18 августа проведены были выборы председателя Собора, им стал Московский митрополит Тихон. По его предложению почетным председателем утвердили старейшего иерарха митрополита Владимира. Товарищами председателя стали архиепископы Харьковский Антоний и Новгородский Арсений. Позже, когда был избран Патриарх, ему довелось вести большинство заседаний.
Августовские и сентябрьские дни военных поражений и бессилия государственной власти создали тревожную атмосферу на начавшихся соборных заседаниях. Собор решает немедленно обратиться ко всему православному русскому народу с обличением и предостережением, с призывом одуматься и прекратить внутренние распри и вражду, с напоминанием о Христовой заповеди любви. «Братья возлюбленные, – говорится в этом обращении, – услышьте голос Церкви. Родина гибнет. И не какие-либо не зависящие от нас несчастья тому причиною, а бездна нашего духовного падения, то опустошение сердца, о котором говорит пророк Иеремия:
Вместе с распадом страны и отделением окраин растет церковный сепаратизм. Раскольники, добиваясь провозглашения церковной автокефалии Украины, захватили типографию Почаевской Лавры, перевели ее в Киев в распоряжение Центральной рады. Отделение Грузинской Церкви, не признанное Поместным Собором Русской Православной Церкви, становится совершившимся фактом. 14 марта три епископа-грузина заявили экзарху Грузии митрополиту Платону что он лишается власти. В ответ на эти действия Собор обратился к Временному правительству с просьбой о создании комиссии по разделу имущества экзархата между Русской и Грузинской Церквами.
11 октября на пленарном заседании председатель отдела высшего церковного управления епископ Астраханский Митрофан выступил с докладом, которым открывалось главное событие в деяниях Собора – восстановление патриаршества. Предсоборный Совет в своем проекте устройства высшего церковного управления не предусматривал первосвятительского возглавления Церкви. При открытии Собора лишь немногие были убежденными поборниками восстановления патриаршества. Но когда этот вопрос был поставлен в отделе высшего церковного управления, то встретил там широкую поддержку. Обстановка в стране заставляла торопиться с великим делом восстановления первосвятительского престола, поэтому отдел высшего церковного управления, не дожидаясь завершения обсуждения всех деталей на своих внутренних заседаниях, решает предложить Собору восстановить сан Патриарха и лишь после этого перейти к дальнейшему рассмотрению законопроекта об управлении Русской Православной Церковью.