Переписка между Вольфрамом Зиверсом и Генрихом Гиммлером наглядно свидетельствует, что глава «Черного Ордена» проявлял самый повышенный интерес к мегалитам. Он даже отложил некоторые служебные дела, дабы лично контролировать некоторые начинания, касающиеся Экстернштайна. С 20 по 22 ноября 1937 года под контролем «Аненербе» там работала группа специалистов из Минералогического института. Ученые, исследовавшие остатки рубил и резцов, произвели самое благоприятное впечатление на Вольфрама Зиверса. Во время осмотра Экстернштайна один из ученых обратил внимание на следы копоти, располагавшиеся во многих местах «священных скал». Руководству СС было направлено письмо с просьбой сделать дополнительные пробы в местах, где наличествовала древняя копоть. Такие пробы позволяли более или менее точно определить время ее появления – выяснить, горели эти костры в каменном или в бронзовом веке. Датировав кострища, можно было бы попытаться привязать к каким-то эпохам и наскальные изображения. Перспектива проникновения в тайны древних германцев приободрила Генриха Гиммлера, и он дал Зиверсу поручение связаться с Немецким хранилищем золота и серебра, дабы оно профинансировало проведение исследовательских работ. Не меньший интерес Гиммлер проявил и к пятнам копоти. В начале декабря 1937 года он писал Зиверсу:
Однако над Вильгельмом Тойдтом сгустились тучи. 7 февраля 1938 года в Мюнхене состоялось заседание, на котором обсуждались проблемы Экстернштайна. Входе беседы между партийными и эсэсовскими функционерами было высказано крайнее недовольство стилем работы престарелого историка. 20 февраля на стол Гиммлера попало досье, собранное гестапо. В нем имелись доказанные сведения о том, что во время своих контактов с голландской народнической группой, которая активно сотрудничала с «Аненербе» в деле изучения Экстернштайна, Тойдт допускал критические высказывания в адрес эсэсовского руководства. 25 февраля 1938 года Вильгельм Тойдт был уволен из «Аненербе». А начало Второй мировой войны привело к тому, что Экстернштайн был официально закрыт для публики.
Другое важное направление деятельности «Аненербе» было связано с проведением раскопок. Уже в 1934 году Генрих Гиммлер материально помогал профессору Юлиусу Андрее, который проводил раскопки в местечке Бенсберг близ Кельна. Впоследствии профессор в течение долгого времени изучал Альткрисбург в Восточной Пруссии, где, по словам Гиммлера, идентифицировал пять готических и раннегерманских культурных слоев.
В конце 1936 года историк из Тюбингенского университета Густав Рик начал раскопки южногерманских курганов близ местечка Зигмаринген – в мае 1937 года он рапортовал Гиммлеру, что первая стадия исследований завершена. В августе того же года рейхсфюрер обратил внимание на раскопки профессора Шмидта в окрестностях города Ингольштадт. Австрийцу Рольфу Хене Гиммлер поручил организовать изучение окрестностей замка Кведлинбург с целью найти пропавшие останки Генриха I. И это предприятие увенчалось успехом – Хене отыскал скелет, который предположительно принадлежал легендарному королю. Впрочем, совесть у австрийского эсэсовца явно была нечиста: экспертизу проводили не антропологи, а специально приглашенный медиевист Карл Эрдманн, который в 1941 году подтвердил «подлинность» останков, а стало быть, и «святость» захоронения.