Встревоженный опасным развитием событий, Патриарх Тихон благословил митрополита Киевского Владимира, принимавшего участие в Соборе, срочно выехать в Киев для усмирения церковной смуты, но сепаратисты пытались не допустить святителя в его кафедральный город. И все-таки митрополит Владимир приехал в Киев и остановился в своих покоях в Киево-Печерской Лавре. Преосвященный Алексий самовольно водворился в Лавре по соседству с митрополитом и подстрекал монахов против своего архипастыря и священноархимандрита. Эта агитация не прошла бесследно. Но митрополит Владимир непоколебимо отстаивал единство Русской Церкви.
А в это же время в Петрограде от братии Александро-Невской Лавры потребовали оставить монастырь и освободить его помещения под лазарет. Лаврские власти согласились разместить раненых, но отказались покинуть обитель. Тогда 19 января в Лавру прибыл отряд матросов и красногвардейцев с распоряжением о конфискации имущества, подписанным комиссаром Коллонтай. Отказавшись отдать лаврское достояние, митрополит Вениамин и наместник Лавры епископ Елисаветградский Прокопий были арестованы вместе со всем духовным Собором Лавры. Набат и призывы спасать церкви привлекли множество народу, и красногвардейцы вынуждены были бежать из Лавры. Однако вскоре вернулись и, грозя начать стрельбу, пытались выгнать монахов из обители. Народ не расходился, а престарелый протоиерей Петр Скипетров, настоятель церкви святых страстотерпцев Бориса и Глеба, обратился к насильникам с мольбой остановиться и не осквернять святыни. В ответ раздались выстрелы, и священник был смертельно ранен.
Узнав об этом, Патриарх Тихон издает послание, в котором анафематствует участников кровавых расправ над невинными людьми – богоборцев, поднявших руки на церковные святыни и на служителей Божиих: «Опомнитесь, безумцы, прекратите ваши кровавые расправы. Ведь то, что творите вы, не только жестокое дело, это – поистине дело сатанинское, за которое подлежите вы огню гееннскому в жизни будущей – загробной и страшному проклятию потомства в жизни настоящей – земной. Властью, данною нам от Бога, запрещаем вам приступать к Тайнам Христовым, анафематствуем вас, если только вы носите еще имена христианские и хотя по рождению своему принадлежите к Церкви Православной» [1, с. 13]. С момента публикации и до наших дней это послание вызывает неоднозначную реакцию. Для некоторых это единственно возможная реакция Предстоятеля Церкви на безбожную власть, для других, напротив, ошибка, затруднившая возможность диалога Церкви с советской властью. В любом случае святитель Тихон сделал все возможное, чтобы предотвратить начинавшуюся в стране Гражданскую войну. К сожалению, его призыв не был услышан.
20 января в Москве открылась вторая сессия Всероссийского Поместного Собора. Одновременно был опубликован декрет Совета Народных Комиссаров об отделении Русской Православной Церкви от государства. Церковь была официально лишена государственных субсидий, а ее имущество было объявлено народным достоянием. Видя нестроения, творящиеся в России, и враждебное отношение к Церкви советской власти, Собор издает Чрезвычайное определение, согласно которому Святейшему Патриарху Тихону предоставляется право единоличного назначения Местоблюстителей.
В это время в Украине шли бои между красными и националистами, закончившиеся 25 января, когда Красная армия вошла в Киев. В тот же день был убит митрополит Киевский Владимир. Вечером в покои владыки вломились пятеро пьяных бандитов. Они втолкнули владыку в спальню и начали пытать, душили цепочкой от креста, сорвали с груди крест и ладанку, нательную иконку. Из спальни святителя вывели в рясе, в белом клобуке, с панагией. Монашеская братия наблюдала за всем этим, но никто не вмешался. Бандиты втолкнули святителя в автомобиль, отвезли на полверсты от лаврских ворот и расстреляли. Тело убитого священномученика обнаружили наутро: владыка лежал на спине в луже крови, без панагии и в клобуке без клобучного креста. Со времен Смуты Русская Церковь не видела подобного злодеяния.