Карьера Вирта как ученого имела спады и подъемы. В октябре 1932 года он принял приглашение нацистов из Мекленбурга создать Исследовательский институт духовной истории древности. В городке Бад-Доберан он основал структуру, которой суждено было стать предтечей «Аненербе». Здесь он получал государственное субсидирование своих изысканий, а главное – оказался вне критики коллег-германистов. Последние, по мнению Вирта, были резко настроены против него: мол, в немецких университетах господствует консервативная наука, которая презрительно относится к радикальным научным течениям и популяризаторам народничества. В действительности причиной изоляции были псевдонаучные методики исследования древней истории, к которым частенько прибегал Вирт. Как следствие, осмеянию подверглись не только методики, но и все его реконструкции – оппоненты доказывали, что теория Вирта, будто бы в каменном и бронзовом веке люди поклонялись Отцу-небу и Матери-земле, абсурдна от начала до конца.
Основным направлением работы Исследовательского института духовной истории древности стало копирование наскальных рисунков, обнаруженных в местах первобытных стоянок. В 1932 году Мекленбургское правительство дало согласие на то, чтобы Вирт инсценировал в естественном интерьере свою работу «Северная мать народов и заветы предков», но этой реконструкции не суждено было состояться из-за элементарного отсутствия денег. Финансирование проектов Вирта не увеличилось даже после прихода нацистов к власти. Дело в том, что Гитлер, интересовавшийся его работами, тем не менее относился к народникам без особых симпатий. Он говаривал:
Так или иначе в 1933 году Вирт получил титул профессора и место преподавателя в Берлинском университете Фридриха-Вильгельма, что позволило ему отказаться от приработка в качестве секретаря или домашнего учителя. Тогда же он организовал выставку под названием «Немецкое наследие предков» («Deutsche Ahnenerbe»), посвященную древней истории нордической расы. У Вирта появились поклонники, осыпавшие его щедрыми пожертвованиями: Матильда Мерк из Дармштадта, торговец кофе Юлиус Розалиус из Бремена, принцесса Мари-Адельхайд Рене и другие.
Герман Вирт не отказался от идеи создания псевдоисторической реконструкции в виде костюмированного действия. Чтобы привлечь внимание к своим разработкам, профессор решил использовать козырную карту – издал перевод старофризского документа «Хроники Ура-Линды» («Die Ura-Linda-Chronik», 1933). Этот документ якобы содержал в себе историю фризской семьи Овер де Линда, начиная с VI века до нашей эры. Еще в XIX веке было доказано, что рукопись является фальшивкой, однако Вирт был иного мнения. Он утверждал: в ней содержится высокое мировоззрение народов региона Северного моря в период каменного века. Разумеется, академические круги с гневом отвергли палеофантастические измышления, и в 1934 году только ленивый германист не пнул профессора в связи с изданием «Хроник». Поучаствовал в высмеивании и главный идеолог нацистской партии Альфред Розенберг, заявивший в одной из своих речей, что имя Вирта следует вычеркнуть из истории Германии.