1935–1936 годах причисленный к тому времени вместе с "Педером Скрамом" к "артиллерийским кораблям" (artilleriskib), "Нильс Юэль" прошёл большую модернизацию. Ему полностью обновили систему управления огнем главного и зенитного калибра, а также установили следящие электроприводы наводки орудий главного калибра. Две старые 57-мм зенитки заменили на 40-мм "Бофорсы" и добавили 10 20-мм "Мадсенов" вместе с 8 8-мм пулемётами в спаренных установках. Также появились приборы для постановки дымовых завес, треногую мачту заменили массивной надстройкой. Теперь в прибрежной зоне корабль вполне мог потягаться с немецким лёгким крейсером.
"Учения на Везере" "Нильс Юэль" встретил вмерзнув в лед военной гавани Копенгагена и не оказал захватчикам никакого сопротивления. Правительство и король отдали приказ о капитуляции уже через час после начала вторжения. Потери сторон были смехотворны — восемнадцать немцев и тридцать девять датчан, погибшие в основном при штурмовке аэродромов.
Жители Дании, согласно расовой доктрине германских нацистов, как и остальные скандинавские германоязычные народы, были представителями нордической расы, занимавшей в иерархии "нового порядка" самую высокую ступень. Поэтому германское руководство установило для Дании наиболее благоприятный режим — "мягкую оккупацию". Правда банки обязали субсидировать германскую экономику и вермахт. По директивам Министерства финансов Германии курс датской кроны к рейхсмарке стал 2 к 1 (208 крон за 100 марок). Местные нацисты объединились в Национальный блок, которому всемерно помогал Рейх, в том числе и финансово. Тем не менее, все их выступления были не только не поддержаны датскими властями, но и пресекались ими. В вновь сформированное правительство не были допущены апологеты германского нацизма и итальянского фашизма. С 11 декабря 1940 г. по договору с Германией датская промышленность (268 предприятий) приступила к выпуску продукции для Вооружённых сил Германии: дизель-моторы для подводных лодок, запасные части для самолётов, взрывчатые вещества, обмундирование, обувь. 50 датских строительных фирм (60 000 рабочих) приняли участие в фортификационных работах на Атлантическом побережье (Франция, Бельгия, Нидерланды, Норвегия). Для нужд вермахта поставлялась сельскохозяйственная продукция датских фермеров. Только с апреля 1940 г. до конца марта 1941 г. Германия получила 83 668 тонн масла, 159 686 тонн свинины, 97 384 тонны говядины, 59 381 тонну яиц и 73 000 тонн сельди. Таким образом, наладился невыгодный Дании внешнеэкономический обмен с Германией. К декабрю долг Германии Банку Дании составил 420 млн. крон, чтобы скомпенсировать его, правительство пошло на повышение налогов внутри страны.
Сразу после оккупации Германия наложила лапу на склады вооружений (изымались в основном зенитные орудия), но Дания сохранила полицию, вооружённые силы и корабли даже выходили на артиллерийские учения. Правда команды были сокращены, так "Нильс Юэль" имел 200 чел. вместо положенных по штату 325 чел., поэтому для выходов в море им с "Педером Скрамом" приходилось заимствовать друг у друга матросов. Однако такая идиллия продолжалась недолго, уже в феврале 41-го немцы потребовали отдать им в "лизинг" шесть новейших миноносцев. Были запрещены полёты авиации, как береговой так и морской, началась вербовка датчан в Свободный корпус СС "Дания". В конце июля 1164 добровольца (в основном этнические немцы из Шлезвига) отправились в Германию. 25 ноября Дания присоединилась к "Антикоминтерновскому пакту".
Не смотря на режим "мягкой оккупации" недовольство в стране нарастало, масла в огонь подлили местные нацисты когда в декабре 41-го подожгли хоральную синагогу в Копенгагене. Король выразил сожаление, а полиция арестовала поджигателей. Рейхкомиссар Вернер Бест потребовал сокращения полиции с 10000 человек до 3000, считая их неблагонадежными по отношению к оккупационной администрации. Правительство отказалось. В феврале и марте 42-го начались реквизиции судов и паромов для подготовки "Поларфукс", Дания оказалась наводнена германскими войсками. Начали предприниматься меры по ужесточению оккупационного режима. После известий о нападении Рейха на Скандинавский Союз в Дании началась всеобщая забастовка, сопровождавшаяся демонстрациями и митингами. В ответ, 18 апреля, немцы провели операцию "Сафари" по захвату флота, разоружению армии и аресту полицейских. При захвате здания Парламента ожесточённое сопротивление оказала рота Королевской гвардии, король Кристиан X объявил себя военнопленным.