с просьбой отпустить его лечиться в Италию. У него действительно открылся туберкулез легких. Но Хавкин знал, что тяжело больной Степан едет вовсе не в Италию, а в Берн, где собралась большая группа народовольцев и где на медицинских курсах учится невеста Степана Соня.
Вскоре после отъезда Романенко заболел возвратным тифом Илья Ильич Мечников. Он давно уже стал появляться в лаборатории мрачным, подавленным, его обычно увлекательные лекции как-то поблекли за последние месяцы. Профессора что-то угнетало. Владимир знал причину. Илья Ильич нередко заводил в лаборатории разговоры о политике, которая сверху и снизу ползет в университетские стены, отвлекает юношество от науки. Он твердил ученикам о тех огромных знаниях, которые необходимы тому, кто хочет заниматься политикой, и корил студентов, променявших аудиторию на подпольные кружки, а учебники — на подцензурные брошюры. «Мальчишки», которых столь же талантливый, сколь и нетерпеливый профессор одолевал своими «проповедями» аполитичной науки, любили и оберегали Мечникова, но… революционной работы не бросали. В споры старались не вступать. Все знали: тот же Мечников до хрипоты отстаивает в Ученом совете, где его считают «красным» и чуть ли не агитатором, права студентов, свободу преподавания и независимость научных исследований.
И вот мрачная весть: Илья Ильич заразился тифом. А вслед за тем самым верным друзьям профессора стало известно еще более страшное: Мечников заразил себя якобы ради эксперимента; на самом деле — это самоубийство. Болезнь тянулась мучительно долго. Близкие старались скрывать от больного события, разыгравшиеся после казни царя, но Мечников узнавал и об арестах своих учеников, и о погромах, и о том, что министр утверждает на кафедры профессоров лишь «политически благонадежных», что его не интересует, имеют ли они хоть какие-нибудь научные заслуги. Такие новости (их нередко приносили ученики) ухудшали состояние Мечникова. Его жена Ольга Николаевна наконец запретила студентам посещать больного. Для Хавкина исчезла последняя отдушина.
Только в конце мая профессор, еще слабый и бледный, появился в лаборатории. Хавкин доложил ему о своих исследованиях морских простейших. Мечникову работа понравилась. Была даже назначена совместная экскурсия учителя с учеником к морю. Но поездка эта так и не состоялась. Личные обстоятельства заставили Мечникова уехать в имение под Киевом. Хавкину тоже пришлось изменить планы; он отправился в Бессарабию в научную экспедицию, организованную другой кафедрой. С грустью Владимир писал брату, что опыты, близкие его сердцу, он вынужден временно оставить. Однако вскоре развернулись события, которые вообще на целый год оторвали Хавкина от науки, от университета.
Летом 1881 года в Одессе появилась молодая изящная дама, заставившая немало говорить о себе городское общество. Дом Елены Ивановны Колосовой, очень живой, интересной собеседницы, скоро превратился в своеобразный литературно-музыкальный салон, который посещала самая различная публика. Пикники, музыкальные вечера, литературные викторины — эта миловидная женщина умела поразвлечь общество. Говорили, что она вдова, со средствами, и это особенно поощряло неженатых военных и статских чиновников. Только три человека в Одессе знали, что под именем Колосовой скрывается член Исполнительного комитета «Народной воли» Вера Николаевна Фигнер.