В настоящее время в пределах городища выявлено 167 высеченных пещер. Возможно, еще немалое число их скрыто под руинами усадеб. Примерно две трети из них сосредоточены в Старом городе и, вероятно, подверглись переделкам. Они в основном связаны с оборонительными сооружениями и имеют между собой много общего. Это прежде всего округленная форма пещер; косые борозды от ударов киркой, идущие в одном направлении, параллельно, под небольшим углом к полу (30–50°); во многих вырублены в скале скамьи и арочные ниши.
Перед стеной с Южными воротами имеется 10 пещер в 3 яруса. За воротами пещеры расположены по обе стороны дороги, поднимающейся на городище: они расположены в 3–4 яруса. Все они схожи между собой и соединялись лестницами, следы которых еще различимы в скале. Кое-где стена пересекает эти лестницы, «разъединяя» пещерный комплекс. По выводу А. Герцена и Ю. Могаричева, "пещеры появились здесь ранее существующей ныне оборонительной стены и составляли первоначально единый комплекс, имеющий наибольшее сходство с пещерными монастырями Горной Таврики.[97]
На стенах пещер обнаружены процарапанные кресты. Вероятно, он опустел после захвата крепости татарами и перестройки системы обороны: пещеры стали использоваться отчасти как оборонительные. Что касается монахов, то скорее всего, они обрели приют в Успенском монастыре, в соседстве с христианскими поселенцами в Марьям-дере.Кенассы
Каменистая тропинка поднимается налево, где за развалинами нескольких жилых домов находится стена, отделявшая от города незастроенную часть плоской вершины скалы — пустырь Бурунчак. Туда ведет улица Бурунчакская, проходящая по северному краю плато; видимо по ней двигались арбы и телеги, въезжавшие в город через Восточные ворота, на рынок, располагавшийся ранее на пустыре. В случае военной опасности здесь могли укрывать свой скот и имущество жители окрестностей. Посредине города проходит Средняя улица, непроезжая, доступная лишь пешеходам и вьючным животным. По южному краю плато проходила Кенасская улица, на которой находятся караимские молитвенные дома — кенассы. Расположенные в небольшом дворике за высокой оградой два прямоугольных здания с двускатными черепичными крышами окружены аркадами. Большая Соборная кенасса возведена в XIV в.: 10 колонн ее аркады опираются на парапет из массивных плит, украшенных высеченными и камне розетками. В ней устраивались торжественные праздничные службы. Вторая, Малая кенасса (ее называли "дом собрания") появилась в конце XVIII в., когда караимская община Мангупа перебралась в Чуфут-кале, захватив с собой материалы и оборудование для его постройки. Она предназначалась для обычных служб и для собраний, где решались различные дела караимской общины. Внутреннее убранство кенасс было одинаково: они убирались коврами, с потолочных дубовых балок свисали хрустальные и медные люстры, в украшенных резьбой шкафах хранилась религиозная утварь, свитки Торы. В небольшом помещении ближе к выходу, отделенном перегородкой от остального зала, на скамьях, обитых кожей, могли сидеть во время богослужения старики. Над этой частью храма нависает балкон с остатками частой деревянной решетки — здесь размещались женщины. Перед большой кенассой находится каменный резервуар для ритуальных омовений. Неподалеку от кенасс находилась первая караимская типография, основанная в 1731 г. В библиотеке Бахчисарайского музея хранятся книги на древнееврейском и караимском языках, отпечатанные в этой типографии.
Все три улицы сходятся на небольшой площади, где видны остатки мечети, построенной в 1346 г. Сохранились четыре круглые неглубокие ямы, высеченные в каменном основании для колонн, подпиравших кровлю здания. В разное время в разных местах города были найдены обломки византийских капителей VI–VII вв., принадлежавших христианскому храму и хранящихся в музее Бахчисарая. Высказывались предположения о перестройке первоначального храма в мечеть, но они не подтвердились.
Гробница Джанике-ханым