Русский военный флот (среднего тоннажа) получил базу в Азовском море и в северо-восточной части Черного моря, а русским торговым кораблям было разрешено плавать там наравне с английскими и французскими. Турецкая верхушка, естественно, не хотела усиления России, не могла перенести независимости Крыма и периодически организовывала мятежные выступления среди крымских татар, подкупая влиятельных мурз. Турецкие корабли, нарушая соглашение, посещали крымские гавани, угрожали десантами. Генерал-поручик Суворов сумел четкими маневрами, угрозой применения артиллерии изгнать из Ахтиярской бухты отряд кораблей Гаржи-Мегмета. Удобная гавань не стала базой для турецкого флота, а Суворов был первый русский командующий, кто оценил ее значение. В 1778 году он же провел блестящую операцию по выселению крымских христиан, в основном греков и армян. Это была акция скорее экономического характера, ибо наносила существенный и даже непоправимый удар по доходам крымского хана, лишала его финансовой опоры. Переселенцы армянского происхождения поселились у крепости Святого Димитрия Ростовского (будущий Ростов-на-Дону) в слободе Нахичевань, а греческие переселенцы — между реками Берда и Кальмиус, где возникли города Мариуполь и Мелитополь.
Турецкие лазутчики в это время всячески провоцировали крымских татар на выступления и вооруженные вылазки против русских войск, но судьба Крыма была уже решена, и в 1783 году он полностью отошел к Российской империи, получив наименование Тавриды.
28 декабря 1783 года русский посланник в Константинополе Я. И. Булгаков получил подписанные Портой договоры, признававшие Тамань, Кубань российскими. В договоре Турция отказывалась от притязаний на Крым. Базы русского флота перемещались еще южнее, в центр Крымского полуострова. Пришло время Севастополя. В его судьбе свое веское слово сказал великий Суворов.
«Подобной гавани, — писал он, обращая внимание на удобство Ахтиярской бухты и возможность строительства морской крепости, — не только у здешнего полуострова, но и на всем Черном море другой не найдется, где бы флот лучше сохранен и служащие на оном удобнее и спокойнее помещены были».
«Описная партия» штурмана Ивана Батурина обследовала гавань в 1773 году.
В Херсоне строились новые небольшие фрегаты. Русские корабли, отпугивая турецких лазутчиков и усмиряя мятежных мурз, несли постоянно крейсерскую службу вдоль побережья, приглядываясь к удобной Ахтиярской бухте.
Поэтому неудивительно, что 17 ноября 1782 года в гавани стал на зимовку с фрегатами «Храбрый» и «Осторожный» капитан 1-го ранга И. М. Одинцов. Это была первая зимовка русских судов на Севастопольском рейде.
«Начало же Черноморскому флоту, — пишется в книге «Краснознаменный Черноморский флот», — следует считать май 1783 года. В Ахтиярскую бухту (по названию небольшого селения) 2 мая прибыла эскадра Азовской флотилии под началом вице-адмирала Ф. Клокачева, а 7-го в бухту вошло одиннадцать кораблей Днепровской флотилии. С этого времени морские силы на Юге России стали именоваться Черноморским флотом. В честь его основания в том же году была отлита медаль «Слава России».
11 января 1783 года Адмиралтейств-коллегии был дан следующий указ: «Для командования заводимым флотом нашим на Черном и Азовском морях повелеваем тотчас отправить нашего вице-адмирала Клокачева… Адмиралтейств-коллегии долженствует по требованию сего вице-адмирала подавать ему всякое зависящее от нея пособие». Вместе с ним были отправлены произведенные в контр-адмиралы Роберт Дугдаль и Фома Фомич Макензи. В начале марта последний осмотрел Таганрог, Керчь и оттуда с эскадрой прибыл 2 мая в Ахтиярскую бухту, откуда донес графу Чернышеву: «В сей бухте я нашел два фрегата под командой Одинцова и принял под свое командование». «При сем, — писал Макензи, — не премину я вашему сиятельству донести, что при самом входе в Ахтиярскую гавань дивился я хорошему ея с морю положению, а вошедши и осмотревши, могу сказать, что во всей Европе нет подобной сей гавани — положением, величиной и глубиной. Можно в ней иметь флот до ста линейных судов, по всему же тому сама природа такие устроила лиманы, что сами по себе отделены на разные гавани, то есть — военную и купеческую. Без собственного обозрения нельзя поверить, чтоб так сия гавань была хороша. Ныне я принялся аккуратно всю гавань и положение ее мест описывать, и коль скоро кончу, немедленно пришлю карту». И далее добавил: «Ежели благоугодно будет иметь ея Императорскому Величеству в здешней гавани флот, то на подобном основании надобно будет завесть здесь порт, как в Кронштадте».
Фома Макензи по указанию Клокачева находит из числа местных греков каменщиков и плотников, выбирает из команд мастеровых и приступает к строительству. Возводятся казармы, сараи, небольшие флигели для офицеров, помещения для больных, столовые и кухни для экипажей.