Все четверо отправились в небольшой дом, вероятно, трактир, на улицу Дептфорд-стренд, принадлежавший некоей Элеоноре Булл. Там они, начиная с 10 часов утра — как отмечалось позднее в протоколе, составленном следователем, — «проводили время вместе, пообедали и после обеда, также все вместе, мирно прогуливались, бродили по саду, примыкающему к указанному дому, вплоть до 6 часов вечера. Вслед за тем они вернулись из упомянутого сада и совместно поужинали». После ужина Марло улегся на кровать в своей комнате, тогда как трое его компаньонов уселись на скамейке спиной к своему знакомому. Инграм Фризер сидел посередине. Вскоре возник спор. Фризер и Марло обменялись резкими словами, дело шло о денежных расчетах.
Марло в ярости схватил нож, который болтался у его противника на ремне за спиной, выхватил его из ножен и ударил Фризера, вероятно, рукояткой, нанеся поверхностную рану на голове. Фризер успел удержать Марло за руку. В последующей схватке, говоря словами того же протокола, Фризер «вышеупомянутым кинжалом стоимостью в 12 пенсов нанес названному Кристоферу смертельную рану над правым глазом глубиной в два дюйма и шириной в один дюйм; от указанной смертельной раны вышеназванный Кристофер Марло тогда же и на том же месте умер».
Поскольку королева Елизавета находилась в пределах 12 миль от Дептфорда, расследование, согласно закону, было поручено королевскому следователю Данби, который и составил цитированный протокол. В течение длительного времени друзья Марло не знали обстоятельств его трагической гибели. Многие считали, что он пал жертвой чумы. По заключению медиков, рана, подобная той, которая описана в протоколе, не должна была вызвать мгновенную смерть. Еще более странной на первый взгляд является судьба убийцы. Его первоначально посадили в тюрьму. Однако уже через месяц он был помилован Елизаветой на том основании, что действовал в порядке самозащиты. Подобная королевская милость редко оказывалась так скоро после совершения преступления. Брат умершего в 1590 году министра Уолсингема Томас Уолсингем, бывший другом и покровителем Марло, немедленно принял Фризера к себе на службу, на которой тот находился ранее и оставался еще и 20 лет спустя (причем использовался для выполнения особо «деликатных» и нередко уголовно наказуемых дел).
Интересно также еще одно обстоятельство. В мае 1593 года Роберт Пули уехал из Англии в Гаагу с очередным шпионским заданием. В день, когда был убит Марло, он только вернулся с секретной информацией для сэра Томаса Уолсингема и после встречи с хозяином спешно направился в Дептфорд, в дом Элеоноры Булл, где встретился с Марло, Фризером и Скирсом. Вряд ли это он сделал по собственной инициативе. С другой стороны, зачем Марло — в это время уже не безусому юноше — было встречаться и проводить время со столь подозрительными и опасными лицами, если он не знал твердо, что они получили приказ оказать ему помощь?
Долгое время в распоряжении науки были только сбивчивые показания современников, передававших ходившие тогда слухи о том, как произошло убийство. В 1820 году один из ученых направил в городок Дептфорд, неподалеку от Лондона, где произошло убийство, письмо к местному священнику с просьбой поискать какие-либо сведения об этом событии в церковно-приходских реестрах. (В них записывались рождения, браки и смерти). В ответ священник прислал выписку, гласящую: «1 июня 1593 года Кристофер Марло убит Френсисом Арчером (Archer)». В 1925 году английский ученый Лесли Хотсон отыскал в английском государственном архиве подлинник заключения, составленного следователем Данби, и приговор присяжных заседателей относительно убийства Марло. Присяжные сочли, что Марло был убит 30 мая 1593 года Инграмом Фризером (Frizer), действовавшим для самозашиты. Убийство произошло в присутствии Скирса и Роберта Пули.
Сторонники кандидатуры Марло на роль Шекспира, конечно, не преминули воспользоваться этим разночтением имени убийцы. Калвин Гофман построил такую внешне эффектную гипотезу: Марло опасался нового вызова в тайный совет, пыток, осуждения. Тогда ему на помощь пришел Томас Уолсингем, который инсценировал убийство, причем для этого вовлек в заговор не только своих слуг и подчиненных — Пули, Инграма Фризера, Скирса, но и следователя Данби, который провел следствие с непонятной торопливостью, не допросил даже хозяйку дома Элеонору Булл и, главное, взял с потолка имя убийцы «Арчер», лишь потом заменив его именем Фризера. Быть может, убили какого-нибудь заезжего моряка, которого никто не знал в Дептфорде и которого было легко выдать за Марло? Тот же переждал опасное время в имении Уолсингема, потом уехал на континент и в течение долгих лет посылал в Англию пьесы, которые ставились под именем Шекспира.