Чтобы как-то унять общественное негодование и требования в прессе освободить Чернышевского или обнародовать вынесенный ему приговор, Долгоруков представил в Следственную комиссию слегка доработанные показания Костомарова. Несмотря на сомнения некоторых чиновников, Долгорукову удалось настоять на своем обвинении. Об этом свидетельствует запись от 21 мая 1864 г. в дневнике Никитенко, который вспоминает, что 7 апреля при окончательном рассмотрении приговора в Государственном совете показания Костомарова были поставлены под сомнение, однако Долгоруков представил секретный документ, содержание которого по соображениям безопасности не подлежало оглашению. (Впоследствии выяснилось, что этот «секретный» документ был всего лишь критическим очерком литературных трудов Чернышевского, составленным Костомаровым по заказу Третьего отделения). Как известно, дальнейшая судьба Чернышевского печальна. Семь лет он провел на каторге, а остаток жизни — в ссылке. Писатель умер в 1889 г.
Говоря о политическом положении самодержавия в отчете за 1865 г., Долгоруков с удовлетворением ссылался на поддержку народа, на патриотические чувства, продемонстрированные русской армией при подавлении восстания в Польше в 1863 г. Долгоруков также отмечал, что стабилизировалась ситуация в западных провинциях. Большие надежды он возлагал на земства, в которых, по его мнению, успешно сочетаются местное самоуправление и монархическая власть. Кроме того, писал Долгоруков, новый закон относительно прессы, провозглашенный в 1865 г. в качестве реформы, оставлял за чиновниками возможность закрыть политически вредное издание. Долгоруков считал, что все эти факты привели к спаду революционных и утопических настроений в прессе. Россия, заключал начальник Третьего отделения, твердо стала на путь реформ благодаря моральной силе правительства империи.
Когда Долгоруков дописывал отчет за 1865 г., произошло непредвиденное событие — 4 апреля 1866 г. студент Дмитрий Каракозов (человек психически неуравновешенный) стрелял в царя. Само по себе это безумное покушение не могло сильно повредить репутации начальника Третьего отделения, однако Долгоруков в то время уже стал понимать, что реформатор Александр хочет заменить его человеком «новых взглядов». Так или иначе, через 6 дней начальник Третьего отделения подал прошение о переводе. Просьба его была удовлетворена, и он занял другую, не менее почетную должность. По свидетельству очевидца, в прочувствованной прощальной речи Долгоруков выражал сожаление, что не может дальше продолжать службу в прежней должности, «окруженный лаской», — все эти сантименты были очень характерны для верноподданного бюрократа старой закалки.
Тот, кто пришел на смену Долгорукову, безусловно, был человеком новой школы. Тридцатидевятилетний граф Петр Андреевич Шувалов обладал многими достоинствами, был убежденным прагматиком и сторонником реформ.
Шувалов происходил из знатного рода, один из представителей которого уже руководил политическим розыском в XVIII в. В 1857 г., когда Александр II начал проводить в жизнь свои реформы, тридцатилетний Шувалов занял ответственную должность обер-полицмейстера Петербурга. Через 3 года он возглавил общий отдел в Министерстве внутренних дел, заняв второй по значимости пост в важнейшем ведомстве, определявшем внутреннюю политику империи. В 1861 г. он стал управляющим Третьим отделением, шефом корпуса жандармов и служил под началом Долгорукова, затем был губернатором трех балтийских губерний и начальником Рижского военного округа.
Заняв кабинет начальника Третьего отделения, Шувалов приобрел огромное влияние. Современники прозвали его Петром IV, намекая на почти царские полномочия шефа жандармов. Без сомнения, император предоставил Шувалову всю полноту власти по той причине, что не чувствовал себя в безопасности. Александр II взошел на русский престол, хорошо понимая, что он правит в век революций и борьбы с абсолютизмом. После покушения он еще явственнее осознал свою уязвимость. Царь надеялся, что начальник тайной полиции, получив свободу действий, избавит его от террористов.
Пытаясь сделать работу своего ведомства более эффективной, Шувалов провел реорганизацию по трем основным направлениям. Во-первых, он расширил 5-й секретариат отделения, служащие которого должны были реагировать на все общественные события. Во-вторых, существенные изменения затронули корпус жандармов. Шувалов добивался строгой централизации полиции и полного контроля за действиями офицеров корпуса. Вся территория страны была разбита на жандармские округа; была также создана сеть из 31 наблюдательного пункта. Всех жандармов заставили пройти проверку, чтобы определить их соответствие занимаемым должностям. На место выбывших пришло новое пополнение из армии, а с целью его обучения были открыты специальные подготовительные школы для унтер-офицеров и элитарные курсы для офицеров.